PDB-4y5e: Endothiapepsin in complex with fragment 268

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4y5e

タイトル

Endothiapepsin in complex with fragment 268

要素

Endothiapepsin

キーワード

HYDROLASE / fragment screening / aspartic protease / inhibition

機能・相同性

機能・相同性情報

endothiapepsin / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryphonectria parasitica (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.116 Å

データ登録者

Wang, X. / Heine, A. / Klebe, G.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystallographic Fragment Sreening of an Entire Library
著者: Wang, X. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2015年2月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年3月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4y5e.cif.gz	195 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4y5e.ent.gz	157.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4y5e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4y5e_validation.pdf.gz	455.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4y5e_full_validation.pdf.gz	455.9 KB	表示
XML形式データ	4y5e_validation.xml.gz	16.1 KB	表示
CIF形式データ	4y5e_validation.cif.gz	24.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y5/4y5e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y5/4y5e	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4y3aC 4y3hC 4y3lC 4y3tC 4y58C 4y5aC 4y5bC 4y5cC 4y5gC 4y5kC 3pcwS 3pgi 4y35 4y36 4y37 4y38 4y39 4y3d 4y3f 4y3g 4y3j 4y3m 4y3n 4y3p 4y3q 4y3r 4y3s 4y3w 4y3x 4y3y 4y3z 4y41 4y43 4y44 4y45 4y47 4y48 4y4a 4y4b 4y4d 4y4e 4y4g 4y4j 4y4t 4y4u 4y4w 4y4x 4y4z 4y50 4y51 4y53 4y54 4y56 4y57 4y5l 4y5m 4y5n 4y5p 4yck 4yct 4ycy 4yd3 4yd4 4yd5 4yd6 4yd7 5j25 C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4y3n-d 5p4b-d 5p0s-d 5mb7-d 5p0c-d 4l6b-d 2wed-d 5p8q-d 5p64-d 5qbd-d 5dq2-d 5dr8-d 5p8i-d 5p7t-d 5p0k-d 5lws-d 5p81-d 5p63-d 1gkt-d 5p7u-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#12 - 2000年12月ペプシン (Pepsin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Endothiapepsin

ヘテロ分子

34.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.379, 73.067, 52.872
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.48, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Endothiapepsin / Aspartate protease 分子量: 33813.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cryphonectria parasitica (菌類) / 参照: UniProt: P11838, endothiapepsin

-
非ポリマー , 5種, 303分子

#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-47T / (2R)-N-(trans-4-methylcyclohexyl)tetrahydrofuran-2-carboxamide 分子量: 211.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₁NO₂
#5: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 298 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.58 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate, 24-30% PEG 4000; crystals obtained by streak-seeding

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918409 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.918409 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.116→41.177 Å / Num. obs: 124427 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / R_sym value: 0.046 / Net I/σ(I): 14.16
反射シェル	解像度: 1.12→1.18 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 2.26 / % possible all: 94.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3PCW

3pcw

解像度: 1.116→36.533 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 12.3 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1424	6222	5 %	Random selection
R_work	0.1252	-	-	-
obs	0.1261	124419	98.76 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.116→36.533 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2370	0	35	298	2703

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2532
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.213	3475
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.516	833
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	410
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	446

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.1159-1.1286	0.2462	154	0.2461	2913	X-RAY DIFFRACTION	73
1.1286-1.1418	0.2079	208	0.2106	3957	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1418-1.1558	0.2142	207	0.1944	3935	X-RAY DIFFRACTION	99
1.1558-1.1704	0.2003	209	0.1809	3974	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1704-1.1858	0.1794	208	0.1727	3956	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1858-1.2021	0.2067	210	0.1658	3982	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2021-1.2192	0.1874	207	0.156	3940	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2192-1.2374	0.1855	210	0.1496	3991	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2374-1.2568	0.1613	209	0.1443	3970	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2568-1.2774	0.1659	207	0.1443	3917	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2774-1.2994	0.1672	211	0.1389	4017	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2994-1.323	0.1438	212	0.1234	4025	X-RAY DIFFRACTION	100
1.323-1.3485	0.1345	206	0.1132	3912	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3485-1.376	0.1387	209	0.1112	3975	X-RAY DIFFRACTION	100
1.376-1.4059	0.1176	209	0.1021	3976	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4059-1.4386	0.1157	209	0.0955	3959	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4386-1.4746	0.1186	211	0.0957	4020	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4746-1.5145	0.1231	209	0.0982	3973	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5145-1.559	0.1199	210	0.0946	3974	X-RAY DIFFRACTION	100
1.559-1.6094	0.1171	209	0.09	3976	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6094-1.6669	0.111	209	0.091	3973	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6669-1.7336	0.1231	209	0.0937	3980	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7336-1.8125	0.1084	211	0.0972	3996	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8125-1.9081	0.1252	210	0.0994	3987	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9081-2.0276	0.1178	209	0.1008	3980	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0276-2.1841	0.12	210	0.1026	3986	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1841-2.4039	0.1427	207	0.1156	3937	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4039-2.7516	0.1267	210	0.1288	3993	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7516-3.4664	0.1474	212	0.1372	4024	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4664-36.5531	0.1719	211	0.1577	3999	X-RAY DIFFRACTION	98

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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