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万見
- PDB-1d6v: CONFORMATION EFFECTS IN BIOLOGICAL CATALYSIS INTRODUCED BY OXY-CO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1d6v
タイトルCONFORMATION EFFECTS IN BIOLOGICAL CATALYSIS INTRODUCED BY OXY-COPE ANTIBODY MATURATION
要素
  • CHIMERIC GERMLINE PRECURSOR OF OXY-COPE CATALYTIC ANTIBODY AZ-28 (HEAVY CHAIN)
  • CHIMERIC GERMLINE PRECURSOR OF OXY-COPE CATALYTIC ANTIBODY AZ-28 (LIGHT CHAIN)
キーワードIMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


IgD immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / Fc-gamma receptor I complex binding / CD22 mediated BCR regulation / complement-dependent cytotoxicity / IgG immunoglobulin complex / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / antibody-dependent cellular cytotoxicity ...IgD immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / Fc-gamma receptor I complex binding / CD22 mediated BCR regulation / complement-dependent cytotoxicity / IgG immunoglobulin complex / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / antibody-dependent cellular cytotoxicity / immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin complex, circulating / Classical antibody-mediated complement activation / immunoglobulin complex / Initial triggering of complement / immunoglobulin mediated immune response / FCGR activation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / complement activation, classical pathway / Role of phospholipids in phagocytosis / Scavenging of heme from plasma / antigen binding / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Regulation of Complement cascade / Cell surface interactions at the vascular wall / B cell receptor signaling pathway / FCGR3A-mediated phagocytosis / FCERI mediated MAPK activation / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / FCERI mediated NF-kB activation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antibacterial humoral response / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / blood microparticle / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / immune response / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. ...: / : / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-HOP / IgM heavy chain variable region / Immunoglobulin kappa constant / Immunoglobulin heavy constant gamma 1 / Immunoglobulin gamma-1 heavy chain / Anti-colorectal carcinoma light chain
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å
データ登録者Mundorff, E.C. / Hanson, M.A. / Schultz, P.G. / Stevens, R.C.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: Conformational effects in biological catalysis: an antibody-catalyzed oxy-cope rearrangement.
著者: Mundorff, E.C. / Hanson, M.A. / Varvak, A. / Ulrich, H. / Schultz, P.G. / Stevens, R.C.
履歴
登録1999年10月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年6月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Experimental preparation / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: diffrn_radiation_wavelength / entity ...diffrn_radiation_wavelength / entity / entity_src_gen / exptl_crystal_grow / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_fragment / _exptl_crystal_grow.temp ..._entity.pdbx_fragment / _exptl_crystal_grow.temp / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.ref_id / _struct_ref_seq.seq_align_beg
改定 1.42024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: CHIMERIC GERMLINE PRECURSOR OF OXY-COPE CATALYTIC ANTIBODY AZ-28 (LIGHT CHAIN)
H: CHIMERIC GERMLINE PRECURSOR OF OXY-COPE CATALYTIC ANTIBODY AZ-28 (HEAVY CHAIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9567
ポリマ－47,1242
非ポリマー8315
水2,486138
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4370 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area19980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.718, 64.446, 73.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.09, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 CHIMERIC GERMLINE PRECURSOR OF OXY-COPE CATALYTIC ANTIBODY AZ-28 (LIGHT CHAIN)


分子量: 23506.186 Da / 分子数: 1
断片: chimeric fab fragment (UNP Q7TS98 reisues 23-129, P01834 residues 1-104)
由来タイプ: 組換発現
詳細: THE PROTEIN WAS PRODUCED AS A CHIMERIC FAB FRAGMENT. THE VARIABLE DOMAINS (CHAINS A,L 1-107, CHAINS B,H 1-113) ARE MURINE. THE CONSTANT DOMAINS (CHAINS A, L 108-211 AND CHAINS B,H 113-214) ARE HUMAN.
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
属: Mus, Homo / 生物種: , / 遺伝子: IGKC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7TS98, UniProt: P01834
#2: 抗体 CHIMERIC GERMLINE PRECURSOR OF OXY-COPE CATALYTIC ANTIBODY AZ-28 (HEAVY CHAIN)


分子量: 23618.234 Da / 分子数: 1
断片: chimeric fab fragment (UNP K7T9I5 residues 1-112, P0DOX5 residues 120-220)
由来タイプ: 組換発現
詳細: THE PROTEIN WAS PRODUCED AS A CHIMERIC FAB FRAGMENT. THE VARIABLE DOMAINS (CHAINS A,L 1-107, CHAINS B,H 1-113) ARE MURINE. THE CONSTANT DOMAINS (CHAINS A, L 108-211 AND CHAINS B,H 113-214) ARE HUMAN.
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
属: Mus, Homo / 生物種: , / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: K7T9I5, UniProt: P0DOX5, UniProt: P01857*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#4: 化合物 ChemComp-HOP / (1S,2S,5S)2-(4-GLUTARIDYLBENZYL)-5-PHENYL-1-CYCLOHEXANOL / OXY-COPE-HAPTEN / 4-[[4-(4β-フェニル-2β-ヒドロキシシクロヘキサン-1α-イル)ベンゾイル]アミノ]酪酸


分子量: 381.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H27NO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.2 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 9% polyethylene glycol 4000 250mM ammonium sulfate 80mM Cadmium Chloride 75mM Hepes 20% 1,4 butanediol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 19K
結晶化
*PLUS
pH: 8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlprotein1drop
2100 mM1dropNaCl
310 mMTris-HCl1drop
41 mMmethionine1drop
580 mMcadmium chloride1reservoir
675 mMHEPES1reservoir
7250 mMammonium sulfate1reservoir
820 %1,4-butanediol1reservoir
99 %PEG40001reservoir
102 mMTSA11reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 193 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2
検出器検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2→15 Å / Num. all: 78215 / Num. obs: 66483 / % possible obs: 85.2 % / Observed criterion σ(I): 12 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 16.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 12
反射
*PLUS
Num. obs: 28062 / Num. measured all: 66483
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 83 % / Rmerge(I) obs: 0.176 / Mean I/σ(I) obs: 7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS0.4精密化
精密化解像度: 2→9.92 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1265132.97 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 2726 10 %RANDOM
Rwork0.224 ---
obs0.224 27361 83.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 64.28 Å2 / ksol: 0.459 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 36.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.77 Å20 Å23.7 Å2
2--0.44 Å20 Å2
3---0.33 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.3 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.03 Å-0.04 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→9.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3316 0 32 138 3486
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.023
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d28.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.38
LS精密化 シェル解像度: 2→2.12 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246 442 10.4 %
Rwork0.212 3824 -
obs--78.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2CPH.PARCPH.TOP
X-RAY DIFFRACTION3PAR.LIBWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4WATER_REP.PARAMTOP.LIB
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.4 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.265
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.27
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg28.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.38

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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