[日本語] English
万見
- PDB-4z53: Quinolone(Trovafloxacin)-DNA cleavage complex of topoisomerase IV... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4z53
タイトルQuinolone(Trovafloxacin)-DNA cleavage complex of topoisomerase IV from S. pneumoniae
要素
  • (E-site DNA) x 4
  • DNA topoisomerase 4 subunit B,DNA topoisomerase 4 subunit A
キーワードISOMERASE / Topo IV / Cleavage complex / DNA / quinolone
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / extrinsic component of plasma membrane / DNA topological change / chromosome segregation / chromosome / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA topoisomerase IV subunit A, Gram-positive / DNA topoisomerase 4 subunit B, Firmicutes/Mollicutes / Topoisomerase II; domain 5 / Topoisomerase II, domain 5 / Topoisomerase, domain 3 / Topoisomerase; domain 3 / Rossmann fold - #670 / : / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal ...DNA topoisomerase IV subunit A, Gram-positive / DNA topoisomerase 4 subunit B, Firmicutes/Mollicutes / Topoisomerase II; domain 5 / Topoisomerase II, domain 5 / Topoisomerase, domain 3 / Topoisomerase; domain 3 / Rossmann fold - #670 / : / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A / DNA topoisomerase, type IIA, domain A, alpha-beta / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A / DNA Topoisomerase IV / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal / Toprim domain / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Trovafloxacin / DNA / DNA (> 10) / DNA topoisomerase 4 subunit A / DNA topoisomerase 4 subunit B
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae serotype 4 (肺炎レンサ球菌)
Streptococcus pneumoniae TIGR4 (肺炎レンサ球菌)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.26 Å
データ登録者Laponogov, I. / Veselkov, D.A. / Pan, X.-S. / Selvarajah, J. / Crevel, I.M.-T. / Fisher, L.M. / Sanderson, M.R.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/K010069/1 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural studies of the drug-stabilized cleavage complexes of topoisomerase IV and gyrase from Streptococcus pneumoniae
著者: Laponogov, I. / Veselkov, D.A. / Pan, X.-S. / Selvarajah, J. / Crevel, I.M.-T. / Fisher, L.M. / Sanderson, M.R.
履歴
登録2015年4月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月30日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / struct_conn / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA topoisomerase 4 subunit B,DNA topoisomerase 4 subunit A
B: DNA topoisomerase 4 subunit B,DNA topoisomerase 4 subunit A
E: E-site DNA
F: E-site DNA
G: E-site DNA
H: E-site DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)180,29412
ポリマ－179,3646
非ポリマー9306
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15270 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area57340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)157.830, 157.830, 210.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 DNA topoisomerase 4 subunit B,DNA topoisomerase 4 subunit A / Topoisomerase IV subunit B / Topoisomerase IV subunit A


分子量: 84211.422 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae serotype 4 (strain ATCC BAA-334 / TIGR4) (肺炎レンサ球菌), (組換発現) Streptococcus pneumoniae TIGR4 (肺炎レンサ球菌)
株: ATCC BAA-334 / TIGR4 / 遺伝子: parE, SP_0852, parC, SP_0855 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q59961, UniProt: P72525, EC: 5.99.1.3

-
DNA鎖 , 4種, 4分子 EFGH

#2: DNA鎖 E-site DNA


分子量: 2121.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#3: DNA鎖 E-site DNA


分子量: 3348.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#4: DNA鎖 E-site DNA


分子量: 2113.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#5: DNA鎖 E-site DNA


分子量: 3358.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 3種, 10分子

#6: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-TR6 / Trovafloxacin / 7-[(1R,5S,6s)-6-amino-3-azabicyclo[3.1.0]hex-3-yl]-1-(2,4-difluorophenyl)-6-fluoro-4-oxo-1,4-dihydro-1,8-naphthyridine-3-carboxylic acid / トロバフロキサシン


分子量: 416.353 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H15F3N4O3 / コメント: 抗生剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.5 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 50 mM Na cacodylate, 100-150 mM NaCl, 4-7% isopropanol
PH範囲: 6.0-7.0 / Temp details: incubator

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.01→73.9 Å / Num. obs: 60603 / % possible obs: 99.95 % / 冗長度: 10.07 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 5.9094
反射 シェル解像度: 3.01→3.09 Å / 冗長度: 10.38 % / Rmerge(I) obs: 0.99 / Mean I/σ(I) obs: 0.75 / % possible all: 99.92

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8_1069精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3K9F

3k9f


解像度: 3.26→73.896 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2071 2403 5.02 %Random
Rwork0.1732 ---
obs0.175 47829 99.89 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.26→73.896 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10286 730 64 4 11084
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00311352
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.70915599
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4364103
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0461797
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021912
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2601-3.32670.27371560.21492603X-RAY DIFFRACTION100
3.3267-3.3990.24041400.20552617X-RAY DIFFRACTION100
3.399-3.47810.2661670.19522619X-RAY DIFFRACTION100
3.4781-3.5650.22941330.18812654X-RAY DIFFRACTION100
3.565-3.66140.2261220.18652678X-RAY DIFFRACTION100
3.6614-3.76920.22511470.17812627X-RAY DIFFRACTION100
3.7692-3.89080.221170.17092648X-RAY DIFFRACTION100
3.8908-4.02990.23431030.16282706X-RAY DIFFRACTION100
4.0299-4.19120.17861570.1552612X-RAY DIFFRACTION100
4.1912-4.38190.17191350.14282705X-RAY DIFFRACTION100
4.3819-4.61290.16231520.13542637X-RAY DIFFRACTION100
4.6129-4.90190.20311550.14592657X-RAY DIFFRACTION100
4.9019-5.28030.18521150.16172722X-RAY DIFFRACTION100
5.2803-5.81140.2161630.18772651X-RAY DIFFRACTION100
5.8114-6.65190.25161520.19782701X-RAY DIFFRACTION100
6.6519-8.37880.19331340.18172748X-RAY DIFFRACTION100
8.3788-73.91540.19131550.18422841X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.62480.5778-0.06418.5679-6.16425.2051-0.0681-0.1504-0.07520.374-0.0295-0.66690.14020.2270.08620.51910.03110.01040.4905-0.07280.3438-0.5274176.1409255.1031
22.11711.70130.28876.89920.07368.53030.1853-0.38060.09250.2859-0.2126-0.6074-0.34690.28620.03160.37410.02050.04120.45840.02170.46696.5022198.6079237.9109
39.69321.1892-5.09833.6537-3.00854.32230.57081.2383-0.35450.58960.46170.5368-0.7641-0.1716-0.83140.84850.3947-0.1530.939-0.26750.532510.1411143.4934249.9991
40.2798-0.88350.53784.0222-2.4331.4295-0.24290.74660.18440.2716-0.3184-1.49940.1821.78220.53480.53730.3365-0.47811.5936-0.48381.231526.7584134.754246.2732
52.81741.49471.1043.291.07383.7283-0.15490.1438-0.3241-0.30340.25610.090.09060.1975-0.09660.69180.03990.00770.38910.01610.3701-5.8104152.455241.8576
64.5963-2.72611.58993.8277-4.85647.6957-0.12240.7828-0.43860.95620.21750.4387-1.2119-0.21850.13550.818-0.0345-0.09040.6013-0.14310.4218-6.1891188.307254.9732
74.62431.17960.61044.11262.47253.2296-0.15330.0887-0.09750.01160.20920.68050.5516-0.6489-0.05360.9063-0.21070.02550.6020.14930.6431-26.0678124.2156254.1985
84.89332.48750.73847.99322.53542.0085-0.0439-0.01090.4126-0.0468-0.05530.3835-0.2977-0.20370.0970.59540.13830.02460.38340.01270.2321-14.8166159.7195263.0773
92.25170.82320.30233.1204-0.26212.37120.1729-0.113-0.36180.50850.0666-0.05950.72270.2366-0.21450.85820.162-0.060.4261-0.0170.4392-7.5056146.132264.1769
10-0.03840.07930.44068.21753.88453.4902-0.07240.07750.1176-0.03220.01860.41860.2657-0.26380.10880.33620.00940.06650.51780.07250.3891-1.7877178.6471204.9464
113.99011.311.5476.6409-1.55397.84210.33670.50550.12510.2855-0.04270.5165-0.4811-0.39-0.3050.42170.14150.04360.5532-0.01320.3387-4.4831200.6487224.3594
123.07270.755-4.42891.8283-0.40866.6533-0.3329-1.6497-0.32040.52410.5863-0.2989-0.4516-0.7777-0.19610.61320.035-0.17241.06530.2860.5771-15.5366146.2224207.1067
132.82951.5126-1.963.1752-0.44021.52460.009-0.48280.7322-0.32940.47530.2366-0.4949-1.1115-0.430.44080.05660.00451.26650.33321.1911-32.3805138.9983209.9566
142.5659-1.18330.53315.3436-1.25824.0678-0.1619-0.0858-0.11460.57560.25060.134-0.4838-0.0894-0.07150.55470.07140.06230.39530.00130.35661.02153.4347216.0668
154.68463.06271.52384.22824.64916.7499-0.27510.0513-0.0341-0.7730.8993-0.2181-1.00510.2776-0.46150.81260.0429-0.01360.61080.07970.4355.2804189.6195206.1119
167.1113-1.2029-0.2913.8597-1.18234.0630.1292-0.1397-0.02610.19210.0615-0.33340.18430.4867-0.18630.64190.03440.03420.436-0.14070.55520.1903125.6204201.187
172.9514-1.42661.48653.6887-1.67492.883-0.42490.3186-0.03280.289-0.0439-0.4949-0.25320.17270.4930.5896-0.06510.08590.57530.0240.352110.566161.5306195.6823
182.0659-0.3958-0.23462.80960.79081.84870.03290.3192-0.0363-0.46120.2618-0.06620.1027-0.1381-0.30590.6934-0.01840.03040.48690.02320.35472.3187149.085193.3608
191.71181.7469-1.52438.196-3.36753.0104-0.3865-0.3981.66510.06420.82010.8339-0.38420.9306-0.3180.65330.1471-0.14851.0952-0.30051.013825.0237151.6361233.3118
202.26631.65141.75183.1232-0.61873.3744-0.5592-1.3853-0.27670.42810.7148-0.2548-0.0551-0.0942-0.20751.08150.4944-0.31451.3404-0.03891.030918.7901130.425257.2486
211.49620.3647-0.76810.8460.17282.0951-0.47510.2097-0.36830.14840.4228-0.63970.38670.58750.08540.89550.4418-0.04881.1267-0.23620.941121.1112128.734234.7529
221.8836-2.8291-0.28024.79131.49332.0905-0.2105-2.37531.36240.47140.82630.9508-0.1258-0.4407-0.47790.48750.06690.15371.2405-0.06941.2633-29.7383154.1438224.8975
232.0028-0.8719-0.40573.85961.27935.9870.22650.6428-0.0182-1.05010.27360.6797-0.654-0.5216-0.44831.0652-0.3396-0.28780.98650.14780.9922-25.0889134.7527198.5955
242.5917-0.7454-0.96832.434-1.01331.4361-0.2947-0.481-0.81210.29770.43870.95860.3412-0.4238-0.08780.7208-0.2550.03821.01760.38761.1324-27.3015130.9708220.7569
250.53310.4741-1.09860.4658-0.93162.71780.34620.43340.19990.35270.64140.5794-0.0076-1.2329-0.93661.23660.11110.13621.28570.36761.5055-25.4749154.8811205.7149
265.8194-1.8136-0.00995.10071.90812.55950.32620.4477-0.9102-0.40930.1380.73791.03910.0039-0.50851.29290.2324-0.20180.9590.03110.7078-0.9973131.7382244.0733
276.22970.56630.58864.6536-2.24033.24240.2576-0.3868-1.04090.23350.2444-0.43090.70580.2667-0.52991.0928-0.0234-0.15510.9825-0.080.6632-5.2949133.3778211.8464
283.9877-3.2253-3.76743.65481.03847.4041-0.2874-0.41530.1065-0.0014-0.42640.4985-0.6870.13040.5361.25490.2866-0.33471.3142-0.43031.1605-8.9375133.5497221.3987
299.77024.7972-3.65564.94040.15272.8319-0.4436-0.32830.02090.3139-0.5639-0.8949-0.7499-0.30690.88511.2209-0.1787-0.21351.19830.07820.90032.5739132.4972234.5497
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain "A" and resseq 1343:1382
2X-RAY DIFFRACTION2chain "A" and resseq 1383:1429
3X-RAY DIFFRACTION3chain "A" and resseq 1018:1030
4X-RAY DIFFRACTION4chain "A" and resseq 1002:1017
5X-RAY DIFFRACTION5chain "A" and resseq 1031:1154
6X-RAY DIFFRACTION6chain "A" and resseq 1430:1455
7X-RAY DIFFRACTION7chain "A" and resseq 1239:1322
8X-RAY DIFFRACTION8chain "A" and resseq 1456:1484
9X-RAY DIFFRACTION9chain "A" and (resseq 1155:1238 or resseq 1323:1342)
10X-RAY DIFFRACTION10chain "B" and resseq 1343:1382
11X-RAY DIFFRACTION11chain "B" and resseq 1383:1429
12X-RAY DIFFRACTION12chain "B" and resseq 1018:1030
13X-RAY DIFFRACTION13chain "B" and resseq 1002:1017
14X-RAY DIFFRACTION14chain "B" and resseq 1031:1154
15X-RAY DIFFRACTION15chain "B" and resseq 1430:1455
16X-RAY DIFFRACTION16chain "B" and resseq 1239:1322
17X-RAY DIFFRACTION17chain "B" and resseq 1456:1484
18X-RAY DIFFRACTION18chain "B" and (resseq 1155:1238 or resseq 1323:1342)
19X-RAY DIFFRACTION19chain "A" and resseq 539:581
20X-RAY DIFFRACTION20chain "A" and resseq 610:634
21X-RAY DIFFRACTION21chain "A" and (resseq 415:538 or resseq 582:609 or resseq 635:640 or resid 742)
22X-RAY DIFFRACTION22chain "B" and resseq 539:581
23X-RAY DIFFRACTION23chain "B" and resseq 610:634
24X-RAY DIFFRACTION24chain "B" and (resseq 415:538 or resseq 582:609 or resseq 635:640 or resid 742)
25X-RAY DIFFRACTION25chain "B" and resseq 641:643
26X-RAY DIFFRACTION26(chain "E" or chain "F" ) and resid 1:15
27X-RAY DIFFRACTION27(chain "G" or chain "H" ) and resid 1:15
28X-RAY DIFFRACTION28(chain "E" or chain "F" ) and (resid 0 or resid 100)
29X-RAY DIFFRACTION29(chain "G" or chain "H" ) and (resid 0 or resid 100)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る