+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6sc1 | ||||||
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Title | THERMOLYSIN IN COMPLEX WITH FRAGMENT J96 | ||||||
Components | Thermolysin | ||||||
Keywords | HYDROLASE / THERMOLYSIN / METALLOPROTEASE / FRAGMENT COMPLEX | ||||||
Function / homology | Function and homology information thermolysin / metalloendopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Bacillus thermoproteolyticus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.56 Å | ||||||
Authors | Magari, F. / Heine, A. / Klebe, G. | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: THERMOLYSIN IN COMPLEX WITH FRAGMENT J96 Authors: Magari, F. / Heine, A. / Klebe, G. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6sc1.cif.gz | 224.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6sc1.ent.gz | 157.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6sc1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sc/6sc1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sc/6sc1 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules E
#1: Protein | Mass: 34360.336 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Bacillus thermoproteolyticus (bacteria) / References: UniProt: P00800, thermolysin |
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-Non-polymers , 7 types, 231 molecules
#2: Chemical | ChemComp-ZN / | ||||||||||
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#3: Chemical | ChemComp-CA / #4: Chemical | ChemComp-L5W / ~{ | #5: Chemical | ChemComp-IPA / | #6: Chemical | ChemComp-GOL / #7: Chemical | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.33 Å3/Da / Density % sol: 47.31 % |
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Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 50 MM TRIS/HCL, 1.9 M CSCL, 50% DMSO, PH 7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.1 / Wavelength: 0.9184 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 22, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9184 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.56→50 Å / Num. obs: 47287 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 7 % / Biso Wilson estimate: 16.66 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 23.95 |
Reflection shell | Resolution: 1.56→1.65 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.83 / Num. unique obs: 7457 / CC1/2: 0.94 / Rsym value: 0.494 / % possible all: 99.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: NONE Resolution: 1.56→50 Å / SU ML: 0.1262 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / Phase error: 14.5314
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 20.18 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.56→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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