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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5wp0 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of NAD synthetase NadE from Vibrio fischeri | ||||||
![]() | NH(3)-dependent NAD(+) synthetase | ||||||
![]() | LIGASE / Structural genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / ALPHA BETA / 3-LAYER(ABA) SANDWICH / ROSSMANN FOLD / NAD SYNTHETASE / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
機能・相同性 | ![]() NAD+ synthase / NAD+ synthase activity / NAD+ synthase (glutamine-hydrolyzing) activity / glutaminase activity / NAD biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / Grimshaw, S. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of NAD synthetase NadE from Vibrio fischeri 著者: Stogios, P.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 223 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 178.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 431 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 436.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 30.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3q4gS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30719.889 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 700601 / ES114 / 遺伝子: nadE, VF_A0602 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M MgCl2, 0.1 M HEPES pH 7.5, 21% PEG 3350, 0.5 mM CaCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年5月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→25 Å / Num. obs: 17622 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.165 / Rpim(I) all: 0.087 / Net I/σ(I): 9.33 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.768 / Mean I/σ(I) obs: 2.06 / Num. unique obs: 878 / CC1/2: 0.717 / Rpim(I) all: 0.398 / % possible all: 99.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3q4g 解像度: 2.6→24.867 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.95
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→24.867 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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