PDB-6aon: 1.72 Angstrom Resolution Crystal Structure of 2-Oxoglutarate Dehy...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6aon

タイトル

1.72 Angstrom Resolution Crystal Structure of 2-Oxoglutarate Dehydrogenase Complex Subunit Dihydrolipoamide Dehydrogenase from Bordetella pertussis in Complex with FAD

要素

Dihydrolipoyl dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / 2-oxoglutarate dehydrogenase complex subunit dihydrolipoamide dehydrogenase / FAD

機能・相同性

機能・相同性情報

dihydrolipoyl dehydrogenase / dihydrolipoyl dehydrogenase (NADH) activity / flavin adenine dinucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bordetella pertussis (百日咳菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.72 Å

データ登録者

Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / McChesney, C. / Grimshaw, S. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: Microbiol Resour Announc / 年: 2025
タイトル: Structural genomics of bacterial drug targets: Application of a high-throughput pipeline to solve 58 protein structures from pathogenic and related bacteria.
著者: Inniss, N.L. / Minasov, G. / Chang, C. / Tan, K. / Kim, Y. / Maltseva, N. / Stogios, P. / Filippova, E. / Michalska, K. / Osipiuk, J. / Jaroszewki, L. / Godzik, A. / Savchenko, A. / ...

履歴

登録	2017年8月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年8月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年8月30日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / struct / Item: _citation.title / _struct.title
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
改定 1.4	2025年6月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6aon.cif.gz	393.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6aon.ent.gz	319.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6aon.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6aon_validation.pdf.gz	919.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6aon_full_validation.pdf.gz	924.1 KB	表示
XML形式データ	6aon_validation.xml.gz	46.2 KB	表示
CIF形式データ	6aon_validation.cif.gz	71.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ao/6aon ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ao/6aon	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5umeC 5uswC 5usxC 5utxC 5uu6C 5uwyC 5ux9C 5wp0C 6aooC 6aziC 6b5fC 6b8dC 6bk7C 6blbC 6c8qC 6pu9C 6puaC 6pxaC 6w2zC 5u8uS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2a8x-d 2f5z-1 5u8w-1 1zy8-3 6bz0-1 5u8u-1 1lpf-d 7kmy-4 5u8v-1 5u8w-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP07182

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (8) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (8) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Dihydrolipoyl dehydrogenase

B: Dihydrolipoyl dehydrogenase

ヘテロ分子

102 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology, 5U8U

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.801, 68.801, 199.396
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

#1: タンパク質	Dihydrolipoyl dehydrogenase / 2-oxoglutarate dehydrogenase complex subunit dihydrolipoamide dehydrogenase 分子量: 50436.555 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bordetella pertussis (strain Tohama I / ATCC BAA-589 / NCTC 13251) (百日咳菌) 株: Tohama I / ATCC BAA-589 / NCTC 13251 / 遺伝子: odhL, BP1126 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7VZ16, dihydrolipoyl dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1084 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.3 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Protein in 0.3 M sodium chloride, 0.01 M HEPES, pH 7.5 against screen (0.2 M calcium acetate, 20% w/v PEG3350)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月22日 / 詳細: C(111)
放射	モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.72→30 Å / Num. obs: 96213 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5 % / B_iso Wilson estimate: 20.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.086 / R_pim(I) all: 0.041 / R_sym value: 0.086 / Χ²: 1.023 / Net I/σ(I): 14.7
反射シェル	解像度: 1.72→1.75 Å / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.781 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 4725 / CC_1/2: 0.648 / R_pim(I) all: 0.378 / R_sym value: 0.781 / Χ²: 1.009 / % possible all: 96.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MoRDa		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 5U8U

5u8u

解像度: 1.72→29.92 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / SU B: 5.899 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.116 / ESU R Free: 0.111 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20529	4844	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1695	-	-	-
obs	0.17133	90615	97.67 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.261 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.51 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.51 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.72→29.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7026	0	107	1084	8217

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	7538
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	7106
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.42	1.969	10268
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.848	3	16503
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	2.803	5	1001
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.461	24.983	297
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	9.828	15	1250
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.65	15	33
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	1154
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.023	0.02	8596
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.02	0.02	1455
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.74	1.514	3926
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.739	1.514	3925
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.207	2.27	4953
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.207	2.27	4954
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.166	1.68	3612
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.166	1.68	3613
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.854	2.449	5316
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.27	20.077	9014
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.861	18.776	8660
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.72→1.765 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.283	356	-
R_work	0.261	6624	-
obs	-	-	97.03 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5812	-0.732	0.0214	1.0228	-0.2114	0.5681	0.0429	0.0625	-0.0108	-0.0782	-0.0221	-0.0085	-0.0261	-0.0791	-0.0208	0.055	-0.0021	-0.0004	0.0742	-0.0011	0.0811	19.9378	48.3443	105.778
2	0.3176	-0.2142	-0.1863	0.8534	-0.295	0.5856	0.0124	0.0361	-0.0527	-0.0254	0.0276	0.0882	-0.0135	-0.1148	-0.0399	0.0059	0.0038	-0.0108	0.0464	0.0047	0.0493	13.3594	51.796	109.6385
3	4.1895	-0.4195	-2.1604	0.9316	-0.6149	2.0946	0.074	-0.2638	0.2063	0.0201	0.0634	-0.0156	-0.2367	0.0729	-0.1374	0.1469	0.0183	0.0257	0.0337	-0.0301	0.0486	12.8887	71.7033	123.0101
4	0.5694	-0.2522	-0.1098	0.5425	0.0394	0.7108	0.0245	-0.0648	-0.0023	0.0153	0.008	-0.0272	-0.0531	0.0632	-0.0325	0.0104	-0.0154	0.0004	0.0304	0.0073	0.0418	25.1141	50.6773	119.53
5	1.0413	0.3485	0.0182	2.1581	-0.2342	0.986	0.1673	-0.0874	0.0747	0.3412	-0.1842	0.0705	-0.0481	0.0421	0.017	0.0935	-0.0554	0.0133	0.0349	-0.01	0.0234	38.5208	73.3396	109.1074
6	0.9733	0.6464	0.28	0.4694	0.0652	0.4907	0.0467	-0.0969	0.1176	0.0547	-0.0488	0.0774	-0.0319	-0.0699	0.0021	0.0417	0.0104	0.0065	0.0558	-0.0089	0.0638	30.3499	85.6913	90.7862
7	1.2476	0.7647	0.7643	0.9207	0.3048	1.6105	-0.0533	0.0539	0.0562	-0.0544	-0.0021	-0.0241	-0.2133	0.1436	0.0554	0.0478	-0.0122	0.0072	0.0175	0.0159	0.0445	44.0287	94.4377	85.3057
8	1.3785	-1.2741	0.4925	1.8818	-1.087	1.5192	0.1427	0.0599	-0.0261	-0.2731	-0.0897	0.0567	0.1678	-0.0374	-0.0529	0.0745	0.005	-0.0223	0.0187	-0.0049	0.0484	26.2995	72.6665	70.5211
9	1.4498	0.0585	0.7407	1.1729	0.057	1.2663	0.0405	0.0957	-0.0707	-0.0155	-0.0302	-0.1484	0.0175	0.2497	-0.0103	0.0065	0.0056	0.0093	0.0624	0.0006	0.0559	52.7918	83.6339	84.6576
10	0.6512	0.1292	-0.1299	0.7115	-0.0682	0.5504	-0.035	0.0002	0.0053	-0.0312	0.0301	0.0127	0.0049	-0.0119	0.0049	0.0229	-0.0085	0.0084	0.0142	-0.0013	0.0378	37.5099	57.8585	93.1075

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 74
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	75 - 209
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	210 - 265
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	266 - 366
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	367 - 475
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	3 - 102
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	103 - 178
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	179 - 277
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	278 - 351
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	352 - 475

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関連情報:EMDBヘッダ

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