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- PDB-5wp0: Crystal structure of NAD synthetase NadE from Vibrio fischeri -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wp0
タイトルCrystal structure of NAD synthetase NadE from Vibrio fischeri
要素NH(3)-dependent NAD(+) synthetase
キーワードLIGASE / Structural genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / ALPHA BETA / 3-LAYER(ABA) SANDWICH / ROSSMANN FOLD / NAD SYNTHETASE / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD+ synthase / NAD+ synthase activity / NAD+ synthase (glutamine-hydrolyzing) activity / glutaminase activity / NAD+ biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
NH(3)-dependent NAD(+) synthetase / NAD(+) synthetase / NAD/GMP synthase / NAD synthase / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NH(3)-dependent NAD(+) synthetase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio fischeri (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / Grimshaw, S. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201200026C 米国
引用ジャーナル: Microbiol Resour Announc / 年: 2025
タイトル: Structural genomics of bacterial drug targets: Application of a high-throughput pipeline to solve 58 protein structures from pathogenic and related bacteria.
著者: Inniss, N.L. / Minasov, G. / Chang, C. / Tan, K. / Kim, Y. / Maltseva, N. / Stogios, P. / Filippova, E. / Michalska, K. / Osipiuk, J. / Jaroszewki, L. / Godzik, A. / Savchenko, A. / ...著者: Inniss, N.L. / Minasov, G. / Chang, C. / Tan, K. / Kim, Y. / Maltseva, N. / Stogios, P. / Filippova, E. / Michalska, K. / Osipiuk, J. / Jaroszewki, L. / Godzik, A. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Satchell, K.J.F.
履歴
登録2017年8月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
Item: _pdbx_audit_support.country / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42025年6月18日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NH(3)-dependent NAD(+) synthetase
B: NH(3)-dependent NAD(+) synthetase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,4402
ポリマ－61,4402
非ポリマー00
水3,441191
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5080 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area23310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.252, 115.887, 55.086
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.42, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 NH(3)-dependent NAD(+) synthetase


分子量: 30719.889 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio fischeri (strain ATCC 700601 / ES114) (バクテリア)
株: ATCC 700601 / ES114 / 遺伝子: nadE, VF_A0602 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-Gold Magic / 参照: UniProt: Q5DZX4, NAD+ synthase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M MgCl2, 0.1 M HEPES pH 7.5, 21% PEG 3350, 0.5 mM CaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年5月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→25 Å / Num. obs: 17622 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.165 / Rpim(I) all: 0.087 / Net I/σ(I): 9.33
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.768 / Mean I/σ(I) obs: 2.06 / Num. unique obs: 878 / CC1/2: 0.717 / Rpim(I) all: 0.398 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_2733精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3q4g

3q4g


解像度: 2.6→24.867 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.95
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2609 864 4.97 %RANDOM
Rwork0.2003 ---
obs0.2034 17373 97.81 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→24.867 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4129 0 0 191 4320
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0024188
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4535649
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.0181582
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038645
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003741
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5914-2.75360.3331360.2832508X-RAY DIFFRACTION89
2.7536-2.96590.36691440.26442763X-RAY DIFFRACTION99
2.9659-3.26380.32691460.24552805X-RAY DIFFRACTION100
3.2638-3.73470.29611430.20322796X-RAY DIFFRACTION100
3.7347-4.70010.21531400.16382804X-RAY DIFFRACTION100
4.7001-24.86830.2021550.16842833X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.98950.62783.55372.25541.56222.7875-0.74660.171.1607-1.5305-0.5301-0.24570.24510.20741.18230.680.03830.13280.5439-0.01270.912717.9544.5222-19.9888
24.3374-0.75030.66282.37570.26112.390.12860.26720.1088-0.3271-0.05060.1497-0.2857-0.2425-0.08840.37210.04490.02020.2707-0.00650.344-12.7670.8988-22.4133
36.1234-5.60814.49797.2172-6.41185.8674-0.3358-0.56730.50631.1210.11160.2006-0.5622-0.07720.17560.4571-0.01230.0120.5214-0.06940.3752-13.7173-8.6096-2.1393
48.21677.65560.31317.2028-0.44548.05490.7679-1.71540.40492.988-0.2356-0.89961.1808-0.148-0.59211.4443-0.0281-0.05031.0919-0.26010.66352.4204-12.58958.4439
50.4848-0.2788-0.11462.8978-0.09350.85460.1719-0.12210.25140.2905-0.0286-0.273-0.19630.0356-0.13340.3354-0.010.00850.324-0.05010.355-0.1088-1.1359-13.5215
62.314-0.23830.02191.30690.31560.47820.0213-0.1551-0.016-0.0316-0.0026-0.10680.08490.0582-0.02190.3073-0.00060.00090.28520.05760.29379.8801-28.9237-15.5889
74.78422.5324-1.73331.342-0.91850.6281-0.70630.5768-1.7307-1.7488-0.91180.0327-0.5664-0.09891.07391.372-0.05660.33371.5015-0.41430.6861-10.6907-38.6882-5.6086
86.9471-3.8114-0.03144.7604-0.75052.7406-0.1676-0.2844-0.37060.31710.15480.50.0662-0.2469-0.01140.303-0.08990.07620.30770.01240.3332-11.1154-26.0284-5.3156
91.01181.7881-1.85418.13961.3819.2723-0.46070.35380.607-0.15590.5817-0.21290.69110.0684-0.16840.2443-0.0205-0.1040.44750.15020.6207-25.5602-22.1421-17.0087
100.6913-0.299-0.70871.50610.72120.88120.07120.0810.0145-0.003-0.05320.0894-0.0401-0.1903-0.00990.30670.004-0.02520.3210.0390.3219-2.761-27.9174-22.9369
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID -2:3 )A-2 - 3
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 4:85 )A4 - 85
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 86:129 )A86 - 129
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 130:137 )A130 - 137
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 138:276 )A138 - 276
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID -2:82 )B-2 - 82
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 83:89 )B83 - 89
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 90:128 )B90 - 128
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 129:138 )B129 - 138
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 139:276 )B139 - 276

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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