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- PDB-4edw: Nerve Growth Factor in Complex with Fab from humanized version of... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4edw
タイトルNerve Growth Factor in Complex with Fab from humanized version of mouse mAb 911 (tanezumab)
要素
  • Beta-nerve growth factor
  • tanezumab Fab heavy chain
  • tanezumab Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / cystine knot / immunoglobulin / growth/survival factor
機能・相同性
機能・相同性情報


NFG and proNGF binds to p75NTR / Ceramide signalling / nerve growth factor receptor binding / NGF processing / TRKA activation by NGF / PLC-gamma1 signalling / Signalling to STAT3 / p75NTR negatively regulates cell cycle via SC1 / metalloendopeptidase inhibitor activity / nerve growth factor signaling pathway ...NFG and proNGF binds to p75NTR / Ceramide signalling / nerve growth factor receptor binding / NGF processing / TRKA activation by NGF / PLC-gamma1 signalling / Signalling to STAT3 / p75NTR negatively regulates cell cycle via SC1 / metalloendopeptidase inhibitor activity / nerve growth factor signaling pathway / nerve development / Retrograde neurotrophin signalling / Axonal growth stimulation / NADE modulates death signalling / Signalling to p38 via RIT and RIN / ARMS-mediated activation / positive regulation of Ras protein signal transduction / PI3K/AKT activation / positive regulation of DNA binding / Frs2-mediated activation / NRAGE signals death through JNK / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / Signalling to RAS / positive regulation of neuron differentiation / p75NTR recruits signalling complexes / NF-kB is activated and signals survival / NRIF signals cell death from the nucleus / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / neuron projection morphogenesis / endosome lumen / growth factor activity / modulation of chemical synaptic transmission / Golgi lumen / synaptic vesicle / negative regulation of neuron apoptotic process / axon / negative regulation of cell population proliferation / lipid binding / dendrite / positive regulation of gene expression / extracellular space / extracellular region / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nerve growth factor, beta subunit, mammalian / Nerve growth factor, beta subunit / Nerve growth factor-related / Nerve growth factor conserved site / Nerve growth factor-like / Nerve growth factor family / Nerve growth factor family signature. / Nerve growth factor family profile. / Nerve growth factor (NGF or beta-NGF) / Cystine Knot Cytokines, subunit B ...Nerve growth factor, beta subunit, mammalian / Nerve growth factor, beta subunit / Nerve growth factor-related / Nerve growth factor conserved site / Nerve growth factor-like / Nerve growth factor family / Nerve growth factor family signature. / Nerve growth factor family profile. / Nerve growth factor (NGF or beta-NGF) / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine / Ribbon / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-nerve growth factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.48 Å
データ登録者Eigenbrot, C. / Ultsch, M.
引用ジャーナル: MAbs
タイトル: Generation of a high-fidelity antibody against nerve growth factor using library scanning mutagenesis and validation with structures of the initial and optimized Fab-antigen complexes.
著者: La Porte, S.L. / Eigenbrot, C. / Ultsch, M. / Ho, W.H. / Foletti, D. / Forgie, A. / Lindquist, K.C. / Shelton, D.L. / Pons, J.
履歴
登録2012年3月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月13日Group: Database references
改定 1.22017年10月25日Group: Advisory / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _software.name
改定 1.32024年11月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
V: Beta-nerve growth factor
L: tanezumab Fab light chain
H: tanezumab Fab heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,1884
ポリマ－62,0963
非ポリマー921
水66737
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5570 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area25550 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)64.700, 92.707, 252.729
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Beta-nerve growth factor / Beta-NGF


分子量: 13515.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NGF, NGFB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01138
#2: 抗体 tanezumab Fab light chain


分子量: 23621.170 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 抗体 tanezumab Fab heavy chain


分子量: 24959.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.69 %
結晶化温度: 300 K / pH: 6.8
詳細: PEG 5000 monomethylether, glycerol, sodium cacodylate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月8日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.48→50 Å / Num. obs: 25872 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 62.52 Å2 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 24

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
BUSTER2.11.2精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.48→45.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.899 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8736 / SU B: 9.534 / SU ML: 0.208 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.397 / ESU R Free: 0.285 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2491 1320 5.12 %RANDOM
Rwork0.2002 ---
obs0.2026 25793 93.94 %-
all-24244 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 69.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.0702 Å20 Å20 Å2
2---29.8352 Å20 Å2
3---29.9054 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.4 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.48→45.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4128 0 6 37 4171
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.26
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact
LS精密化 シェル解像度: 2.48→2.58 Å / Total num. of bins used: 13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.404 111 5.48 %
Rwork0.2464 1914 -
all0.2544 2025 -
obs--93.94 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.06960.8617-1.05033.0207-0.87754.8625-0.0290.15070.0438-0.13520.05140.2820.5347-0.8387-0.02240.1396-0.1373-0.0830.2736-0.00450.1634-12.574-26.637-39.147
21.32030.5788-0.33752.14980.11713.847-0.0653-0.1806-0.1086-0.05680.06930.0240.03970.0732-0.0040.0738-0.0116-0.01760.19650.03390.1828-8.592-32.405-2.235
30.1129-0.13420.04951.47430.93896.4524-0.05290.02390.1033-0.00570.1836-0.0455-0.90230.0601-0.13080.251-0.0057-0.01520.1291-0.03480.1624-2.236-8.037-34.737
43.7643-0.2092-0.02012.4666-0.92224.64520.0970.0342-0.25630.1975-0.2019-0.21740.03360.24950.10490.0455-0.0352-0.01980.1752-0.03550.13463.701-23.556-8.728
51.52881.8341-0.5124.1246-0.65953.74320.1362-0.19550.02440.023-0.1382-0.009-0.17070.59420.0020.2275-0.0466-0.01270.2978-0.03380.17686.41-12.945-62.992
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1L1 - 107
2X-RAY DIFFRACTION2L108 - 214
3X-RAY DIFFRACTION3H1 - 112
4X-RAY DIFFRACTION4H113 - 213
5X-RAY DIFFRACTION5V10 - 115

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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