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- PDB-5uub: Tetragonal thermolysin cryocooled to 100 K with 25% xylose/25% mp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5uub
タイトルTetragonal thermolysin cryocooled to 100 K with 25% xylose/25% mpd as cryoprotectant
要素Thermolysin
キーワードHYDROLASE / zinc protease / alpha/beta
機能・相同性
機能・相同性情報


thermolysin / metalloendopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Elastase; domain 1 - #10 / Elastase; domain 1 / PepSY domain / Peptidase propeptide and YPEB domain / : / Peptidase M4, C-terminal / FTP domain / Peptidase M4 domain / Peptidase M4 / Thermolysin metallopeptidase, catalytic domain ...Elastase; domain 1 - #10 / Elastase; domain 1 / PepSY domain / Peptidase propeptide and YPEB domain / : / Peptidase M4, C-terminal / FTP domain / Peptidase M4 domain / Peptidase M4 / Thermolysin metallopeptidase, catalytic domain / Thermolysin metallopeptidase, alpha-helical domain / Fungalysin/Thermolysin Propeptide Motif / Neutral Protease Domain 2 / Neutral Protease; domain 2 / Peptidase M4/M1, CTD superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-xylopyranose / Thermolysin
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 1.60000288281 Å
データ登録者Juers, D.H.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2018
タイトル: The impact of cryosolution thermal contraction on proteins and protein crystals: volumes, conformation and order.
著者: Juers, D.H. / Farley, C.A. / Saxby, C.P. / Cotter, R.A. / Cahn, J.K.B. / Holton-Burke, R.C. / Harrison, K. / Wu, Z.
履歴
登録2017年2月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thermolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,15323
ポリマ－34,3601
非ポリマー1,79322
水6,485360
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3480 Å2
ΔGint-338 kcal/mol
Surface area12560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.707, 96.707, 105.611
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 5分子 A

#1: タンパク質 Thermolysin / Thermostable neutral proteinase


分子量: 34360.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア)
遺伝子: npr
発現宿主: Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア)
参照: UniProt: P00800, thermolysin
#6: 糖
ChemComp-XYP / beta-D-xylopyranose / beta-D-xylose / D-xylose / xylose / β-D-キシロピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H10O5
識別子タイププログラム
DXylpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-xylopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-XylpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
XylSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 6種, 378分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 360 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.77 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Well: 2 M AmSO4 Drop: 50 mg/mL protein in 45% DMSO, 0.5 M ZnCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: OXFORD DIFFRACTION ENHANCE ULTRA / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: OXFORD ONYX CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→20.9 Å / Num. obs: 126191 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.4 % / Biso Wilson estimate: 16.342542611 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 24.5
反射 シェル最高解像度: 1.6 Å / 冗長度: 6 % / CC1/2: 0.688 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
CrysalisProデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 1.60000288281→20.8973545215 Å / SU ML: 0.145054087592 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33439324505 / 位相誤差: 15.9600915237
Rfactor反射数%反射
Rfree0.165049426027 3802 3.01377681247 %
Rwork0.146739526378 --
obs0.147312430611 126154 99.9374173156 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 22.1312377266 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.60000288281→20.8973545215 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2432 0 86 360 2878
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008322897872312671
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9925458825653665
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0585103885882401
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00650642683684474
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.2944118561538
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.62020.2732327676321430.2757466308714479X-RAY DIFFRACTION99.2271361099
1.6202-1.64160.2712679254971280.2638804039894560X-RAY DIFFRACTION99.936047751
1.6416-1.6640.3102613954821540.2602685562994533X-RAY DIFFRACTION99.978668942
1.664-1.68780.2566090934221410.25164029784537X-RAY DIFFRACTION100
1.6878-1.7130.2535568393431300.227063130714545X-RAY DIFFRACTION100
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1.7397-1.76820.2010514875561400.2087354737714612X-RAY DIFFRACTION99.9789606564
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3.3242-3.80270.1268786914041430.1176093182424514X-RAY DIFFRACTION100
3.8027-4.78150.1294769397891400.1184468425694533X-RAY DIFFRACTION100
4.7815-20.89910.2072120297771400.1807917376544507X-RAY DIFFRACTION99.2948717949

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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