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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4yd3 | ||||||
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タイトル | Endothiapepsin in complex with fragment 224 | ||||||
![]() | Endothiapepsin | ||||||
![]() | HYDROLASE / fragment screening / inhibition | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Stieler, M. / Heine, A. / Klebe, G. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library 著者: Stieler, M. / Heine, A. / Klebe, G. #1: ![]() タイトル: A small nonrule of 3 compatible fragment library provides high hit rate of endothiapepsin crystal structures with various fragment chemotypes. 著者: Koester, H. / Craan, T. / Brass, S. / Herhaus, C. / Zentgraf, M. / Neumann, L. / Heine, A. / Klebe, G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 202.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 163.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 777.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 777.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 25 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4y35C ![]() 4y36C ![]() 4y37C ![]() 4y39C ![]() 4y3eC ![]() 4y3fC ![]() 4y3gC ![]() 4y3mC ![]() 4y3nC ![]() 4y3pC ![]() 4y3qC ![]() 4y3rC ![]() 4y3sC ![]() 4y3wC ![]() 4y3xC ![]() 4y3zC ![]() 4y41C ![]() 4y43C ![]() 4y44C ![]() 4y45C ![]() 4y47C ![]() 4y4aC ![]() 4y4bC ![]() 4y4eC ![]() 4y4tC ![]() 4y4uC ![]() 4y4wC ![]() 4y4xC ![]() 4y4zC ![]() 4y50C ![]() 4y51C ![]() 4y53C ![]() 4y54C ![]() 4y56C ![]() 4y57C ![]() 4y5lC ![]() 4y5mC ![]() 4y5nC ![]() 4y5pC ![]() 4yckC ![]() 4yctC ![]() 4ycyC ![]() 4yd4C ![]() 4yd5C ![]() 4yd6C ![]() 4yd7C ![]() 5dpzC ![]() 5dq1C ![]() 5dq2C ![]() 5dq4C ![]() 5dq5C ![]() 5dr0C ![]() 5dr1C ![]() 5dr3C ![]() 5dr4C ![]() 5dr7C ![]() 5dr8C ![]() 5hcoC ![]() 5is4C ![]() 5isjC ![]() 5iskC ![]() 5j25C ![]() 3pcwS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 33813.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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-非ポリマー , 7種, 305分子 ![](data/chem/img/4AQ.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/1PE.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/1PE.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-DMS / | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-1PE / | #7: 化合物 | ChemComp-PEG / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.42 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate, 24-30% PEG 4000. crystals obtained by streak-seeding |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.918409 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.248→42.691 Å / Num. obs: 86779 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / Rsym value: 0.039 / Net I/σ(I): 18.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.25→1.32 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.331 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 91 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3PCW 解像度: 1.248→42.691 Å / SU ML: 0.08 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 11.27 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.248→42.691 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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