PDB-5uud: Tetragonal thermolysin cryocooled to 100 K with 50% dmf as cryopr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5uud

タイトル

Tetragonal thermolysin cryocooled to 100 K with 50% dmf as cryoprotectant

要素

Thermolysin

キーワード

HYDROLASE / zinc protease / alpha/beta

機能・相同性

機能・相同性情報

thermolysin / metalloendopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.60000346607 Å

データ登録者

Juers, D.H.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2018
タイトル: The impact of cryosolution thermal contraction on proteins and protein crystals: volumes, conformation and order.
著者: Juers, D.H. / Farley, C.A. / Saxby, C.P. / Cotter, R.A. / Cahn, J.K.B. / Holton-Burke, R.C. / Harrison, K. / Wu, Z.

履歴

登録	2017年2月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年3月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年9月19日	Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy カテゴリ: citation / citation_author / entity_src_gen Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id
改定 1.2	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5uud.cif.gz	176.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5uud.ent.gz	115.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5uud.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5uud_validation.pdf.gz	440.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5uud_full_validation.pdf.gz	441.2 KB	表示
XML形式データ	5uud_validation.xml.gz	18.4 KB	表示
CIF形式データ	5uud_validation.cif.gz	28.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uu/5uud ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uu/5uud	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5un3C 5uu7C 5uu8C 5uu9C 5uuaC 5uubC 5uucC 5uueC 6avlC 6b6nC 6b6oC 6b6pC 6b6qC 6b6rC 6b6sC 6b6tC 6d5nC 6d5oC 6d5pC 6d5qC 6d5rC 6d5sC 6d5tC 6d5uC 6d6eC 6d6fC 6d6gC 6d6hC 6dzfC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2whz-d 1pe5-d 1gxw-d 1kkk-d 6lzn-d 1y3g-d 6qar-d 1lna-d 6ghx-d 3p7p-d 3fcq-d 1thl-d 4h57-d 6sc1-d 6sel-d 1kro-d 3dnz-d 3nn7-d 6sc0-d 1l3f-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Thermolysin

ヘテロ分子

35.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.440, 96.440, 105.529
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2
Space group name Hall	P4abw2nw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Thermolysin / Thermostable neutral proteinase 分子量: 34360.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア) 遺伝子: npr 発現宿主: Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア) 参照: UniProt: P00800, thermolysin

-
非ポリマー , 5種, 429分子

#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-DMF / DIMETHYLFORMAMIDE / ジメチルホルムアミド分子量: 73.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₇NO
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 406 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.55 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Well: ~2 M AmSO4 Drop: 50 mg/mL protein in 45% DMSO, 0.5 M ZnCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: SEALED TUBE / タイプ: OXFORD DIFFRACTION ENHANCE ULTRA / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: OXFORD ONYX CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→20.88 Å / Num. obs: 125444 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.6 % / B_iso Wilson estimate: 18.7237838701 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 20.1
反射シェル	最高解像度: 1.6 Å / 冗長度: 6.1 % / CC_1/2: 0.606 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
CrysalisPro		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.60000346607→19.8870760838 Å / SU ML: 0.172157831902 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33788757465 / 位相誤差: 19.4158185857

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.193252643043	3780	3.01433002927 %
R_work	0.166284420046	-	-
obs	0.167090365816	125401	99.9617374391 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.4484097384 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.60000346607→19.8870760838 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2432	0	63	406	2901

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00624060116445	2667
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.789130757053	3650
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0514831234964	389
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00545305637193	491
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.83401048602	1562

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.6202	0.31882378054	142	0.307951451157	4542	X-RAY DIFFRACTION	99.808225016
1.6202-1.6416	0.302730379423	126	0.296697907506	4504	X-RAY DIFFRACTION	99.9568221071
1.6416-1.664	0.329366884689	152	0.284658908168	4502	X-RAY DIFFRACTION	99.9785177229
1.664-1.6878	0.300253774437	139	0.264786514454	4498	X-RAY DIFFRACTION	99.9784389823
1.6878-1.713	0.235854532437	134	0.248833424154	4482	X-RAY DIFFRACTION	100
1.713-1.7397	0.306047905646	148	0.249774921998	4512	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7397-1.7682	0.201638217134	137	0.246975734579	4490	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7682-1.7987	0.274390530647	136	0.236082787261	4526	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7987-1.8314	0.227782961477	143	0.220638176258	4511	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8314-1.8666	0.249694329105	136	0.215368333242	4473	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8666-1.9047	0.210536444312	153	0.20312161622	4534	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9047-1.946	0.241336545444	140	0.197931002679	4484	X-RAY DIFFRACTION	100
1.946-1.9913	0.228687584198	132	0.197734412722	4493	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9913-2.041	0.232420289147	147	0.191679473802	4527	X-RAY DIFFRACTION	100
2.041-2.0961	0.217167681298	139	0.182194477139	4530	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0961-2.1578	0.254830436239	142	0.166422269659	4483	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1578-2.2273	0.183278474735	137	0.154022091964	4487	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2273-2.3068	0.173182166048	141	0.148963426824	4536	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3068-2.399	0.162291968627	134	0.139614256533	4509	X-RAY DIFFRACTION	100
2.399-2.508	0.149771742064	142	0.140772608169	4490	X-RAY DIFFRACTION	100
2.508-2.6399	0.15814426846	143	0.13619675179	4484	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6399-2.8049	0.137351771399	141	0.139085687886	4515	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8049-3.0208	0.187567079513	141	0.146529486968	4516	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0208-3.3235	0.22184094266	135	0.160918472898	4512	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3235-3.8015	0.172834126281	141	0.148618732958	4500	X-RAY DIFFRACTION	99.9784575614
3.8015-4.7785	0.158176180454	138	0.129181522931	4518	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7785-19.8886	0.151808589432	141	0.143933313991	4463	X-RAY DIFFRACTION	99.2669253989

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