PDB-4y3m: Endothiapepsin in complex with fragment 103

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4y3m

タイトル

Endothiapepsin in complex with fragment 103

要素

Endothiapepsin

キーワード

HYDROLASE / fragment screening / inhibition

機能・相同性

機能・相同性情報

endothiapepsin / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryphonectria parasitica (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Schiebel, J. / Heine, A. / Klebe, G.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
著者: Schiebel, J. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2015年2月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年2月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4y3m.cif.gz	187.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4y3m.ent.gz	151.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4y3m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4y3m_validation.pdf.gz	456.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4y3m_full_validation.pdf.gz	456.3 KB	表示
XML形式データ	4y3m_validation.xml.gz	16.5 KB	表示
CIF形式データ	4y3m_validation.cif.gz	24.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y3/4y3m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y3/4y3m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4y35C 4y36C 4y37C 4y39C 4y3eC 4y3fC 4y3gC 4y3nC 4y3pC 4y3qC 4y3rC 4y3sC 4y3wC 4y3xC 4y3zC 4y41C 4y43C 4y44C 4y45C 4y47C 4y4aC 4y4bC 4y4eC 4y4tC 4y4uC 4y4wC 4y4xC 4y4zC 4y50C 4y51C 4y53C 4y54C 4y56C 4y57C 4y5lC 4y5mC 4y5nC 4y5pC 4yckC 4yctC 4ycyC 4yd3C 4yd4C 4yd5C 4yd6C 4yd7C 5dpzC 5dq1C 5dq2C 5dq4C 5dq5C 5dr0C 5dr1C 5dr3C 5dr4C 5dr7C 5dr8C 5hcoC 5is4C 5isjC 5iskC 5j25C 3pcwS 3pb5 3pgi 4y38 4y3a 4y3d 4y3h 4y3j 4y3l 4y3t 4y3y 4y48 4y4d 4y4g 4y4j 4y58 4y5a 4y5b 4y5c 4y5e 4y5g 4y5k C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5p1w-d 5p1q-d 5p8f-d 5p8i-d 5r2i-d 5p3u-d 5oyv-d 4y5m-d 5p0m-d 5p4a-d 3pi0-d 5r3z-d 5p81-d 4y56-d 5p42-d 5p6k-d 5r1y-d 5r1v-d 5oz2-d 4yd5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#12 - 2000年12月ペプシン (Pepsin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Endothiapepsin

ヘテロ分子

34.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.195, 72.528, 104.051
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Endothiapepsin / Aspartate protease 分子量: 33813.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cryphonectria parasitica (菌類) / 参照: UniProt: P11838, endothiapepsin

-
非ポリマー , 6種, 302分子

#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#4: 化合物	ChemComp-45Y / 2-(4-fluorophenyl)acetohydrazide 分子量: 168.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₉FN₂O
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 294 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.57 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate, 24-30% PEG 4000, crystals obtained by streak-seeding

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→45.2 Å / Num. obs: 50445 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8 % / R_sym value: 0.067 / Net I/σ(I): 23.1
反射シェル	解像度: 1.55→1.64 Å / 冗長度: 8.1 % / R_merge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.4_1492	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3PCW

3pcw

解像度: 1.55→42.274 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 14.15 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1656	2520	5 %	random selection
R_work	0.1454	-	-	-
obs	0.1464	50416	99.8 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→42.274 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2368	0	55	294	2717

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2525
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.19	3459
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.473	835
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	408
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	449

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5493-1.5791	0.2057	137	0.1794	2597	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5791-1.6114	0.2002	139	0.1783	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6114-1.6464	0.223	138	0.1717	2612	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6464-1.6847	0.1949	136	0.1668	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6847-1.7268	0.1828	139	0.1655	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7268-1.7735	0.1742	138	0.1592	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7735-1.8257	0.1931	139	0.1484	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8257-1.8847	0.1756	139	0.145	2629	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8847-1.952	0.156	139	0.1374	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
1.952-2.0302	0.1408	139	0.1304	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0302-2.1226	0.1444	139	0.1264	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1226-2.2345	0.133	138	0.1226	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2345-2.3744	0.1541	142	0.1251	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3744-2.5578	0.1578	139	0.1302	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5578-2.8151	0.1402	142	0.1311	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8151-3.2223	0.1463	141	0.1357	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2223-4.0593	0.1686	145	0.1469	2748	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0593-42.2899	0.1904	151	0.1721	2853	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5527	-0.0173	0.0018	1.3692	-0.2078	1.4152	-0.0317	0.0861	-0.0051	-0.147	0.038	0.1668	-0.0011	-0.0769	0.0081	0.0795	-0.0051	-0.0128	0.0764	0.0078	0.0833	-22.0825	7.0231	11.0724
2	0.8958	0.5441	0.4841	2.8142	-0.4174	2.8536	-0.0686	0.1923	-0.0111	-0.1661	0.2064	0.0341	0.1786	-0.107	-0.1373	0.1318	-0.0002	-0.0046	0.1329	-0.0064	0.0762	-19.1256	0.282	0.6244
3	0.9878	0.0062	0.2136	1.5264	-0.0126	1.5561	-0.0326	0.1119	-0.0203	-0.1594	0.0273	0.0235	0.1228	0.0618	-0.003	0.1215	-0.0072	0.0047	0.089	-0.003	0.0551	-16.5545	0.8305	6.9187
4	0.6887	-0.3622	0.1929	1.6148	-0.3076	1.0198	-0.0529	-0.0005	0.0112	0.0732	-0.011	-0.1004	-0.0347	0.0728	0.0617	0.0561	-0.0044	0.0064	0.0739	0.0055	0.0695	-8.0189	2.8549	26.1602
5	0.9167	0.3368	-1.0462	0.7421	-1.8841	5.1125	0.0233	0.0639	-0.0439	-0.1266	-0.0139	0.0307	0.3244	0.0133	0.006	0.0995	0.0028	0.0097	0.0635	-0.0151	0.1046	-12.5871	-13.0566	26.5192
6	0.7339	0.0954	-0.3605	1.3366	-1.0024	1.9689	-0.0183	-0.0173	-0.0003	0.0311	-0.0013	-0.0215	0.0604	0.0108	0.0178	0.069	-0.0019	0.0015	0.0489	-0.0137	0.0717	-21.9823	-13.0081	33.8716
7	3.1384	-1.0553	-1.3563	7.295	0.9939	7.0633	-0.1205	-0.0812	-0.0304	0.1248	0.133	0.1153	0.1752	-0.0638	-0.0035	0.032	0.0103	0.0085	0.1229	-0.0045	0.1196	-36.1633	-10.0109	34.5014
8	1.456	0.4829	-0.0964	0.4548	-0.2647	0.5762	-0.0229	0.0025	0.0075	-0.0299	-0.0008	0.0039	0.0484	-0.0057	0.0233	0.0636	0.0091	0.0067	0.0438	-0.0061	0.0719	-19.619	-5.8704	30.5513

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:62)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 63:81)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 82:151)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 152:190)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 191:204)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 205:242)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 243:258)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 259:330)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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