PDB-5yvy: Crystal structure of unlinked full length NS3 protein (eD4NS2BNS3...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5yvy

タイトル

Crystal structure of unlinked full length NS3 protein (eD4NS2BNS3) from DENV4 in closed conformation

要素

(Genome polyprotein) x 2

キーワード

VIRAL PROTEIN / SERINE PROTEASE / NON-STRUCTURAL PROTEIN 3 / DEAH HELICASE / ATPASE / DENGUE VIRUS / FLAVIVIRUS

機能・相同性

機能・相同性情報

: / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport ...
類似検索 - 分子機能

Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C superfamily / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A ...Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C superfamily / Genome polyprotein, Flavivirus / : / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Dengue virus 4 (デング熱ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

PHOO, W.W. / El Sahili, A.

資金援助

シンガポール, 4件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structures of unlinked full length NS3 from Dengue virus provide insights into dynamics of protease domain
著者: Phoo, W.W. / Sahili, A.E. / Zhang, Z.Z. / Chen, M.W. / Lescar, J. / Vasudevan, S. / Luo, D.

履歴

登録	2017年11月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年11月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5yvy.cif.gz	253.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5yvy.ent.gz	206.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5yvy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yv/5yvy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yv/5yvy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5yvjC 5yvuC 5yvvC 5yvwC 5yw1C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5yvw-d 5yvv-d 5f8c-1 3gwz-2 2ft3-1 4edw-d 5f8f-2 3g5l-2 2whx-d 1l7d-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#103 - 2008年7月デングウイルス (Dengue Virus) 類似性 (42) #197 - 2016年5月ジカウイルス (Zika Virus) 類似性 (41)

登録構造単位

A: Genome polyprotein

B: Genome polyprotein

75.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Monomeric peak in gel filtraion

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.900, 88.770, 81.450
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.85, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Genome polyprotein 分子量: 5816.376 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Dengue virus 4 (デング熱ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F8J1V3
#2: タンパク質	Genome polyprotein 分子量: 69431.094 Da / 分子数: 1 / Mutation: L30S,F31S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Dengue virus 4 (デング熱ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F8TEL4

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.74 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.4, 10% PEG 6000 / PH範囲: 7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.2→81.2 Å / Num. obs: 10645 / % possible obs: 84.8 % / 冗長度: 3.4 % / CC_1/2: 0.984 / R_merge(I) obs: 0.123 / R_pim(I) all: 0.115 / R_rim(I) all: 0.169 / Net I/σ(I): 6.9
反射シェル	解像度: 3.2→3.46 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.793 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 2412 / CC_1/2: 0.526 / R_pim(I) all: 0.735 / R_rim(I) all: 1.084 / % possible all: 93.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.2→42.966 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.48 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.257	533	5.02 %	Random Selection
R_work	0.2054	-	-	-
obs	0.2081	10614	84.68 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.2→42.966 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4687	0	0	0	4687

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	4788
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.606	6509
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.441	1734
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.024	727
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	853

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.2001-3.522	0.3526	132	0.2782	2705	X-RAY DIFFRACTION	91
3.522-4.0313	0.2952	74	0.2725	1443	X-RAY DIFFRACTION	49
4.0313-5.0778	0.2264	144	0.1848	2948	X-RAY DIFFRACTION	99
5.0778-42.9697	0.2472	183	0.1853	2985	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.645	3.3427	-1.7311	9.0861	1.8326	4.9396	-0.3363	0.2358	2.4255	0.2145	0.2121	2.9143	0.4365	0.8828	0.3041	1.5329	0.1785	-0.1011	1.4574	0.0469	1.6948	170.6497	19.9473	141.4889
2	9.6426	2.6238	-0.5566	2.199	-0.4446	0.0899	-0.7473	0.2062	0.9481	-1.4062	0.4834	0.5006	1.1196	1.0663	0.2938	2.0057	-0.4747	-1.0445	2.5358	0.2289	1.5527	191.0772	19.8016	128.575
3	6.0733	6.7092	4.3152	7.4453	4.8102	3.1156	3.0967	-2.1719	-1.6223	1.9772	-2.4884	0.2342	2.0818	-0.6397	-0.9527	3.3171	0.1803	-0.3237	1.5186	0.1803	1.3083	184.0714	13.5883	117.4722
4	2.0001	-8.9076	1.4941	9.8205	1.2631	2.5916	0.7675	1.123	1.3515	-1.5242	-0.6125	1.1688	1.4828	-1.428	0.0729	2.189	-0.8733	-0.1644	1.776	0.0099	1.6846	187.3172	12.8571	122.1372
5	2	2.0002	4.695	1.9999	1.9998	2	-2.4384	-3.0858	-2.438	2.6172	4.9692	11.0757	-6.8476	-12.1649	-2.5423	1.3151	-0.5202	-0.1677	1.3193	0.3485	0.7654	195.8448	16.1285	121.978
6	2.8213	-2.1127	3.4792	0.7922	-2.152	4.9742	-0.5544	-0.8678	0.3565	0.4808	0.0949	-0.277	-0.3413	-0.345	0.3295	1.1768	-0.1396	-0.1182	1.0612	-0.0218	0.9787	169.8924	18.4049	125.7647
7	5.9156	0.8593	-1.49	6.3526	0.846	7.326	0.337	-0.5175	0.0639	0.5034	-0.4496	0.5902	-0.0906	-0.533	0.0798	0.3311	-0.0153	0.0274	0.4481	-0.0341	0.4886	142.9	20.4373	98.6863
8	3.929	0.3995	2.4971	2.4767	1.1394	4.6301	0.2986	-0.3687	-0.4161	-0.1215	-0.1173	-0.0158	0.2139	-0.4025	-0.2058	0.3625	-0.0845	0.0711	0.4311	0.0502	0.5045	155.1493	8.2877	83.2876

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 52 through 71 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 72 through 76 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 77 through 81 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 82 through 86 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 87 through 87 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 24 through 191 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 192 through 324 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 325 through 618 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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