[日本語] English
万見
- PDB-3kyk: Crystal structure of li33 Igg1 Fab -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kyk
タイトルCrystal structure of li33 Igg1 Fab
要素
  • Heavy Chain Li33 IgG1
  • Light Chain Li33 IgG1
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Silvian, L.F. / Pepinsky, R.B. / Walus, L.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2010
タイトル: Improving the solubility of anti-LINGO-1 monoclonal antibody Li33 by isotype switching and targeted mutagenesis.
著者: Pepinsky, R.B. / Silvian, L. / Berkowitz, S.A. / Farrington, G. / Lugovskoy, A. / Walus, L. / Eldredge, J. / Capili, A. / Mi, S. / Graff, C. / Garber, E.
履歴
登録2009年12月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.32023年9月6日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
H: Heavy Chain Li33 IgG1
L: Light Chain Li33 IgG1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1106
ポリマ－47,7262
非ポリマー3844
水68538
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4280 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area18820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.632, 90.632, 215.041
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

-
要素

#1: 抗体 Heavy Chain Li33 IgG1


分子量: 24304.279 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: Heavy chain Li33
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 Light Chain Li33 IgG1


分子量: 23421.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: Light chain Li33
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.95 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.5
詳細: 2M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate pH 3.5 and 0.1M TCEP, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97961 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年12月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97961 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. all: 9320 / Num. obs: 9258 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 17.8 % / Rmerge(I) obs: 0.221 / Χ2: 0.773 / Net I/σ(I): 3.5
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 17.2 % / Rmerge(I) obs: 0.571 / Num. unique all: 888 / Χ2: 0.736 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation4 Å38.21 Å
Translation4 Å38.21 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER1.3.2位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2B2X

2b2x


解像度: 3.2→44.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.916 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.812 / WRfactor Rfree: 0.235 / WRfactor Rwork: 0.171 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.777 / SU B: 13.1 / SU ML: 0.236 / SU Rfree: 0.577 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.577 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29 442 4.8 %RANDOM
Rwork0.194 ---
obs0.198 9257 99.91 %-
all-9331 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 52.88 Å2 / Biso mean: 18.413 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.11 Å2-0.05 Å20 Å2
2---0.11 Å20 Å2
3---0.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→44.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3251 0 20 38 3309
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0223349
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3811.9584562
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.95429
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.14624.122131
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg23.62715512
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.0451514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1350.2505
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0212518
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7411.52133
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.45123433
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.10931216
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5554.51129
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.279 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.455 31 -
Rwork0.213 621 -
all-652 -
obs--99.54 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る