PDB-6sc1: THERMOLYSIN IN COMPLEX WITH FRAGMENT J96

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6sc1

タイトル

THERMOLYSIN IN COMPLEX WITH FRAGMENT J96

要素

Thermolysin

テルモリシン

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

THERMOLYSIN (テルモリシン) /

METALLOPROTEASE (金属プロテアーゼ) / FRAGMENT COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

テルモリシン /

metalloendopeptidase activity /

タンパク質分解 / extracellular region /

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.56 Å

データ登録者

Magari, F. / Heine, A. / Klebe, G.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: THERMOLYSIN IN COMPLEX WITH FRAGMENT J96
著者: Magari, F. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2019年7月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年8月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6sc1.cif.gz	229.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6sc1.ent.gz	152.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6sc1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sc/6sc1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sc/6sc1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6sb9 6sbk 6sc0
類似構造データ	3f2p-d 3dnz-d 1pe5-d 1kkk-d 1gxw-d 1y3g-d 1kro-d 1qf0-d 3tmn-d 1os0-d 2tli-d 6sc0-d 3fcq-d 1l3f-d 1thl-d 1tlp-d 3fv4-d 3nn7-d 3fgd-d 5uue-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

E: Thermolysin

ヘテロ分子

35.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.797, 92.797, 129.056
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22
Space group name Hall	P6₁2(x,y,z+5/12)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/6 #3: y,-x+y,z+5/6 #4: -y,x-y,z+1/3 #5: -x+y,-x,z+2/3 #6: x-y,-y,-z #7: -x,-x+y,-z+2/3 #8: -x,-y,z+1/2 #9: y,x,-z+1/3 #10: -y,-x,-z+5/6 #11: -x+y,y,-z+1/2 #12: x,x-y,-z+1/6

-
タンパク質 , 1種, 1分子 E

#1: タンパク質	Thermolysin / テルモリシン / Thermostable neutral proteinase 分子量: 34360.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア) 参照: UniProt: P00800, テルモリシン

-
非ポリマー , 7種, 231分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-L5W / ~{N}-oxidanylbicyclo[2.2.1]heptane-1-carboxamide 分子量: 155.194 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₃NO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル / 2-プロパノール分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O / コメント: alkaloid*YM
#6: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#7: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド / ジメチルスルホキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#8: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.31 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 50 MM TRIS/HCL, 1.9 M CSCL, 50% DMSO, PH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.56→50 Å / Num. obs: 47287 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 16.66 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_sym value: 0.067 / Net I/σ(I): 23.95
反射シェル	解像度: 1.56→1.65 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.83 / Num. unique obs: 7457 / CC_1/2: 0.94 / R_sym value: 0.494 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
MxCuBE		データ収集
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: NONE

解像度: 1.56→50 Å / SU ML: 0.1262 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 14.5314

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1751	2365	5 %
R_work	0.1509	-	-
obs	0.1521	47281	99.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.56→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2420	0	56	217	2693

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2560
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9301	3486
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0568	368
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0065	456
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.0871	1449

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.56-1.59	0.2074	134	0.1746	2537	X-RAY DIFFRACTION	98.38
1.59-1.63	0.2042	136	0.166	2598	X-RAY DIFFRACTION	100
1.63-1.66	0.201	137	0.1685	2593	X-RAY DIFFRACTION	100
1.66-1.71	0.2206	137	0.1626	2599	X-RAY DIFFRACTION	100
1.71-1.75	0.2128	137	0.1595	2613	X-RAY DIFFRACTION	100
1.75-1.8	0.1993	136	0.1458	2587	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8-1.86	0.1873	138	0.1412	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
1.86-1.93	0.1731	138	0.1426	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
1.93-2	0.1761	137	0.1407	2604	X-RAY DIFFRACTION	100
2-2.1	0.1501	139	0.1349	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.21	0.1812	139	0.135	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
2.21-2.34	0.1593	138	0.1353	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
2.34-2.53	0.1691	140	0.134	2656	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.53-2.78	0.1693	140	0.1457	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
2.78-3.18	0.1593	142	0.1507	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
3.18-4.01	0.193	144	0.1525	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
4.01-46.4	0.162	153	0.1719	2900	X-RAY DIFFRACTION	99.71

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.768076240025	-0.00240198016186	0.271843163776	0.622035433927	0.0567950377844	0.421280201206	0.0180131249053	-0.00994210379176	-0.00713950447797	0.0575887856883	-0.0347836379498	-0.0506738510311	0.00103488338669	-0.0131229486456	-0.00790561947515	0.0986126161622	0.019930846593	0.023106351429	0.120707599373	0.00685414758101	0.0801313974804	22.3204860954	32.2558345144	1.39332663989
2	0.0579862316428	-0.0370876745868	-0.061410902838	0.0178171981654	0.0315026943573	0.0552844489747	0.0383842765643	-0.0259280380687	-0.0399812314142	-0.0273074103846	-0.0337218827172	0.0833009029228	0.0190966983702	-0.0263310727261	-3.45782977422E-6	0.113954394231	0.0142597317829	0.033355025675	0.173261298268	0.00357446497397	0.167707971901	5.93676283981	29.0772228351	-6.44554206113
3	0.0349486579657	0.0426742635874	0.00779648472933	0.0482054917699	0.0527035259179	0.230570531564	-0.00543271334456	-0.245071972413	0.0246200421121	0.0356240946971	-0.0452089643352	0.109582516512	-0.0338774427314	-0.209736588003	0.00535389693591	0.130123558425	0.0208272534577	0.0558616228588	0.238483806449	-0.0320335365924	0.174368854556	1.40406121814	35.3736946473	4.93850652686
4	0.481509554327	0.00570890418721	0.172522458242	0.312586689666	-0.187476049528	0.459430018713	0.0237214462933	0.0812271664264	-0.117089342088	-0.093657770556	-0.0419319355917	0.154076991442	-0.00550702882872	-0.249166746773	-0.0133879469688	0.103708847625	-0.00423525798183	0.0312422534981	0.178144567252	-0.0250733113941	0.202190640852	-1.89781016817	27.2645002874	-11.7127615822
5	0.0536241122262	-0.126756407401	-0.0257336195337	0.32789394608	-0.07193769304	0.962961920289	-0.00435716247111	0.159606600235	-0.215637479038	0.0613936238649	-0.050464365072	0.099297721991	0.062955165784	-0.342922123423	-0.0141755523883	0.125741076452	-0.0740944599438	0.018066061456	0.251114944858	-0.0582913065227	0.345806861285	-8.56318110347	19.4620396402	-13.3695339912

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'E' and (resid 1 through 158 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'E' and (resid 159 through 180 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'E' and (resid 181 through 211 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'E' and (resid 212 through 296 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'E' and (resid 297 through 316 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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