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万見
- PDB-7khl: BRD4-BD1 Compound6 (methyl 4-(3,5-difluoropyridin-2-yl)-10-methyl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7khl
タイトルBRD4-BD1 Compound6 (methyl 4-(3,5-difluoropyridin-2-yl)-10-methyl-7-((methylsulfonyl)methyl)-11-oxo-3,4,10,11-tetrahydro-1H-1,4,10-triazadibenzo[cd,f]azulene-6-carboxylate)
要素Bromodomain-containing protein 4
キーワードCELL CYCLE / SBDD
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase II C-terminal domain binding / P-TEFb complex binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / host-mediated suppression of viral transcription / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / : / histone reader activity / condensed nuclear chromosome ...RNA polymerase II C-terminal domain binding / P-TEFb complex binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / host-mediated suppression of viral transcription / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / : / histone reader activity / condensed nuclear chromosome / transcription coregulator activity / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / p53 binding / chromosome / regulation of inflammatory response / histone binding / Potential therapeutics for SARS / transcription coactivator activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / transcription cis-regulatory region binding / chromatin remodeling / protein serine/threonine kinase activity / DNA damage response / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain, conserved site ...Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-WEM / Bromodomain-containing protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.286 Å
データ登録者Murray, J.M.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Antibody-Mediated Delivery of Chimeric BRD4 Degraders. Part 2: Improvement of In Vitro Antiproliferation Activity and In Vivo Antitumor Efficacy.
著者: Dragovich, P.S. / Pillow, T.H. / Blake, R.A. / Sadowsky, J.D. / Adaligil, E. / Adhikari, P. / Chen, J. / Corr, N. / Dela Cruz-Chuh, J. / Del Rosario, G. / Fullerton, A. / Hartman, S.J. / ...著者: Dragovich, P.S. / Pillow, T.H. / Blake, R.A. / Sadowsky, J.D. / Adaligil, E. / Adhikari, P. / Chen, J. / Corr, N. / Dela Cruz-Chuh, J. / Del Rosario, G. / Fullerton, A. / Hartman, S.J. / Jiang, F. / Kaufman, S. / Kleinheinz, T. / Kozak, K.R. / Liu, L. / Lu, Y. / Mulvihill, M.M. / Murray, J.M. / O'Donohue, A. / Rowntree, R.K. / Sawyer, W.S. / Staben, L.R. / Wai, J. / Wang, J. / Wei, B. / Wei, W. / Xu, Z. / Yao, H. / Yu, S.F. / Zhang, D. / Zhang, H. / Zhang, S. / Zhao, Y. / Zhou, H. / Zhu, X.
履歴
登録2020年10月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain-containing protein 4
B: Bromodomain-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8574
ポリマ－35,2502
非ポリマー6072
水6,882382
1
A: Bromodomain-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1402
ポリマ－17,6251
非ポリマー5151
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Bromodomain-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7172
ポリマ－17,6251
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)30.278, 41.812, 54.256
Angle α, β, γ (deg.)84.580, 76.300, 89.920
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 Bromodomain-containing protein 4 / Protein HUNK1


分子量: 17625.037 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60885
#2: 化合物 ChemComp-WEM / methyl 7-(3,5-difluoropyridin-2-yl)-2-methyl-10-[(methylsulfonyl)methyl]-3-oxo-3,4,6,7-tetrahydro-2H-2,4,7-triazadibenzo[cd,f]azulene-9-carboxylate


分子量: 514.501 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H20F2N4O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 382 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.72 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8 / 詳細: 14% w/v PEG 4K, 0.1 M Tris-HCl pH 8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 1M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.234→52.464 Å / Num. obs: 51557 / % possible obs: 69.7 % / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 15.23 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.052 / Net I/σ(I): 9.6 / Num. measured all: 129516
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.234-1.2381.81.78195540.7051.542.3640.18.2
5.726-52.4642.60.02719007330.9980.020.03322.798.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
BUSTER精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3MXF

3mxf


解像度: 1.286→52.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU R Cruickshank DPI: 0.071 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.076 / SU Rfree Blow DPI: 0.077 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.074
詳細: HYDROGENS WERE FULLY REFINED WITH ZERO OCCUPANCY AT NUCLEAR POSITION. REFINEMENT NOTES. NUMBER OF REFINEMENT NOTES : 1 NOTE 1 : IDEAL-DIST CONTACT TERM CONTACT SETUP. ALL ATOMS HAVE CCP4 ATOM TYPE FROM LIBRARY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 2300 4.73 %RANDOM
Rwork0.1928 ---
obs0.1943 48634 74.3 %-
原子変位パラメータBiso max: 211.82 Å2 / Biso mean: 20.15 Å2 / Biso min: 8.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.0056 Å20.7598 Å2-0.7381 Å2
2---0.1677 Å2-0.1462 Å2
3----0.8379 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.19 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.286→52.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2108 0 42 382 2532
Biso mean--15.29 30.89 -
残基数----253
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d813SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes395HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2247HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion292SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies11HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2544SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2301HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3160HARMONIC20.93
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.12
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.12
LS精密化 シェル解像度: 1.29→1.33 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3187 56 5.76 %
Rwork0.2551 917 -
all0.2587 973 -
obs--14.23 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5708-0.49281.30710.6391-0.28882.34320.13370.0857-0.0893-0.0178-0.07870.00090.19580.0804-0.0551-0.026-0.0014-0.0075-0.03720.0043-0.051-2.858510.430316.8377
20.8990.03010.13180.45510.01521.1190.0323-0.0239-0.0334-0.0218-0.05470.04290.0786-0.02450.0224-0.01380.0203-0.0156-0.0345-0.0137-0.0431.565631.211541.5732
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A42 - 167
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B41 - 167

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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