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- PDB-4v5m: tRNA tranlocation on the 70S ribosome: the pre-translocational tr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v5m
タイトルtRNA tranlocation on the 70S ribosome: the pre-translocational translocation intermediate TI(PRE)
要素
  • (30S RIBOSOMAL PROTEIN ...) x 20
  • (50S RIBOSOMAL PROTEIN ...) x 31
  • 16S RRNA
  • 23S RIBOSOMAL RNA
  • 5S RIBOSOMAL RNA
  • ELONGATION FACTOR G
  • MRNA
  • TRNA
キーワードRIBOSOME / TRANSLATION / ELONGATION CYCLE
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosome disassembly / translation elongation factor activity / regulation of translation / large ribosomal subunit / ribosomal small subunit assembly / transferase activity / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / 5S rRNA binding / small ribosomal subunit ...ribosome disassembly / translation elongation factor activity / regulation of translation / large ribosomal subunit / ribosomal small subunit assembly / transferase activity / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / 5S rRNA binding / small ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / GTPase activity / GTP binding / protein homodimerization activity / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Translation elongation factor EFG/EF2 / : / Elongation factor G, domain III / EFG, domain V / Ribosomal protein L7/L12, oligomerisation / Ribosomal protein L7/L12, oligomerisation domain superfamily / Ribosomal protein L7/L12 dimerisation domain / Ribosomal protein L7/L12 / Ribosomal protein L7/L12, C-terminal / Ribosomal protein L7/L12 C-terminal domain ...Translation elongation factor EFG/EF2 / : / Elongation factor G, domain III / EFG, domain V / Ribosomal protein L7/L12, oligomerisation / Ribosomal protein L7/L12, oligomerisation domain superfamily / Ribosomal protein L7/L12 dimerisation domain / Ribosomal protein L7/L12 / Ribosomal protein L7/L12, C-terminal / Ribosomal protein L7/L12 C-terminal domain / Ribosomal protein L7/L12, C-terminal/adaptor protein ClpS-like / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein / Ribosomal protein L1, bacterial-type / Elongation Factor G, domain II / Elongation Factor G, domain III / Ribosomal protein L25, long-form / Translation elongation factor EFG/EF2, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Elongation factor G C-terminus / Elongation factor EFG, domain V-like / Elongation factor G C-terminus / EF-G domain III/V-like / : / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Ribosomal protein L1-like / Ribosomal protein L1/ribosomal biogenesis protein / Ribosomal protein L1p/L10e family / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Elongation factor Tu domain 2 / Ribosomal protein L31 type A / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / : / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S3, bacterial-type / : / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein S5, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / : / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L34, conserved site
類似検索 - ドメイン・相同性
FUSIDIC ACID / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 ...FUSIDIC ACID / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein bL12 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Elongation factor G / Small ribosomal subunit protein uS10 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL29 / 30S ribosomal protein S17 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL5 / 30S ribosomal protein S14 type Z / 30S ribosomal protein S8 / 50S ribosomal protein L6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Small ribosomal subunit protein bTHX / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein uL1 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Large ribosomal subunit protein bL17
類似検索 - 構成要素
生物種THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア)
ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.8 Å
データ登録者Ratje, A.H. / Loerke, J. / Mikolajka, A. / Bruenner, M. / Hildebrand, P.W. / Starosta, A.L. / Doenhoefer, A. / Connell, S.R. / Fucini, P. / Mielke, T. ...Ratje, A.H. / Loerke, J. / Mikolajka, A. / Bruenner, M. / Hildebrand, P.W. / Starosta, A.L. / Doenhoefer, A. / Connell, S.R. / Fucini, P. / Mielke, T. / Whitford, P.C. / Onuchic, J.N. / Yu, Y. / Sanbonmatsu, K.Y. / Hartmann, R.K. / Penczek, P.A. / Wilson, D.N. / Spahn, C.M.T.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2010
タイトル: Head swivel on the ribosome facilitates translocation by means of intra-subunit tRNA hybrid sites.
著者: Andreas H Ratje / Justus Loerke / Aleksandra Mikolajka / Matthias Brünner / Peter W Hildebrand / Agata L Starosta / Alexandra Dönhöfer / Sean R Connell / Paola Fucini / Thorsten Mielke / ...著者: Andreas H Ratje / Justus Loerke / Aleksandra Mikolajka / Matthias Brünner / Peter W Hildebrand / Agata L Starosta / Alexandra Dönhöfer / Sean R Connell / Paola Fucini / Thorsten Mielke / Paul C Whitford / José N Onuchic / Yanan Yu / Karissa Y Sanbonmatsu / Roland K Hartmann / Pawel A Penczek / Daniel N Wilson / Christian M T Spahn /
要旨: The elongation cycle of protein synthesis involves the delivery of aminoacyl-transfer RNAs to the aminoacyl-tRNA-binding site (A site) of the ribosome, followed by peptide-bond formation and ...The elongation cycle of protein synthesis involves the delivery of aminoacyl-transfer RNAs to the aminoacyl-tRNA-binding site (A site) of the ribosome, followed by peptide-bond formation and translocation of the tRNAs through the ribosome to reopen the A site. The translocation reaction is catalysed by elongation factor G (EF-G) in a GTP-dependent manner. Despite the availability of structures of various EF-G-ribosome complexes, the precise mechanism by which tRNAs move through the ribosome still remains unclear. Here we use multiparticle cryoelectron microscopy analysis to resolve two previously unseen subpopulations within Thermus thermophilus EF-G-ribosome complexes at subnanometre resolution, one of them with a partly translocated tRNA. Comparison of these substates reveals that translocation of tRNA on the 30S subunit parallels the swivelling of the 30S head and is coupled to unratcheting of the 30S body. Because the tRNA maintains contact with the peptidyl-tRNA-binding site (P site) on the 30S head and simultaneously establishes interaction with the exit site (E site) on the 30S platform, a novel intra-subunit 'pe/E' hybrid state is formed. This state is stabilized by domain IV of EF-G, which interacts with the swivelled 30S-head conformation. These findings provide direct structural and mechanistic insight into the 'missing link' in terms of tRNA intermediates involved in the universally conserved translocation process.
履歴
登録2010年10月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2014年12月10日ID: 2XSY, 2XTG
改定 1.12014年12月10日Group: Other
改定 1.22015年3月18日Group: Other
改定 2.02017年8月2日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / em_software / struct_conn
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _em_software.fitting_id / _em_software.image_processing_id
改定 2.12019年12月11日Group: Other / カテゴリ: atom_sites / pdbx_database_status
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _pdbx_database_status.process_site
改定 2.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "QA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "QA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-1798
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AA: 16S RRNA
AB: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S2
AC: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S3
AD: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S4
AE: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S5
AF: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S6
AG: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S7
AH: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S8
AI: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S9
AJ: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S10
AK: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S11
AL: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S12
AM: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S13
AN: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S14 TYPE Z
AO: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S15
AP: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S16
AQ: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S17
AR: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S18
AS: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S19
AT: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S20
AU: 30S RIBOSOMAL PROTEIN THX
AV: TRNA
AX: MRNA
AY: ELONGATION FACTOR G
B0: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L27
B1: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L28
B2: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L29
B3: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L30
B4: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L31
B5: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L32
B6: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L33
B7: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L34
B8: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L35
B9: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L36
BA: 23S RIBOSOMAL RNA
BB: 5S RIBOSOMAL RNA
BC: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L1
BD: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L2
BE: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L3
BF: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L4
BG: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L5
BH: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L6
BK: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L11
BL: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L7/L12
BN: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L13
BO: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L14
BP: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L15
BQ: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L16
BR: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L17
BS: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L18
BT: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L19
BU: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L20
BV: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L21
BW: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L22
BX: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L23
BY: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L24
BZ: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L25
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,311,29659
ポリマ－2,310,33657
非ポリマー9602
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

-
RNA鎖 , 5種, 5分子 AAAVAXBABB

#1: RNA鎖 16S RRNA


分子量: 493958.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: GenBank: 55979969
#22: RNA鎖 TRNA


分子量: 24802.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: TRNA WAS COPURIFIED WITH 70S RIBOSOMES / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / 株: HB8
#23: RNA鎖 MRNA


分子量: 3476.122 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: MRNA WAS COPURIFIED WITH 70S RIBOSOMES / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / 株: HB8
#35: RNA鎖 23S RIBOSOMAL RNA


分子量: 947935.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: CHAIN A (23S RNA) HAS E.COLI RESIDUE NUMBERING, BASED ON A STRUCTURAL ALIGNMENT WITH THE CORRESPONDING E. COLI STRUCTURE IN 2AW4
由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: GenBank: 55979969
#36: RNA鎖 5S RIBOSOMAL RNA


分子量: 39540.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: GenBank: 55979969

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30S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 20種, 20分子 ABACADAEAFAGAHAIAJAKALAMANAOAPAQARASATAU

#2: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S2


分子量: 29317.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P80371
#3: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S3


分子量: 26751.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P80372
#4: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S4


分子量: 24373.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P80373
#5: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S5


分子量: 17583.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHQ5
#6: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S6


分子量: 11988.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SLP8
#7: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S7


分子量: 18050.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P17291
#8: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S8


分子量: 15868.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHQ2, UniProt: A0A0M9AFS9*PLUS
#9: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S9


分子量: 14410.614 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P80374
#10: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S10


分子量: 11954.968 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHN7
#11: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S11


分子量: 13737.868 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P80376
#12: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S12


分子量: 14637.384 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHN3
#13: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S13


分子量: 14338.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P80377
#14: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S14 TYPE Z


分子量: 7158.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHQ1, UniProt: A0A0N0BLP2*PLUS
#15: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S15


分子量: 10578.407 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SJ76
#16: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S16


分子量: 10409.983 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SJH3
#17: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S17


分子量: 12325.655 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHP7, UniProt: A0A0N0BLS5*PLUS
#18: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S18


分子量: 10258.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SLQ0
#19: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S19


分子量: 10605.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SHP2
#20: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S20


分子量: 11736.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: P80380
#21: タンパク質・ペプチド 30S RIBOSOMAL PROTEIN THX


分子量: 3350.030 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / 株: HB8 / 参照: UniProt: Q5SIH3

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AY

#24: タンパク質 ELONGATION FACTOR G


分子量: 76977.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア)
株: HB8 / プラスミド: PET-46 EK/LIC / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5SHN5

+
50S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 31種, 31分子 B0B1B2B3B4B5B6B7B8B9BCBDBEBFBGBHBKBLBNBOBPBQBRBSBTBUBVBWBXBYBZ

#25: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L27


分子量: 9529.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: P60493
#26: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L28


分子量: 11004.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: P60494
#27: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L29 / TL5


分子量: 8670.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: Q5SHP6
#28: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L30


分子量: 6799.126 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: Q5SHQ6
#29: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L31


分子量: 8300.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: Q5SJE1
#30: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L32


分子量: 6722.050 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: P80339
#31: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L33


分子量: 6632.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: P35871
#32: タンパク質・ペプチド 50S RIBOSOMAL PROTEIN L34


分子量: 6132.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: P80340
#33: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L35


分子量: 7506.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: Q5SKU1
#34: タンパク質・ペプチド 50S RIBOSOMAL PROTEIN L36 / RIBOSOMAL PROTEIN B


分子量: 4435.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: Q5SHR2
#37: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L1


分子量: 24872.721 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: Q5SLP7
#38: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L2


分子量: 30532.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: P60405
#39: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L3


分子量: 22450.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: Q5SHN8
#40: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L4 / L1E


分子量: 23271.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: Q5SHN9
#41: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L5


分子量: 21061.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: Q5SHQ0
#42: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L6


分子量: 19568.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: Q5SHQ3, UniProt: P0DOY8*PLUS
#43: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L11


分子量: 15526.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: Q5SLP6
#44: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L7/L12


分子量: 12309.155 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / 参照: UniProt: P0A7K2
#45: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L13


分子量: 15927.903 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: P60488
#46: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L14


分子量: 13323.612 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: Q5SHP8
#47: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L15


分子量: 16319.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: Q5SHQ7
#48: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L16


分子量: 15993.909 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: P60489
#49: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L17


分子量: 13750.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: Q9Z9H5
#50: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L18 / TL24


分子量: 12639.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: Q5SHQ4
#51: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L19


分子量: 17188.830 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: P60490
#52: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L20


分子量: 13779.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: P60491
#53: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L21


分子量: 11069.153 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: P60492
#54: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L22


分子量: 12808.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: Q5SHP3
#55: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L23


分子量: 10759.808 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: Q5SHP0
#56: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L24


分子量: 12085.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: Q5SHP9
#57: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L25 / TL5


分子量: 23238.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) / 株: HB8 - MRC - MSAW1 / 参照: UniProt: Q5SHZ1

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非ポリマー , 2種, 2分子

#58: 化合物 ChemComp-FUA / FUSIDIC ACID


分子量: 516.709 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H48O6 / コメント: 抗生剤, 抗菌剤*YM
#59: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細MRNA WAS COPURIFIED, THEREFORE UNKNOWN SEQUENCE. TRNA WAS COPURIFIED, THEREFORE UNKNOWN SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 70S-EFG-GDP-FA COMPLEX / タイプ: RIBOSOME
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: HOLEY CARBON
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE
詳細: VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- VITROBOT (FEI)

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300 / 詳細: LOW-DOSE
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 39000 X / 倍率（補正後）: 65520 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 4000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / Cs: 2 mm
試料ホルダ温度: 77 K
撮影電子線照射量: 20 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
画像スキャンデジタル画像の数: 677
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1GROMACSモデルフィッティング
2SPIDER３次元再構成
CTF補正詳細: DEFOCUS GROUPS
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成手法: MULTIPARTICLE REFINEMENT / 解像度: 7.8 Å / ピクセルサイズ（公称値）: 1.26 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 1.26 Å
詳細: SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-1798.
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL / 詳細: METHOD--MDFIT REFINEMENT PROTOCOL--X-RAY
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
12WRI

2wri
PDB 未公開エントリ

12WRI1PDBexperimental model
22WRJ

2wrj
PDB 未公開エントリ

12WRJ2PDBexperimental model
精密化最高解像度: 7.8 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 7.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数24360 34199 65 0 58624

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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