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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6sbk | ||||||
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Title | THERMOLYSIN IN COMPLEX WITH FRAGMENT J13 | ||||||
![]() | Thermolysin | ||||||
![]() | HYDROLASE / THERMOLYSIN / METALLOPROTEASE / FRAGMENT COMPLEX | ||||||
Function / homology | ![]() thermolysin / metalloendopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Magari, F. / Heine, A. / Klebe, G. | ||||||
![]() | ![]() Title: THERMOLYSIN IN COMPLEX WITH FRAGMENT J13 Authors: Magari, F. / Heine, A. / Klebe, G. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 231.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 153.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
-Protein , 1 types, 1 molecules E
#1: Protein | Mass: 34360.336 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 8 types, 282 molecules ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/TRS.gif)
![](data/chem/img/47J.gif)
![](data/chem/img/L4Z.gif)
![](data/chem/img/IPA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/TRS.gif)
![](data/chem/img/47J.gif)
![](data/chem/img/L4Z.gif)
![](data/chem/img/IPA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-ZN / | ||||||||||||
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#3: Chemical | ChemComp-CA / #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-TRS / | #6: Chemical | ChemComp-47J / | #7: Chemical | ChemComp-L4Z / ( | #8: Chemical | ChemComp-IPA / | #9: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.33 Å3/Da / Density % sol: 47.13 % |
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Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 50 MM TRIS/HCL, 1.9 M CSCL, 50% DMSO, PH 7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Feb 10, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.48→46.28 Å / Num. obs: 54619 / % possible obs: 99.2 % / Redundancy: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 13.81 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 20.24 |
Reflection shell | Resolution: 1.48→1.57 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.99 / Num. unique obs: 8612 / CC1/2: 0.911 / Rsym value: 0.478 / % possible all: 98.3 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: NONE Resolution: 1.48→46.28 Å / SU ML: 0.1172 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 14.6511
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 16.41 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.48→46.28 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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