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- PDB-5whj: Crystal structure of Fab fragment of anti-FcRn antibody DX-2507 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5whj
タイトルCrystal structure of Fab fragment of anti-FcRn antibody DX-2507
要素
  • DX-2507 Fab heavy chain
  • DX-2507 Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Fabricator / FcRn / B2M / beta-2-microglobulin
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex / adaptive immune response / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type ...: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IGL@ protein / IgG H chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Edwards, T.E. / Fairman, J.W. / Nixon, A.E. / Kenniston, J.A.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Structural basis for pH-insensitive inhibition of immunoglobulin G recycling by an anti-neonatal Fc receptor antibody.
著者: Kenniston, J.A. / Taylor, B.M. / Conley, G.P. / Cosic, J. / Kopacz, K.J. / Lindberg, A.P. / Comeau, S.R. / Atkins, K. / Bullen, J. / TenHoor, C. / Adelman, B.A. / Sexton, D.J. / Edwards, T.E. / Nixon, A.E.
履歴
登録2017年7月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: DX-2507 Fab heavy chain
L: DX-2507 Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6422
ポリマ－45,6422
非ポリマー00
水4,594255
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2810 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area18940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.170, 116.170, 79.220
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number95
Space group name H-MP4322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11L-356-

HOH

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要素

#1: 抗体 DX-2507 Fab heavy chain


分子量: 22981.740 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: S6BAN1
#2: 抗体 DX-2507 Fab light chain


分子量: 22659.986 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGL@ / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6NS95
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 255 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.4 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: DX-2507 Fab at 9.5 mg/mL against Morpheus screen condition G5 with 10% PEG 20000, 20% PEG 550

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50.01 Å / Num. obs: 29879 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 42.57 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rrim(I) all: 0.061 / Χ2: 1.001 / Net I/σ(I): 23.8 / Num. measured all: 218958 / Scaling rejects: 3
反射 シェル解像度: 2.15→2.21 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.589 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique obs: 378 / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.022 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2863)精密化
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3IDX

3idx


解像度: 2.15→41.072 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 22.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2252 1439 4.82 %RANDOM
Rwork0.1798 ---
obs0.1821 29840 99.22 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→41.072 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3091 0 0 255 3346
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073176
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8384345
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.9882175
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055495
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005562
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1499-2.22670.2431280.20872824X-RAY DIFFRACTION100
2.2267-2.31590.26971420.20822807X-RAY DIFFRACTION100
2.3159-2.42130.29331550.21122802X-RAY DIFFRACTION100
2.4213-2.54890.25271430.20712817X-RAY DIFFRACTION100
2.5489-2.70860.28271470.20822817X-RAY DIFFRACTION100
2.7086-2.91770.30171300.20752850X-RAY DIFFRACTION100
2.9177-3.21120.27051300.2112845X-RAY DIFFRACTION100
3.2112-3.67560.24371500.18512855X-RAY DIFFRACTION99
3.6756-4.62980.17111520.13982852X-RAY DIFFRACTION98
4.6298-41.07980.18181620.15932932X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5148-0.63270.55331.1245-0.12851.25360.0808-0.1847-0.1846-0.05580.096-0.10480.4586-0.3614-0.00010.3444-0.0536-0.01890.32280.02210.2366-37.5403-10.18814.073
21.58580.00760.55841.7076-0.21450.4408-0.0202-0.3497-0.07840.11380.169-0.35840.1718-0.27210.00060.2813-0.0240.00690.34980.01830.1883-39.9993-6.3445.4131
30.1710.0352-0.11270.02790.04940.41310.57340.40720.4039-0.70890.14970.2949-0.5409-0.09820.17310.67520.13430.06740.53660.06340.2467-53.471619.2948-25.2615
41.48170.3394-0.58451.3209-0.00530.87590.08390.08020.0016-0.12550.0071-0.017-0.1792-0.19870.00020.21160.03260.02020.2793-0.02780.1892-50.739711.04-16.6061
52.29610.653-0.47152.6725-0.15551.2704-0.3454-0.1925-0.57010.2604-0.0135-0.59140.1242-0.146-0.03040.2079-0.03830.06140.2667-0.06430.5344-17.867-1.3335-3.4501
61.7876-0.33760.51650.48910.06521.1180.05380.0875-0.09260.1530.02220.0271-0.26870.0303-0.00120.21160.00950.04950.2088-0.02150.277-37.149613.6068-9.5339
71.68740.8953-0.21370.6714-0.81462.60120.16770.05850.69230.4104-0.03820.1477-0.9180.21640.00330.4963-0.06090.05550.2985-0.01020.43-42.65827.1312-14.4811
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'H' and (resid 1 through 61 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'H' and (resid 62 through 122 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'H' and (resid 123 through 137 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'H' and (resid 138 through 217 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'L' and (resid 2 through 93 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'L' and (resid 94 through 133 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'L' and (resid 134 through 212 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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