+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6sc0 | ||||||
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Title | THERMOLYSIN IN COMPLEX WITH FRAGMENT J22 | ||||||
Components | Thermolysin | ||||||
Keywords | HYDROLASE / THERMOLYSIN / METALLOPROTEASE / FRAGMENT COMPLEX | ||||||
Function / homology | Function and homology information thermolysin / metalloendopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Bacillus thermoproteolyticus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.53 Å | ||||||
Authors | Magari, F. / Heine, A. / Klebe, G. | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: THERMOLYSIN IN COMPLEX WITH FRAGMENT J22 Authors: Magari, F. / Heine, A. / Klebe, G. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6sc0.cif.gz | 226.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6sc0.ent.gz | 158.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6sc0.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sc/6sc0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sc/6sc0 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules E
#1: Protein | Mass: 34360.336 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Bacillus thermoproteolyticus (bacteria) / References: UniProt: P00800, thermolysin |
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-Non-polymers , 8 types, 273 molecules
#2: Chemical | ChemComp-CA / #3: Chemical | ChemComp-ZN / | #4: Chemical | ChemComp-TRS / | #5: Chemical | ChemComp-DMS / | #6: Chemical | ChemComp-IPA / | #7: Chemical | ChemComp-L5Q / | #8: Chemical | ChemComp-BCT / | #9: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.32 Å3/Da / Density % sol: 47.07 % |
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Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 50 MM TRIS/HCL, 1.9 M CSCL, 50% DMSO, PH 7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ELETTRA / Beamline: 5.2R / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Feb 11, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.53→50 Å / Num. obs: 49092 / % possible obs: 98.6 % / Redundancy: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 16.29 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 21.27 |
Reflection shell | Resolution: 1.53→1.62 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.11 / Num. unique obs: 7698 / CC1/2: 0.923 / Rsym value: 0.464 / % possible all: 97.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: NONE Resolution: 1.53→46.29 Å / SU ML: 0.1144 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 14.3267
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 19.43 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.53→46.29 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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