PDB-4y39: Endothiapepsin in complex with fragment 75

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4y39

タイトル

Endothiapepsin in complex with fragment 75

要素

Endothiapepsin

キーワード

HYDROLASE / fragment screening / inhibition

機能・相同性

機能・相同性情報

endothiapepsin / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryphonectria parasitica (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Schiebel, J. / Heine, A. / Klebe, G.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
著者: Schiebel, J. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2015年2月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年2月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4y39.cif.gz	194.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4y39.ent.gz	157.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4y39.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4y39_validation.pdf.gz	774.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4y39_full_validation.pdf.gz	774.8 KB	表示
XML形式データ	4y39_validation.xml.gz	15.9 KB	表示
CIF形式データ	4y39_validation.cif.gz	24 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y3/4y39 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y3/4y39	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4y35C 4y36C 4y37C 4y3eC 4y3fC 4y3gC 4y3mC 4y3nC 4y3pC 4y3qC 4y3rC 4y3sC 4y3wC 4y3xC 4y3zC 4y41C 4y43C 4y44C 4y45C 4y47C 4y4aC 4y4bC 4y4eC 4y4tC 4y4uC 4y4wC 4y4xC 4y4zC 4y50C 4y51C 4y53C 4y54C 4y56C 4y57C 4y5lC 4y5mC 4y5nC 4y5pC 4yckC 4yctC 4ycyC 4yd3C 4yd4C 4yd5C 4yd6C 4yd7C 5dpzC 5dq1C 5dq2C 5dq4C 5dq5C 5dr0C 5dr1C 5dr3C 5dr4C 5dr7C 5dr8C 5hcoC 5is4C 5isjC 5iskC 5j25C 3pcwS 3pb5 3pbd 3pbz 3pgi 3pi0 3pld 3pll 3pm4 3pmu 3pmy 4y38 4y3a 4y3d 4y3h 4y3j 4y3l 4y3t 4y3y 4y48 4y4d 4y4g 4y4j 4y58 4y5a 4y5b 4y5c 4y5e 4y5g 4y5k S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5p5z-d 4yck-d 5p35-d 4y5g-d 5rcl-d 5oz8-d 5p6b-d 5p3g-d 5p4x-d 5r3u-d 5p4t-d 5p4o-d 4y57-d 5p0g-d 5p2f-d 5p53-d 5p6k-d 5r2w-d 5p32-d 5rdo-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#12 - 2000年12月ペプシン (Pepsin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Endothiapepsin

ヘテロ分子

34.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.248, 72.968, 52.581
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.47, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Endothiapepsin / Aspartate protease 分子量: 33813.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cryphonectria parasitica (菌類) / 参照: UniProt: P11838, endothiapepsin

-
非ポリマー , 7種, 280分子

#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-45M / 4-bromo-N'-(3,4-dihydro-2H-pyrrol-5-yl)benzohydrazide 分子量: 282.136 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₂BrN₃O
#7: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 272 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.95 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate, 24-30% PEG 4000; crystals obtained by streak-seeding

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.3 / 波長: 0.8944 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8944 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.2→42.66 Å / Num. obs: 99993 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.2 % / R_sym value: 0.049 / Net I/σ(I): 17
反射シェル	解像度: 1.2→1.27 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.475 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.4_1492	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3PCW

3pcw

解像度: 1.2→28.045 Å / SU ML: 0.07 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 11.69 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1392	4999	5 %	Random selection
R_work	0.1174	-	-	-
obs	0.1185	99977	99.52 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.2→28.045 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2368	0	49	272	2689

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2533
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.295	3480
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.671	846
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	413
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	453

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.1999-1.2135	0.1985	165	0.1698	3139	X-RAY DIFFRACTION	99
1.2135-1.2278	0.2159	165	0.1684	3134	X-RAY DIFFRACTION	99
1.2278-1.2428	0.1818	164	0.1608	3118	X-RAY DIFFRACTION	99
1.2428-1.2585	0.1836	166	0.1551	3143	X-RAY DIFFRACTION	99
1.2585-1.2751	0.2004	163	0.1551	3105	X-RAY DIFFRACTION	99
1.2751-1.2925	0.1768	168	0.1473	3186	X-RAY DIFFRACTION	99
1.2925-1.311	0.1692	162	0.1395	3089	X-RAY DIFFRACTION	99
1.311-1.3306	0.1676	167	0.1361	3176	X-RAY DIFFRACTION	99
1.3306-1.3513	0.1691	167	0.1285	3159	X-RAY DIFFRACTION	99
1.3513-1.3735	0.1536	166	0.1199	3155	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3735-1.3972	0.1408	164	0.1105	3111	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3972-1.4226	0.1642	170	0.1073	3231	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4226-1.4499	0.1188	165	0.0991	3143	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4499-1.4795	0.1376	164	0.0953	3119	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4795-1.5117	0.1379	168	0.0937	3194	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5117-1.5469	0.1133	167	0.0868	3174	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5469-1.5856	0.1104	168	0.0837	3180	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5856-1.6284	0.0996	166	0.0854	3151	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6284-1.6763	0.1236	167	0.0857	3188	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6763-1.7304	0.1097	167	0.0856	3161	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7304-1.7923	0.1071	167	0.0876	3173	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7923-1.864	0.1211	167	0.0902	3183	X-RAY DIFFRACTION	100
1.864-1.9488	0.1112	168	0.089	3190	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9488-2.0515	0.1056	168	0.0923	3183	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0515-2.18	0.1106	166	0.0927	3168	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.3483	0.133	168	0.1042	3185	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3483-2.5845	0.1336	169	0.1151	3213	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5845-2.9581	0.1238	168	0.1261	3185	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9581-3.7255	0.1579	169	0.1371	3212	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7255-28.0526	0.1669	170	0.157	3230	X-RAY DIFFRACTION	99

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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