PDB-4y37: Endothiapepsin in complex with fragement 305

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4y37

タイトル

Endothiapepsin in complex with fragement 305

要素

Endothiapepsin

キーワード

HYDROLASE / Fragment screening / inhibition

機能・相同性

機能・相同性情報

endothiapepsin / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryphonectria parasitica (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.69 Å

データ登録者

Krimmer, S.G. / Heine, A. / Klebe, G.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
著者: Krimmer, S.G. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2015年2月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年2月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4y37.cif.gz	136.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4y37.ent.gz	106.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4y37.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4y37_validation.pdf.gz	447.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4y37_full_validation.pdf.gz	447.9 KB	表示
XML形式データ	4y37_validation.xml.gz	15.7 KB	表示
CIF形式データ	4y37_validation.cif.gz	23.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y3/4y37 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y3/4y37	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4y35C 4y36C 4y39C 4y3eC 4y3fC 4y3gC 4y3mC 4y3nC 4y3pC 4y3qC 4y3rC 4y3sC 4y3wC 4y3xC 4y3zC 4y41C 4y43C 4y44C 4y45C 4y47C 4y4aC 4y4bC 4y4eC 4y4tC 4y4uC 4y4wC 4y4xC 4y4zC 4y50C 4y51C 4y53C 4y54C 4y56C 4y57C 4y5lC 4y5mC 4y5nC 4y5pC 4yckC 4yctC 4ycyC 4yd3C 4yd4C 4yd5C 4yd6C 4yd7C 5dpzC 5dq1C 5dq2C 5dq4C 5dq5C 5dr0C 5dr1C 5dr3C 5dr4C 5dr7C 5dr8C 5hcoC 5is4C 5isjC 5iskC 5j25C 3pcwS 3pb5 3pbd 3pbz 3pgi 3pi0 3pld 3pll 3pm4 3pmu 3pmy 4y38 4y3a 4y3d 4y3h 4y3j 4y3l 4y3t 4y3y 4y48 4y4d 4y4g 4y4j 4y58 4y5a 4y5b 4y5c 4y5e 4y5g 4y5k S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5p64-d 5p6b-d 5p1a-d 5p8t-d 5lws-d 5p1y-d 5p05-d 5p4b-d 5p6w-d 5p8e-d 5p7u-d 5p0c-d 5p6z-d 5p20-d 5p8r-d 5p53-d 5p02-d 5p0h-d 5p69-d 5p2u-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#12 - 2000年12月ペプシン (Pepsin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Endothiapepsin

ヘテロ分子

34.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.398, 73.139, 52.909
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.43, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Endothiapepsin / Aspartate protease 分子量: 33813.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cryphonectria parasitica (菌類) / 参照: UniProt: P11838, endothiapepsin
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-45J / 4-chloro-2-methylthieno[2,3-d][1,2,3]diazaborinin-1(2H)-ol 分子量: 200.454 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₆BClN₂OS
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 268 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.74 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M ammonium acetate, 0.1M sodium acetate, 24-30% PEG 4000 crystal obtained by streak-seeding

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.69→19.21 Å / Num. obs: 36243 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / R_sym value: 0.099 / Net I/σ(I): 12.1
反射シェル	解像度: 1.69→1.79 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.485 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 93.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1779	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
Coot		モデル構築
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 3PCW

3pcw

解像度: 1.69→19.2 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 22.92 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2165	1810	5 %	random selectrion
R_work	0.1814	-	-	-
obs	0.1832	36224	98.58 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.69→19.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2361	0	21	268	2650

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2449
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.045	3360
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.3	791
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	399
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	443

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6867-1.7322	0.4086	121	0.3474	2296	X-RAY DIFFRACTION	86
1.7322-1.7832	0.5188	139	0.4265	2657	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7832-1.8407	0.4562	139	0.3724	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8407-1.9064	0.2912	140	0.243	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9064-1.9827	0.211	141	0.1746	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9827-2.0728	0.207	139	0.1685	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0728-2.1819	0.1858	141	0.1541	2672	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1819-2.3184	0.1969	140	0.1573	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3184-2.4971	0.2195	141	0.1613	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4971-2.7477	0.2113	141	0.1689	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7477-3.1438	0.1822	142	0.161	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1438-3.9552	0.1994	141	0.1511	2681	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9552-19.2148	0.1505	145	0.1541	2749	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.085	-0.1844	0.0338	0.7949	0.0203	1.1871	-0.0217	0.0547	0.0213	-0.1009	-0.0139	-0.0876	0.0044	0.0999	0.0318	0.1478	-0.0074	0.0019	0.1142	0.0064	0.1054	5.9721	-1.6264	159.868
2	0.7524	-0.2086	-0.89	3.4166	-0.3491	1.2331	0.0506	0.0551	0.0142	0.0021	0.0113	-0.1356	-0.0265	0.1034	-0.0512	0.1728	-0.0222	-0.0164	0.1801	0.0229	0.0992	3.0554	5.0628	149.2857
3	1.2636	-0.0404	0.1652	0.9887	-0.234	1.2828	-0.086	0.123	0.0195	-0.0464	0.0322	-0.0174	-0.0595	0.0203	0.0578	0.1532	-0.0166	-0.0072	0.1069	0.0031	0.0805	0.5513	4.4146	155.443
4	1.522	-0.8899	-0.0548	2.295	0.3259	0.9335	-0.0332	-0.028	0.0109	0.0985	-0.0271	0.1239	0.0584	-0.0653	0.0589	0.1176	-0.0143	-0.0012	0.0971	-0.0051	0.0929	-8.1873	2.7689	174.8666
5	0.8979	0.6371	1.2629	0.9193	2.4322	8.0804	-0.0691	0.0202	-0.014	-0.2061	-0.0117	0.0722	-0.4124	0.1894	0.0366	0.1206	0.0107	-0.0027	0.0741	0.006	0.1246	-3.5307	18.6356	174.9818
6	1.7233	0.2157	0.8945	1.3962	0.7175	1.7992	-0.0727	-0.0451	0.0688	0.0674	0.0291	0.0788	-0.0305	0.0326	0.0333	0.1265	0.0084	0.0248	0.0819	0.0003	0.0958	5.7864	18.6861	182.1467
7	5.5676	-1.4956	0.4837	8.1087	-1.4707	7.6152	-0.0437	0.03	0.1957	-0.2373	0.2168	-0.0537	0.0221	-0.0166	-0.1442	0.0898	0.0216	0.0004	0.1131	-0.0301	0.0914	20.0602	15.7978	182.6584
8	3.2804	0.5041	0.5151	0.5677	0.0719	0.66	0.0167	-0.0105	-0.066	-0.0031	-0.01	0.0859	-0.0325	-0.0016	-0.0078	0.1267	0.0073	0.0025	0.0704	-0.013	0.0848	3.5645	11.314	179.16

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:62)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 63:81)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 82:151)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 152:190)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 191:204)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 205:242)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 243:258)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 259:330)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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