PDB-5dr3: Endothiapepsin in complex with fragment 333

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dr3

タイトル

Endothiapepsin in complex with fragment 333

要素

Endothiapepsin

キーワード

HYDROLASE / fragment screening / inhibition

機能・相同性

機能・相同性情報

endothiapepsin / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryphonectria parasitica (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.24 Å

データ登録者

Schiebel, J. / Heine, A. / Klebe, G.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
著者: Schiebel, J. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2015年9月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年9月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5dr3.cif.gz	201.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5dr3.ent.gz	162 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5dr3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5dr3_validation.pdf.gz	797 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5dr3_full_validation.pdf.gz	796.9 KB	表示
XML形式データ	5dr3_validation.xml.gz	16.7 KB	表示
CIF形式データ	5dr3_validation.cif.gz	25.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dr/5dr3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dr/5dr3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4y35C 4y36C 4y37C 4y39C 4y3eC 4y3fC 4y3gC 4y3mC 4y3nC 4y3pC 4y3qC 4y3rC 4y3sC 4y3wC 4y3xC 4y3zC 4y41C 4y43C 4y44C 4y45C 4y47C 4y4aC 4y4bC 4y4eC 4y4tC 4y4uC 4y4wC 4y4xC 4y4zC 4y50C 4y51C 4y53C 4y54C 4y56C 4y57C 4y5lC 4y5mC 4y5nC 4y5pC 4yckC 4yctC 4ycyC 4yd3C 4yd4C 4yd5C 4yd6C 4yd7C 5dpzC 5dq1C 5dq2C 5dq4C 5dq5C 5dr0C 5dr1C 5dr4C 5dr7C 5dr8C 5hcoC 5is4C 5isjC 5iskC 5j25C 3pcwS 3pb5 3pgi 4y38 4y3a 4y3d 4y3h 4y3j 4y3l 4y3t 4y3y 4y48 4y4d 4y4g 4y4j 4y58 4y5a 4y5b 4y5c 4y5e 4y5g 4y5k C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4y3h-d 3wz7-d 4y47-d 4y5b-d 5p3w-d 5p8f-d 5p4z-d 5rdc-d 5p1v-d 5re2-d 5rdv-d 5p8l-d 4y5k-d 5j25-d 5r20-d 5mb3-d 5p6j-d 5p4f-d 5p2r-d 5r3l-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#12 - 2000年12月ペプシン (Pepsin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Endothiapepsin

ヘテロ分子

34.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.288, 73.032, 52.829
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.50, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Endothiapepsin / Aspartate protease 分子量: 33813.855 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 90-419 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cryphonectria parasitica (菌類) / 参照: UniProt: P11838, endothiapepsin

-
非ポリマー , 6種, 349分子

#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-5GL / 4-propan-2-ylsulfanyl-1-propyl-6,7-dihydro-5~{H}-cyclopenta[d]pyrimidin-2-one 分子量: 252.376 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₂₀N₂OS
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 341 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.5 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate, 24-30% PEG 4000; crystals obtained by streak-seeding

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.3 / 波長: 0.895 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2014年1月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.895 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.24→42.7 Å / Num. obs: 91107 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.2 % / R_sym value: 0.044 / Net I/σ(I): 20.3
反射シェル	解像度: 1.24→1.31 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.433 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.4_1492	精密化
PHASER		位相決定
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3PCW

3pcw

解像度: 1.24→20.926 Å / SU ML: 0.07 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 11.02 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1326	4555	5 %	random selection
R_work	0.1123	-	-	-
obs	0.1134	91088	99.27 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.24→20.926 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2368	0	48	341	2757

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2593
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.219	3563
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.739	853
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	414
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	471

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.2393-1.2533	0.1835	146	0.1648	2760	X-RAY DIFFRACTION	95
1.2533-1.2681	0.1796	147	0.1669	2808	X-RAY DIFFRACTION	98
1.2681-1.2836	0.1882	152	0.1541	2882	X-RAY DIFFRACTION	98
1.2836-1.2998	0.1756	150	0.1532	2859	X-RAY DIFFRACTION	99
1.2998-1.3169	0.1537	151	0.1384	2863	X-RAY DIFFRACTION	99
1.3169-1.3349	0.1712	150	0.1287	2843	X-RAY DIFFRACTION	99
1.3349-1.354	0.1593	151	0.1249	2877	X-RAY DIFFRACTION	99
1.354-1.3742	0.1644	150	0.1209	2853	X-RAY DIFFRACTION	99
1.3742-1.3957	0.1559	151	0.1116	2869	X-RAY DIFFRACTION	99
1.3957-1.4186	0.1578	151	0.1084	2868	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4186-1.443	0.149	151	0.1033	2868	X-RAY DIFFRACTION	99
1.443-1.4692	0.1295	153	0.0997	2902	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4692-1.4975	0.1432	150	0.0934	2859	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4975-1.5281	0.1226	153	0.088	2890	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5281-1.5613	0.1136	152	0.0822	2889	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5613-1.5976	0.1146	151	0.0797	2877	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5976-1.6375	0.1156	153	0.08	2908	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6375-1.6818	0.1005	152	0.0815	2890	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6818-1.7312	0.1183	153	0.0845	2895	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7312-1.7871	0.1112	153	0.0846	2912	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7871-1.8509	0.1201	152	0.0869	2884	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8509-1.925	0.1094	152	0.0877	2901	X-RAY DIFFRACTION	100
1.925-2.0125	0.1129	154	0.087	2923	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0125-2.1185	0.1028	152	0.0919	2893	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1185-2.2511	0.1073	154	0.0936	2908	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2511-2.4247	0.109	153	0.1036	2906	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4247-2.6683	0.1164	154	0.1141	2929	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6683-3.0533	0.1447	153	0.1234	2913	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0533-3.843	0.162	155	0.132	2945	X-RAY DIFFRACTION	100
3.843-20.9293	0.1458	156	0.1538	2959	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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