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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5utz | |||||||||
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Title | Human IL-2/Fab complex | |||||||||
![]() |
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![]() | CYTOKINE/IMMUNE SYSTEM / cytokine / Fab / complex / CYTOKINE-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||
Function / homology | ![]() kappa-type opioid receptor binding / regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / regulation of T cell homeostatic proliferation / interleukin-2 receptor binding / positive regulation of plasma cell differentiation / response to tacrolimus / glycosphingolipid binding / negative regulation of lymphocyte proliferation / positive regulation of tissue remodeling / negative regulation of T-helper 17 cell differentiation ...kappa-type opioid receptor binding / regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / regulation of T cell homeostatic proliferation / interleukin-2 receptor binding / positive regulation of plasma cell differentiation / response to tacrolimus / glycosphingolipid binding / negative regulation of lymphocyte proliferation / positive regulation of tissue remodeling / negative regulation of T-helper 17 cell differentiation / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / leukocyte activation involved in immune response / positive regulation of isotype switching to IgG isotypes / interleukin-2-mediated signaling pathway / activated T cell proliferation / natural killer cell activation / positive regulation of regulatory T cell differentiation / : / kinase activator activity / negative regulation of B cell apoptotic process / Interleukin-2 signaling / positive regulation of immunoglobulin production / positive regulation of dendritic spine development / positive regulation of activated T cell proliferation / positive regulation of interleukin-17 production / T cell differentiation / Interleukin receptor SHC signaling / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / negative regulation of protein phosphorylation / cytokine activity / complement activation, classical pathway / antigen binding / growth factor activity / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of type II interferon production / cell-cell signaling / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / antibacterial humoral response / RAF/MAP kinase cascade / positive regulation of cell growth / carbohydrate binding / response to ethanol / adaptive immune response / transcription by RNA polymerase II / blood microparticle / cell adhesion / immune response / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Jude, K.M. / Garcia, K.C. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: A human anti-IL-2 antibody that potentiates regulatory T cells by a structure-based mechanism. Authors: Trotta, E. / Bessette, P.H. / Silveria, S.L. / Ely, L.K. / Jude, K.M. / Le, D.T. / Holst, C.R. / Coyle, A. / Potempa, M. / Lanier, L.L. / Garcia, K.C. / Crellin, N.K. / Rondon, I.J. / Bluestone, J.A. | |||||||||
History |
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Structure visualization
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Others | ![]() |
-Validation report
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 2b5iS ![]() 3n9gS ![]() 3u1sS ![]() 4hp0S ![]() 4npyS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Experimental dataset #1 | Data reference: ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Antibody | Mass: 23764.600 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #2: Antibody | Mass: 23110.301 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #3: Protein | Mass: 15435.979 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #4: Chemical | ChemComp-GOL / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.69 Å3/Da / Density % sol: 54.22 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5 / Details: 100 mM sodium citrate, pH 5.0, 20% PEG6000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: May 11, 2015 |
Radiation | Monochromator: double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.99987 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.747→90 Å / Num. obs: 67865 / % possible obs: 98.9 % / Redundancy: 3.3 % / CC1/2: 0.987 / Rsym value: 0.147 / Net I/σ(I): 8.44 |
Reflection shell | Resolution: 2.747→2.91 Å / Redundancy: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 10720 / CC1/2: 0.396 / Rsym value: 1.163 / % possible all: 96.9 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB entries 3U1S, 4NPY, 3N9G, 4HP0, 2B5I Resolution: 2.747→86.168 Å / SU ML: 0.43 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 25.38
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.747→86.168 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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