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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 5utz | |||||||||
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| Title | Human IL-2/Fab complex | |||||||||
Components |
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Keywords | CYTOKINE/IMMUNE SYSTEM / cytokine / Fab / complex / CYTOKINE-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationkappa-type opioid receptor binding / response to tacrolimus / regulation of T cell homeostatic proliferation / regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / interleukin-2 receptor binding / glycosphingolipid binding / positive regulation of plasma cell differentiation / negative regulation of lymphocyte proliferation / positive regulation of tissue remodeling / negative regulation of T-helper 17 cell differentiation ...kappa-type opioid receptor binding / response to tacrolimus / regulation of T cell homeostatic proliferation / regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / interleukin-2 receptor binding / glycosphingolipid binding / positive regulation of plasma cell differentiation / negative regulation of lymphocyte proliferation / positive regulation of tissue remodeling / negative regulation of T-helper 17 cell differentiation / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / leukocyte activation involved in immune response / positive regulation of isotype switching to IgG isotypes / interleukin-2-mediated signaling pathway / activated T cell proliferation / cell surface receptor signaling pathway via STAT / Interleukin-2 signaling / kinase activator activity / natural killer cell activation / positive regulation of regulatory T cell differentiation / negative regulation of B cell apoptotic process / positive regulation of immunoglobulin production / positive regulation of dendritic spine development / positive regulation of interleukin-17 production / positive regulation of activated T cell proliferation / T cell differentiation / Interleukin receptor SHC signaling / positive regulation of B cell proliferation / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / cytokine activity / growth factor activity / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of type II interferon production / positive regulation of inflammatory response / cell-cell signaling / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / carbohydrate binding / RAF/MAP kinase cascade / positive regulation of cell growth / response to ethanol / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / adaptive immune response / transcription by RNA polymerase II / cell adhesion / immune response / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | Homo sapiens (human) | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.747 Å | |||||||||
Authors | Jude, K.M. / Garcia, K.C. | |||||||||
| Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Nat. Med. / Year: 2018Title: A human anti-IL-2 antibody that potentiates regulatory T cells by a structure-based mechanism. Authors: Trotta, E. / Bessette, P.H. / Silveria, S.L. / Ely, L.K. / Jude, K.M. / Le, D.T. / Holst, C.R. / Coyle, A. / Potempa, M. / Lanier, L.L. / Garcia, K.C. / Crellin, N.K. / Rondon, I.J. / Bluestone, J.A. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 5utz.cif.gz | 878.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb5utz.ent.gz | 732.8 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 5utz.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 5utz_validation.pdf.gz | 520.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 5utz_full_validation.pdf.gz | 537.7 KB | Display | |
| Data in XML | 5utz_validation.xml.gz | 77.4 KB | Display | |
| Data in CIF | 5utz_validation.cif.gz | 105.8 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ut/5utz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ut/5utz | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 2b5iS ![]() 3n9gS ![]() 3u1sS ![]() 4hp0S ![]() 4npyS S: Starting model for refinement |
|---|---|
| Similar structure data | |
| Experimental dataset #1 | Data reference: 10.15785/SBGRID/424 / Data set type: diffraction image data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 3 | ![]()
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| 4 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Antibody | Mass: 23764.600 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Cell line (production host): HEK293 / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: Q6GMX6#2: Antibody | Mass: 23110.301 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Cell line (production host): HEK293 / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: Q6IPQ0#3: Protein | Mass: 15435.979 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: IL2 / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) / References: UniProt: P60568#4: Chemical | ChemComp-GOL / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.69 Å3/Da / Density % sol: 54.22 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5 / Details: 100 mM sodium citrate, pH 5.0, 20% PEG6000 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.2.1 / Wavelength: 0.99987 Å |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: May 11, 2015 |
| Radiation | Monochromator: double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.99987 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.747→90 Å / Num. obs: 67865 / % possible obs: 98.9 % / Redundancy: 3.3 % / CC1/2: 0.987 / Rsym value: 0.147 / Net I/σ(I): 8.44 |
| Reflection shell | Resolution: 2.747→2.91 Å / Redundancy: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 10720 / CC1/2: 0.396 / Rsym value: 1.163 / % possible all: 96.9 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: PDB entries 3U1S, 4NPY, 3N9G, 4HP0, 2B5I Resolution: 2.747→86.168 Å / SU ML: 0.43 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 25.38
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.747→86.168 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Homo sapiens (human)
X-RAY DIFFRACTION
United States, 1items
Citation
















PDBj










Trichoplusia ni (cabbage looper)
