PDB-5jss: Thermolysin in complex with JC149.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5jss

タイトル

Thermolysin in complex with JC149.

要素

Thermolysin

キーワード

HYDROLASE / METALLOPROTEASE / HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

thermolysin / metalloendopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.19 Å

データ登録者

Krimmer, S.G. / Cramer, J. / Heine, A. / Klebe, G.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2016
タイトル: Rational Design of Thermodynamic and Kinetic Binding Profiles by Optimizing Surface Water Networks Coating Protein-Bound Ligands.
著者: Krimmer, S.G. / Cramer, J. / Betz, M. / Fridh, V. / Karlsson, R. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2016年5月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年12月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5jss.cif.gz	208 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5jss.ent.gz	166.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5jss.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5jss_validation.pdf.gz	951.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5jss_full_validation.pdf.gz	951.5 KB	表示
XML形式データ	5jss_validation.xml.gz	17.3 KB	表示
CIF形式データ	5jss_validation.cif.gz	28.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/js/5jss ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/js/5jss	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5js3C 5jt9C 5jviC 5jxnC 5l3uC 5l41C 5l8pC 8tlnS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6yi6-d 5js3-d 5n34-d 6sbk-d 5onq-d 1lnd-d 3t8d-d 5dpf-d 1fjw-d 1lna-d 5onr-d 5ma7-d 1kei-d 5m9w-d 5m5f-d 4n66-d 4n4e-d 3ls7-d 3qh1-d 4mxj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

E: Thermolysin

ヘテロ分子

35.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.528, 92.528, 131.314
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	E-781- HOH
2	1	E-838- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 E

#1: タンパク質	Thermolysin / Thermostable neutral proteinase 分子量: 34360.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア) 参照: UniProt: P00800, thermolysin

-
非ポリマー , 6種, 435分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-6NG / N~2~-[(R)-({[(benzyloxy)carbonyl]amino}methyl)(hydroxy)phosphoryl]-N-[(2R)-2,3,3-trimethylbutyl]-L-leucinamide 分子量: 455.528 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₃₈N₃O₅P
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 424 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.94 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: 50 MM TRIS/HCL, 1.9 M CSCL, 50% DMSO

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月9日
放射	モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.19→50 Å / Num. obs: 106247 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 15.1 % / R_sym value: 0.095 / Net I/σ(I): 18.18
反射シェル	解像度: 1.19→1.26 Å / 冗長度: 15 % / Mean I/σ(I) obs: 5.17 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 8TLN

8tln

解像度: 1.19→40.066 Å / SU ML: 0.06 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 8.64

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1209	5312	5 %
R_work	0.1034	-	-
obs	0.1043	106241	99.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.19→40.066 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2416	0	60	424	2900

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	2615
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.161	3575
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.927	915
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.097	379
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	469

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.1893-1.2028	0.1527	172	0.1205	3265	X-RAY DIFFRACTION	99
1.2028-1.2169	0.1498	175	0.1176	3327	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2169-1.2318	0.1479	174	0.1103	3300	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2318-1.2474	0.1251	175	0.1064	3319	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2474-1.2638	0.1147	175	0.1015	3336	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2638-1.2811	0.128	174	0.0989	3310	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2811-1.2994	0.1056	174	0.0968	3295	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2994-1.3188	0.1277	175	0.0973	3337	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3188-1.3394	0.1058	176	0.0953	3331	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3394-1.3614	0.1183	175	0.0948	3327	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3614-1.3849	0.1112	175	0.0874	3331	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3849-1.41	0.105	175	0.0882	3326	X-RAY DIFFRACTION	100
1.41-1.4372	0.1099	175	0.0895	3323	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4372-1.4665	0.1053	175	0.0872	3331	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4665-1.4984	0.1202	176	0.0838	3336	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4984-1.5332	0.0951	176	0.0837	3343	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5332-1.5716	0.1093	177	0.0813	3358	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5716-1.6141	0.0982	175	0.085	3328	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6141-1.6616	0.1109	177	0.0837	3357	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6616-1.7152	0.1059	177	0.0889	3367	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7152-1.7765	0.1082	177	0.0893	3367	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7765-1.8476	0.1185	177	0.0927	3368	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8476-1.9317	0.1215	178	0.0963	3381	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9317-2.0336	0.1123	178	0.0976	3372	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0336-2.161	0.1042	178	0.0949	3394	X-RAY DIFFRACTION	100
2.161-2.3278	0.1144	180	0.1001	3412	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3278-2.562	0.1269	180	0.1028	3431	X-RAY DIFFRACTION	100
2.562-2.9327	0.1216	182	0.1074	3443	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9327-3.6944	0.1361	184	0.1171	3513	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6944-40.0885	0.1425	195	0.1397	3701	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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