PDB-3n9g: Crystal structure of the Fab fragment of the human neutralizing a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3n9g

タイトル

Crystal structure of the Fab fragment of the human neutralizing anti-West Nile Virus MAb CR4354

要素

Fab fragment of MAb CR4354, heavy chain
Fab fragment of MAb CR4354, light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / FAB fragment / human neutralizing antibody / MAb CR4354 / anti-west nile virus

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.434 Å

データ登録者

Kaufmann, B. / Rossmann, M.G.

引用

ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2010
タイトル: Neutralization of West Nile virus by cross-linking of its surface proteins with Fab fragments of the human monoclonal antibody CR4354.
著者: Bärbel Kaufmann / Matthew R Vogt / Jaap Goudsmit / Heather A Holdaway / Anastasia A Aksyuk / Paul R Chipman / Richard J Kuhn / Michael S Diamond / Michael G Rossmann /

要旨: Many flaviviruses are significant human pathogens, with the humoral immune response playing an essential role in restricting infection and disease. CR4354, a human monoclonal antibody isolated from a ...

履歴

登録	2010年5月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年11月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.3	2017年12月6日	Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related Item: _pdbx_database_related.content_type / _pdbx_database_related.db_id
改定 2.0	2019年12月25日	Group: Derived calculations / Polymer sequence カテゴリ: entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.1	2021年3月31日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 2.2	2023年9月6日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.3	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3n9g.cif.gz	204.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3n9g.ent.gz	161.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3n9g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3n9g_validation.pdf.gz	432.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3n9g_full_validation.pdf.gz	436.2 KB	表示
XML形式データ	3n9g_validation.xml.gz	27.1 KB	表示
CIF形式データ	3n9g_validation.cif.gz	43.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n9/3n9g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n9/3n9g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5190C 3iywC 3kykS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4ma1-3 3mnv-1 1d6v-d 4qhl-1 4evn-3 6ca9-1 4qhl-2 6jc2-d 2aab-d 4ma1-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

H: Fab fragment of MAb CR4354, heavy chain

L: Fab fragment of MAb CR4354, light chain

47.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.741, 71.068, 118.597
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: 抗体	Fab fragment of MAb CR4354, heavy chain 分子量: 24745.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: transient co-expression with entity 2 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	Fab fragment of MAb CR4354, light chain 分子量: 22908.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: transient co-expression with entity 1 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 821 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.18 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: reservoir solution: 20% PEG8000, 10mM MES buffer, pH6.0, 200mM Ca(OAc)2, starting protein concentration in drop: 8 mg/ml, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月24日詳細: 300x300mm2 active area, ~2.2sec read-time, 4096x4096 of 0.072mm pixels
放射	モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.43→50 Å / Num. all: 78075 / Num. obs: 78075 / % possible obs: 90.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.072 / Χ²: 2.22 / Net I/σ(I): 13.6
反射シェル	解像度: 1.43→1.45 Å / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.542 / Mean I/σ(I) obs: 1.63 / Num. unique all: 1674 / Χ²: 1.041 / % possible all: 39.4

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 57.53 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	45.53 Å
Translation	2.5 Å	45.53 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.1.4	位相決定
PHENIX	1.5_2	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: WAM homology model of variable domain + constant domain of PDB ID 3KYK

3kyk

解像度: 1.434→45.531 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.887 / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.186	3868	4.96 %	RANDOM
R_work	0.167	-	-	-
obs	0.168	77999	91.3 %	-
all	-	78002	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 38.821 Å² / k_sol: 0.339 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 93.53 Å² / B_iso mean: 19.731 Å² / B_iso min: 4.39 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.441 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.771 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.211 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.434→45.531 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3349	0	0	821	4170

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3623
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.128	4984
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	566
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	644
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.384	1331

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 28

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.434-1.452	0.285	57	0.267	1236	1293	43
1.452-1.47	0.268	98	0.249	1552	1650	54
1.47-1.49	0.254	103	0.241	1700	1803	61
1.49-1.51	0.272	93	0.233	1926	2019	67
1.51-1.531	0.23	116	0.213	2089	2205	73
1.531-1.554	0.203	117	0.203	2305	2422	80
1.554-1.579	0.196	123	0.191	2459	2582	86
1.579-1.605	0.241	141	0.176	2678	2819	93
1.605-1.632	0.203	139	0.171	2839	2978	98
1.632-1.662	0.198	159	0.165	2858	3017	100
1.662-1.694	0.184	162	0.158	2868	3030	100
1.694-1.728	0.18	156	0.153	2851	3007	100
1.728-1.766	0.203	144	0.158	2880	3024	100
1.766-1.807	0.212	146	0.161	2857	3003	100
1.807-1.852	0.191	129	0.156	2907	3036	100
1.852-1.902	0.18	167	0.155	2878	3045	100
1.902-1.958	0.17	146	0.154	2889	3035	100
1.958-2.022	0.179	143	0.154	2888	3031	100
2.022-2.094	0.165	127	0.156	2940	3067	100
2.094-2.178	0.194	166	0.156	2896	3062	100
2.178-2.277	0.174	148	0.155	2890	3038	100
2.277-2.397	0.175	156	0.164	2901	3057	100
2.397-2.547	0.183	159	0.17	2913	3072	100
2.547-2.743	0.191	163	0.171	2920	3083	100
2.743-3.02	0.169	151	0.163	2936	3087	100
3.02-3.456	0.161	149	0.154	2983	3132	100
3.456-4.354	0.15	147	0.141	2985	3132	100
4.354-45.554	0.183	163	0.168	3107	3270	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7382	-0.3237	-0.3644	1.2629	-0.0966	0.8613	0.0158	0.0539	0.0103	-0.1836	-0.0531	0.0336	0.0273	-0.0796	0.031	0.1143	0.0377	-0.0241	0.0915	-0.0152	0.0685	-15.8512	-11.4485	10.1125
2	1.1203	-0.1016	0.0483	1.1929	0.7937	1.0619	0.046	0.1537	-0.072	0.0072	0.0749	-0.0582	0.0868	0.1052	-0.0967	0.0945	0.0298	-0.0109	0.0874	-0.0315	0.0675	1.4038	-15.9334	45.3879
3	0.8348	-0.1588	0.3178	0.3418	-0.1849	1.737	0.0115	-0.003	0.0342	-0.0487	-0.0415	0.048	-0.0612	-0.0635	0.0254	0.0579	0.0106	-0.0194	0.0336	0.0047	0.0792	-28.9584	1.1468	22.6355
4	0.2665	0.2119	0.1393	0.6778	0.1284	0.5725	0.0185	0.0015	0.0331	-0.0742	-0.0229	-0.0066	0.0105	0.0723	0.0038	0.0372	0.0014	-0.0031	0.0649	-0.0014	0.0481	-4.948	-3.6879	42.8727
5	0.0929	0.0267	-0.3425	0.0849	-0.0646	1.7353	0.1245	0.1922	0.153	0.1494	0.0736	0.0744	-0.594	0.4971	-0.1622	0.2065	-0.0169	0.0618	0.1544	0.0074	0.1783	13.3276	4.5627	44.9457
6	0.4954	0.3673	-0.2308	1.3868	0.5958	1.021	0.0234	-0.1522	0.1766	0.1728	-0.0181	0.07	-0.0708	0.1031	-0.0075	0.0933	-0.0185	0.0014	0.0901	0.0021	0.1019	-2.2829	4.8042	47.4865

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain L and resid 1:113)	L	1 - 113
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain L and resid 114:220)	L	114 - 220
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain H and resid 1:123)	H	1 - 123
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain H and resid 124:195)	H	124 - 195
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain H and resid 196:199)	H	196 - 199
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain H and resid 200:230)	H	200 - 230

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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