PDB-4yd5: Endothiapepsin in complex with fragment 236

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4yd5

タイトル

Endothiapepsin in complex with fragment 236

要素

Endothiapepsin

キーワード

HYDROLASE / fragment screening / inhibition

機能・相同性

機能・相同性情報

endothiapepsin / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryphonectria parasitica (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.209 Å

データ登録者

Stieler, M. / Heine, A. / Klebe, G.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
著者: Stieler, M. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2015年2月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年3月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4yd5.cif.gz	192.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4yd5.ent.gz	154.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4yd5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4yd5_validation.pdf.gz	455.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4yd5_full_validation.pdf.gz	456 KB	表示
XML形式データ	4yd5_validation.xml.gz	15.6 KB	表示
CIF形式データ	4yd5_validation.cif.gz	23.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yd/4yd5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yd/4yd5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4y35C 4y36C 4y37C 4y39C 4y3eC 4y3fC 4y3gC 4y3mC 4y3nC 4y3pC 4y3qC 4y3rC 4y3sC 4y3wC 4y3xC 4y3zC 4y41C 4y43C 4y44C 4y45C 4y47C 4y4aC 4y4bC 4y4eC 4y4tC 4y4uC 4y4wC 4y4xC 4y4zC 4y50C 4y51C 4y53C 4y54C 4y56C 4y57C 4y5lC 4y5mC 4y5nC 4y5pC 4yckC 4yctC 4ycyC 4yd3C 4yd4C 4yd6C 4yd7C 5dpzC 5dq1C 5dq2C 5dq4C 5dq5C 5dr0C 5dr1C 5dr3C 5dr4C 5dr7C 5dr8C 5hcoC 5is4C 5isjC 5iskC 5j25C 3pcwS 3pgi 4y38 4y3a 4y3d 4y3h 4y3j 4y3l 4y3t 4y3y 4y48 4y4d 4y4g 4y4j 4y58 4y5a 4y5b 4y5c 4y5e 4y5g 4y5k C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5oz2-d 5p1w-d 5p1e-d 5p53-d 5p0s-d 5rdz-d 5p5m-d 5p4z-d 5p81-d 5p5q-d 5rd1-d 4yck-d 5p5l-d 3pi0-d 5rdk-d 5p2i-d 5p89-d 5oyt-d 5p29-d 5ozy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#12 - 2000年12月ペプシン (Pepsin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Endothiapepsin

ヘテロ分子

34.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.326, 72.966, 52.673
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.27, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Endothiapepsin / Aspartate protease 分子量: 33813.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cryphonectria parasitica (菌類) / 参照: UniProt: P11838, endothiapepsin

-
非ポリマー , 5種, 236分子

#2: 化合物	ChemComp-4AV / 1-(2-chloro-5-nitrophenyl)-N-methylmethanamine 分子量: 200.622 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₉ClN₂O₂
#3: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.26 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate, 24-30% PEG 4000. crystals obtained by streak-seeding

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918409 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.918409 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.209→42.786 Å / Num. obs: 96832 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / R_sym value: 0.052 / Net I/σ(I): 13.7
反射シェル	解像度: 1.21→1.28 Å / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.224 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 89.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1779	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3PCW

3pcw

解像度: 1.209→42.786 Å / SU ML: 0.07 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 10.81 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1357	4842	5 %	Random selection
R_work	0.1188	-	-	-
obs	0.1197	96831	98.2 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.209→42.786 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2373	0	59	226	2658

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2556
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.233	3502
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.747	839
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	409
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	458

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.2093-1.223	0.1964	128	0.1567	2441	X-RAY DIFFRACTION	78
1.223-1.2374	0.1574	143	0.1488	2714	X-RAY DIFFRACTION	88
1.2374-1.2525	0.1657	151	0.1416	2860	X-RAY DIFFRACTION	91
1.2525-1.2683	0.17	154	0.129	2927	X-RAY DIFFRACTION	95
1.2683-1.285	0.1487	162	0.12	3071	X-RAY DIFFRACTION	99
1.285-1.3026	0.1411	165	0.1145	3144	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3026-1.3213	0.1431	163	0.1078	3106	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3213-1.341	0.1274	164	0.1048	3099	X-RAY DIFFRACTION	100
1.341-1.3619	0.1353	163	0.1025	3108	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3619-1.3843	0.1305	165	0.1017	3127	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3843-1.4081	0.1275	162	0.1017	3091	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4081-1.4337	0.1325	164	0.1	3106	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4337-1.4613	0.1129	165	0.0956	3132	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4613-1.4911	0.123	162	0.092	3079	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4911-1.5236	0.1173	164	0.0944	3118	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5236-1.559	0.122	163	0.0933	3104	X-RAY DIFFRACTION	100
1.559-1.598	0.1232	165	0.0926	3121	X-RAY DIFFRACTION	100
1.598-1.6412	0.1374	164	0.0918	3126	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6412-1.6895	0.1069	164	0.0941	3112	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6895-1.744	0.1028	164	0.0942	3115	X-RAY DIFFRACTION	100
1.744-1.8064	0.1073	163	0.0969	3107	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8064-1.8787	0.1195	165	0.0992	3134	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8787-1.9642	0.1082	165	0.0967	3133	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9642-2.0678	0.1052	162	0.0973	3080	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0678-2.1973	0.1096	165	0.0988	3137	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1973-2.3669	0.1222	165	0.1099	3133	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3669-2.6051	0.1273	164	0.1219	3119	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6051-2.982	0.127	165	0.1312	3130	X-RAY DIFFRACTION	100
2.982-3.7567	0.1624	166	0.1418	3161	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7567-42.8128	0.1871	167	0.1715	3154	X-RAY DIFFRACTION	99

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

-
非ポリマー , 5種, 236分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 1分子 A

-非ポリマー , 5種, 236分子

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

-
非ポリマー , 5種, 236分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)