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万見
- PDB-4h57: Thermolysin inhibition -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4h57
タイトルThermolysin inhibition
要素Thermolysin
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE inhibitor / PROTEASE PHOSPHONAMIDATE INHIBITOR / METAL-BINDING / METALLOPROTEASE / PROTEASE / SECRETED / HYDROLASE-HYDROLASE inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


thermolysin / metalloendopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Elastase; domain 1 - #10 / Elastase; domain 1 / PepSY domain / Peptidase propeptide and YPEB domain / : / Peptidase M4, C-terminal / FTP domain / Peptidase M4 domain / Peptidase M4 / Thermolysin metallopeptidase, catalytic domain ...Elastase; domain 1 - #10 / Elastase; domain 1 / PepSY domain / Peptidase propeptide and YPEB domain / : / Peptidase M4, C-terminal / FTP domain / Peptidase M4 domain / Peptidase M4 / Thermolysin metallopeptidase, catalytic domain / Thermolysin metallopeptidase, alpha-helical domain / Fungalysin/Thermolysin Propeptide Motif / Neutral Protease Domain 2 / Neutral Protease; domain 2 / Peptidase M4/M1, CTD superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CBZ-GLY-P-LEU-LEU (ZGPLL) / Chem-0PJ / Thermolysin
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.56 Å
データ登録者Englert, L. / Biela, A. / Heine, A. / Klebe, G.
引用
ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2013
タイトル: Dissecting the hydrophobic effect on the molecular level: the role of water, enthalpy, and entropy in ligand binding to thermolysin.
著者: Biela, A. / Nasief, N.N. / Betz, M. / Heine, A. / Hangauer, D. / Klebe, G.
#1: ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2010
タイトル: Displacement of disordered water molecules from hydrophobic pocket creates enthalpic signature: Binding of phosphonamidate to the S1'-pocket of thermolysin
著者: Englert, L. / Biela, A. / Zayed, M. / Heine, A. / Hangauer, D. / Klebe, G.
履歴
登録2012年9月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2012年10月3日ID: 3FWD
改定 1.02012年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月27日Group: Other
改定 1.22013年3月6日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thermolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,64614
ポリマ－34,3601
非ポリマー1,28613
水5,909328
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.452, 92.452, 129.778
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-650-

HOH

21A-738-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Thermolysin / Thermostable neutral proteinase


分子量: 34360.336 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 233-548 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア)
参照: UniProt: P00800, thermolysin

-
非ポリマー , 6種, 341分子

#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-0PJ / N-[(S)-({[(benzyloxy)carbonyl]amino}methyl)(hydroxy)phosphoryl]-L-leucyl-L-leucine / ZGPLL / N-[[[(ベンジルオキシカルボニル)アミノ]メチル]ホスホニル]-L-Leu-L-Leu-OH


タイプ: peptide-like, Peptide-like / クラス: 酵素阻害剤 / 分子量: 471.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H34N3O7P / 参照: CBZ-GLY-P-LEU-LEU (ZGPLL)
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 328 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.21 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 50MM TRIS/HCL, 50%DMSO, 1.9M CSCL,, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月20日 / 詳細: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.56→27 Å / Num. all: 46395 / Num. obs: 46395 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル解像度: 1.56→1.59 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Rsym value: 0.357 / % possible all: 87.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 1TMN

1tmn


解像度: 1.56→22.632 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: Free R / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 14.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1671 2317 5 %RANDOM
Rwork0.1478 ---
obs0.1488 46352 98.17 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.56→22.632 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2424 0 71 328 2823
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0122643
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0783742
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.787917
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077378
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005467
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5595-1.59130.23291180.20692296X-RAY DIFFRACTION88
1.5913-1.62590.20631320.17282407X-RAY DIFFRACTION93
1.6259-1.66370.18281250.16492508X-RAY DIFFRACTION97
1.6637-1.70530.20871260.16182564X-RAY DIFFRACTION99
1.7053-1.75140.20491480.15442596X-RAY DIFFRACTION100
1.7514-1.80290.1821340.14272577X-RAY DIFFRACTION100
1.8029-1.86110.16141360.13792616X-RAY DIFFRACTION100
1.8611-1.92760.17361330.14762599X-RAY DIFFRACTION100
1.9276-2.00470.16111260.13892623X-RAY DIFFRACTION100
2.0047-2.09590.15361490.13692590X-RAY DIFFRACTION100
2.0959-2.20630.15021210.1292636X-RAY DIFFRACTION100
2.2063-2.34440.17071350.13692625X-RAY DIFFRACTION99
2.3444-2.52520.16091420.13842615X-RAY DIFFRACTION99
2.5252-2.77890.15751520.142636X-RAY DIFFRACTION99
2.7789-3.18010.14241310.14382674X-RAY DIFFRACTION99
3.1801-4.00290.16911580.142675X-RAY DIFFRACTION99
4.0029-22.63440.16921510.17032798X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.692.0328-0.20662.7643-1.02411.2537-0.00020.1221-0.0339-0.21210.0031-0.00810.00130.0206-0.0290.1245-0.01610.0080.1463-0.02640.0713-27.849427.1109-10.9629
20.805-0.02460.30140.66360.0930.2503-0.00140.0241-0.025-0.0499-0.0145-0.00150.0067-0.02770.01460.0882-0.02180.02860.1128-0.00880.0693-24.208331.9359-1.3383
30.5525-0.21320.2660.5814-0.08860.53280.00170.08390.0404-0.0457-0.0339-0.1015-0.01740.10280.02680.0771-0.02210.03560.1240.0050.1197-7.129233.57551.3204
46.1636-2.45370.88382.3027-0.3061.5422-0.148-0.11130.3060.14840.0128-0.3074-0.1190.13510.09550.1306-0.0435-0.01630.15340.00850.18642.768741.245812.4176
51.8478-0.4744-0.40260.44990.19130.5662-0.02190.1008-0.088-0.01860.0055-0.10890.03370.15550.01220.1010.0040.02790.19210.0180.15487.788926.31045.8801
62.1238-0.9047-1.22083.36872.44514.3724-0.0033-0.0285-0.23970.1164-0.0849-0.02980.2533-0.05830.10150.0923-0.00310.01490.10220.0320.1592-5.439520.643112.9116
71.95660.5228-0.39575.64840.84711.861-0.0804-0.2308-0.36540.367-0.0151-0.09340.24680.09560.10450.15150.02210.02330.18950.05720.19140.963820.312417.8142
82.13510.3514-0.20077.21090.91661.8313-0.0664-0.1931-0.39850.0677-0.0164-0.47220.22280.2410.06790.1330.05010.02620.20570.05570.23258.417819.157512.9882
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 25 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 26 through 122 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 123 through 211 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 212 through 232 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 233 through 259 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 260 through 280 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 281 through 296 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 297 through 316 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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