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- PDB-5zph: Copper amine oxidase from Arthrobacter globiformis anaerobically ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zph
タイトルCopper amine oxidase from Arthrobacter globiformis anaerobically reduced by ethylamine at pH6 at 293K (2)
要素Phenylethylamine oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / COPPER AMINE OXIDASE / TOPAQUINONE / TPQ
機能・相同性
機能・相同性情報


primary-amine oxidase / aliphatic amine oxidase activity / primary methylamine oxidase activity / amine metabolic process / quinone binding / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
: / AGAO-like N2 domain / Copper amine oxidase, N3 domain / Copper amine oxidase, catalytic domain / : / Copper amine oxidase copper-binding site signature. / : / Copper amine oxidase topaquinone signature. / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #40 / Copper amine oxidase ...: / AGAO-like N2 domain / Copper amine oxidase, N3 domain / Copper amine oxidase, catalytic domain / : / Copper amine oxidase copper-binding site signature. / : / Copper amine oxidase topaquinone signature. / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #40 / Copper amine oxidase / Copper amine oxidase, catalytic domain / Copper amine oxidase, N-terminal / Copper amine oxidase, catalytic domain superfamily / Copper amine oxidase, enzyme domain / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Distorted Sandwich / Roll / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Phenylethylamine oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Arthrobacter globiformis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.72 Å
データ登録者Murakawa, T. / Baba, S. / Kawano, Y. / Hayashi, H. / Yano, T. / Tanizawa, K. / Kumasaka, T. / Yamamoto, M. / Okajima, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
日本
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2019
タイトル: In crystallothermodynamic analysis of conformational change of the topaquinone cofactor in bacterial copper amine oxidase
著者: Murakawa, T. / Baba, S. / Kawano, Y. / Hayashi, H. / Yano, T. / Kumasaka, T. / Yamamoto, M. / Tanizawa, K. / Okajima, T.
履歴
登録2018年4月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年1月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phenylethylamine oxidase
B: Phenylethylamine oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,0016
ポリマ－137,8282
非ポリマー1734
水16,502916
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13710 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area41640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)193.464, 64.505, 158.895
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 117.060, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1369-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Phenylethylamine oxidase / Primary amine oxidase


分子量: 68913.750 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 9-628 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arthrobacter globiformis (バクテリア)
プラスミド: pepo-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CD03 / 参照: UniProt: P46881, primary-amine oxidase
#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 916 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.6 % / Mosaicity: 0.208 °
結晶化温度: 289 K / 手法: microdialysis / pH: 7.4 / 詳細: 1.05M potassium-sodium tartrate, 25mM HEPES

-
データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→50 Å / Num. obs: 181520 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 19.75 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.094 / Χ2: 1.527 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.73-1.7640.70888110.7810.3980.8130.91898
1.76-1.794.10.59288860.8360.3330.680.94697.4
1.79-1.834.10.51388880.870.290.5910.99198.4
1.83-1.864.10.43789150.8950.2460.5031.01698.4
1.86-1.94.10.36388800.9240.2040.4171.06397.9
1.9-1.954.10.30589060.9450.1710.351.12698.2
1.95-240.24989790.9620.140.2861.299
2-2.0540.21589410.9710.1210.2471.23898.8
2.05-2.114.10.19589850.9750.110.2241.27498.7
2.11-2.184.10.17789740.9770.10.2031.38398.8
2.18-2.2640.15489910.9830.0870.1771.41299
2.26-2.354.10.13890260.9860.0780.1591.5299.1
2.35-2.4540.12990520.9880.0730.1481.56799.3
2.45-2.5840.12190500.9890.0680.1391.70199
2.58-2.7540.10690690.9920.060.1221.96399.7
2.75-2.9640.09390890.9930.0530.1072.28799.5
2.96-3.2640.07291460.9950.0410.0832.38299.8
3.26-3.733.90.05191510.9980.0290.0592.35699.8
3.73-4.693.90.03992150.9980.0220.0452.19799.8
4.69-503.80.03393710.9990.0190.0382.02999.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1iu7

1iu7


解像度: 1.72→40.437 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.81 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1791 9127 5.03 %
Rwork0.1533 172393 -
obs0.1545 180325 97.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 159.16 Å2 / Biso mean: 27.0818 Å2 / Biso min: 9.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.72→40.437 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9736 0 4 916 10656
Biso mean--16.13 39.39 -
残基数----1240
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00610090
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.88413767
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0611481
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051834
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.75958
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.7197-1.73920.28071890.2694409970
1.7392-1.75970.29492810.2441577298
1.7597-1.78110.25593150.2358566697
1.7811-1.80370.26052880.2242574998
1.8037-1.82740.24843110.2288571698
1.8274-1.85250.26662860.218570698
1.8525-1.87890.23753100.2009574399
1.8789-1.9070.21643180.1865572898
1.907-1.93680.1933200.1772573499
1.9368-1.96850.19863120.172575098
1.9685-2.00250.19623040.1608576499
2.0025-2.03890.18283320.1585576499
2.0389-2.07810.18023040.1583575098
2.0781-2.12050.1863090.15845777100
2.1205-2.16660.18443140.156578298
2.1666-2.2170.19423260.1583579399
2.217-2.27240.19593150.1561578299
2.2724-2.33390.19272810.1537579499
2.3339-2.40250.18453250.1567580099
2.4025-2.48010.18023350.1596580999
2.4801-2.56870.19082900.16735842100
2.5687-2.67150.19942950.1606585299
2.6715-2.79310.19053150.1638583199
2.7931-2.94030.18372850.1564591599
2.9403-3.12450.18293130.15345829100
3.1245-3.36560.15763290.14125865100
3.3656-3.70410.15283050.11895899100
3.7041-4.23960.12593210.11555919100
4.2396-5.33950.12932830.11075994100
5.3395-100.18563160.1625596998
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.51790.4967-1.21244.3190.08082.22850.14840.21860.0498-0.396-0.2325-0.3335-0.09240.51050.02630.22850.03930.08160.34290.08440.176649.12195.44980.7534
23.40340.80320.36570.73690.18050.91910.01810.6740.2245-0.2182-0.0888-0.0893-0.00930.13530.06710.30130.07280.04910.37340.02880.218439.0073-1.2263-3.2952
31.22610.10840.20920.34030.17741.18030.01570.32570.0007-0.0986-0.00190.0211-0.1213-0.0017-0.0140.16530.0274-0.00710.15460.04290.133826.30863.380311.4608
40.4124-0.11310.01110.2666-0.0021.12920.02910.0848-0.0229-0.0392-0.0217-0.0083-0.01070.1323-0.00980.12670.0067-0.00450.1315-00.161336.9304-3.423924.8416
52.62890.41921.10780.16220.14821.2199-0.0205-0.05470.13-0.0103-0.03340.0077-0.1160.02480.04780.11910.0074-0.01240.08810.01870.129634.42331.367730.7222
61.1879-0.1885-1.21694.6851-0.30022.92560.02470.02020.0113-0.0037-0.04660.2471-0.0672-0.4519-0.02040.10460.0320.02540.1652-0.04770.162111.34697.431969.566
72.31870.0583-0.28260.14580.07190.9463-0.0286-0.3341-0.02780.10.0190.01260.0010.1759-0.0150.1718-0.01-0.02670.16990.00530.170636.0984-2.267473.0225
80.39240.0513-0.00110.26550.02821.070.01320.00380.00970.01710.0001-0.0044-0.0857-0.0497-0.00850.11440.0059-0.00760.06820.00420.151624.1560.528745.4403
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 9 through 72 )A9 - 72
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 73 through 114 )A73 - 114
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 115 through 277 )A115 - 277
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 278 through 581 )A278 - 581
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 582 through 628 )A582 - 628
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 9 through 72 )B9 - 72
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 73 through 191 )B73 - 191
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 192 through 628 )B192 - 628

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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