PDB-4tv9: Tubulin-PM060184 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4tv9

タイトル

Tubulin-PM060184 complex

要素

Stathmin-4
Tubulin alpha-1B chain
Tubulin beta-2B chain
Uncharacterized protein

キーワード

CELL CYCLE / TUBULIN FOLD / CYTOSKELETON / MICROTUBULE

機能・相同性

機能・相同性情報

tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / microtubule-based process / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / spindle microtubule / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / protein modification process / structural constituent of cytoskeleton ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

Gallus gallus (ニワトリ)

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Prota, A.E. / Bargsten, K. / Diaz, J.F. / Marsh, M. / Cuevas, C. / Liniger, M. / Neuhaus, C. / Andreu, J.M. / Altmann, K.H. / Steinmetz, M.O.

資金援助

スイス,

スペイン, 5件

組織	認可番号	国
Swiss National Science Foundation	310030B_138659	スイス
Ministero de Economia y Competitividad	BIO2010-16351	スペイン
Ministero de Economia y Competitividad	BFU2011-23416	スペイン
Comunidad Autonoma de Madrid	S2010/BMD-2457	スペイン
Comunidad Autonoma de Madrid	S2010/BMD-2353	スペイン

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: A new tubulin-binding site and pharmacophore for microtubule-destabilizing anticancer drugs.
著者: Prota, A.E. / Bargsten, K. / Diaz, J.F. / Marsh, M. / Cuevas, C. / Liniger, M. / Neuhaus, C. / Andreu, J.M. / Altmann, K.H. / Steinmetz, M.O.

履歴

登録	2014年6月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年8月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年10月1日	Group: Database references
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4tv9.cif.gz	922 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4tv9.ent.gz	759.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4tv9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/4tv9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/4tv9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4tuyC 4tv8C 4i4tS 4i50 4i55 4ihj 4iij 4o2a 4o2b 4o4h 4o4i 4o4j 4o4l S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ezy-d 5iyz-d 5xi7-d 6fkj-d 5ca0-d 4zhq-d 5nfz-d 5lxt-d 5xke-d 5h7o-d 5cb4-d 5jvd-d 6o5n-d 4tuy-d 5kx5-d 5bmv-d 5la6-d 5j2u-d 5yls-d 7dad-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (28) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (19) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (19) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#175 - 2014年7月
微小管 (Microtubules)
類似性 (28)
#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
類似性 (19)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (19)
#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Tubulin alpha-1B chain

B: Tubulin beta-2B chain

C: Tubulin alpha-1B chain

D: Tubulin beta-2B chain

E: Stathmin-4

F: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

265 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.200, 157.290, 180.220
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質	Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain 分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質	Tubulin beta-2B chain 分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質	Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3 分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / Fragment: STATHMIN-LIKE DOMAIN, UNP Residues 49-189 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043
#4: タンパク質	Uncharacterized protein 分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43

-
非ポリマー , 9種, 762分子

#5: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#9: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#10: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#11: 化合物	ChemComp-3H4 / (1Z,4S,6Z)-1-[(N-{(2Z,4Z,6E,8S)-8-[(2S)-5-methoxy-6-oxo-3,6-dihydro-2H-pyran-2-yl]-6-methylnona-2,4,6-trienoyl}-3-methy l-L-valyl)amino]octa-1,6-dien-4-yl carbamate / PM060184 / PM-060184 分子量: 571.705 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃₁H₄₅N₃O₇
#12: 化合物	ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP 分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#13: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 746 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.42 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.7 詳細: 6% PEG, 16% glycerol, 30 mM magnesium chloride, 30 mM calcium chloride, 0.1M MES/0.1M imidazole

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月3日
放射	モノクロメーター: LN2 cooled fixed-exit SI(111) monochromator sagittally-horizontally focussed プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→52.05 Å / Num. obs: 199377 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 37.6 % / R_merge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 23.7
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 20.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 4i4t

4i4t

解像度: 2→52.044 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.09 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2077	9967	5 %
R_work	0.1801	-	-
obs	0.1815	199355	99.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→52.044 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17275	0	223	746	18244

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	18169
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.709	24721
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.097	6826
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.028	2719
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	3201

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.0227	0.3983	324	0.3868	6153	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0227-2.0465	0.352	330	0.3318	6280	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0465-2.0715	0.3565	331	0.3125	6288	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0715-2.0977	0.3452	327	0.2954	6209	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0977-2.1253	0.2972	329	0.2609	6263	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1253-2.1544	0.2607	329	0.2344	6243	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1544-2.1852	0.2311	331	0.2186	6284	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1852-2.2178	0.2578	330	0.2093	6271	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2178-2.2525	0.2277	327	0.2023	6222	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2525-2.2894	0.2408	331	0.1973	6289	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2894-2.3289	0.2431	331	0.2001	6285	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3289-2.3713	0.2346	331	0.1973	6294	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3713-2.4169	0.2288	331	0.1938	6291	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4169-2.4662	0.2439	329	0.1923	6246	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4662-2.5198	0.227	330	0.1956	6262	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5198-2.5784	0.215	331	0.1881	6300	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5784-2.6429	0.2179	331	0.1901	6289	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6429-2.7144	0.225	333	0.1931	6322	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7144-2.7942	0.2324	329	0.1968	6250	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7942-2.8844	0.2401	334	0.198	6342	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8844-2.9875	0.2227	332	0.1968	6318	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9875-3.1071	0.1993	333	0.1874	6326	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1071-3.2485	0.2278	332	0.1948	6309	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2485-3.4197	0.2241	335	0.189	6347	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4197-3.6339	0.2073	333	0.1763	6344	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6339-3.9144	0.181	336	0.1627	6370	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9144-4.3082	0.1696	336	0.1523	6382	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3082-4.9312	0.1668	338	0.1366	6427	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9312-6.2111	0.1915	341	0.1679	6478	X-RAY DIFFRACTION	100
6.2111-52.0613	0.192	352	0.1652	6704	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1341	-0.1733	-0.0108	3.7816	1.2615	2.2635	-0.0055	0.085	0.1893	-0.4605	0.2814	-0.3672	-0.7179	0.4006	-0.2446	0.5689	-0.1475	0.1302	0.4533	-0.1416	0.4214	31.678	88.0484	51.791
2	1.1887	-0.4867	-0.4909	3.2204	1.2133	2.9555	0.058	0.0077	0.1018	0.2687	0.0099	0.1281	-0.2416	0.0082	-0.0638	0.3869	-0.0008	0.0471	0.3276	-0.0805	0.345	19.2114	82.1081	65.7207
3	0.6846	-0.2274	0.0067	4.8493	1.8291	2.6372	-0.0179	-0.1343	0.1256	0.6072	0.0721	0.1755	-0.1428	0.0017	-0.0556	0.4754	-0.0173	0.1021	0.4209	-0.0737	0.4068	18.8324	83.0685	73.3473
4	1.4314	-0.3264	-0.9638	3.5213	3.4633	8.0906	-0.0642	-0.1738	-0.1249	0.7098	0.4345	-0.4113	0.6948	1.0024	-0.3294	0.4852	0.1401	-0.0835	0.4678	-0.1447	0.4968	32.96	61.5886	60.5539
5	2.1955	-0.2749	-1.0333	2.9149	-2.5397	3.1576	0.2143	-2.0146	-0.928	2.4031	0.3899	1.0574	0.6992	-0.6054	-0.5661	1.7139	0.0912	0.2392	1.237	0.0766	1.4033	24.0632	64.2642	85.5069
6	4.7072	-1.8944	-0.8707	7.6188	1.4171	4.2875	0.2268	0.2283	0.6972	-0.4263	-0.1781	0.1375	-0.9867	-0.2116	0.0088	0.4602	0.0424	0.0183	0.3534	0.0076	0.4228	16.0934	69.749	19.3531
7	2.1784	-0.2274	-0.8456	5.997	0.8071	2.6742	0.1375	0.3652	0.0481	-0.413	-0.0223	-0.4353	-0.4429	0.3297	-0.1235	0.3092	-0.0348	0.0308	0.5361	-0.0599	0.3224	29.0427	55.9083	14.3955
8	2.0427	1.1949	0.1634	5.141	1.8144	3.4575	0.0125	-0.1194	0.0829	0.0359	0.0408	-0.1088	-0.149	0.1506	-0.0539	0.2093	0.015	0.0292	0.3515	-0.1097	0.3353	24.4347	52.9113	26.0463
9	1.1883	-1.1101	1.0351	1.1445	-1.2414	1.6254	-0.1665	-0.5703	-0.1421	0.0061	-0.1861	0.6694	0.2438	-0.9751	0.3402	0.3591	-0.0696	0.0745	0.7966	-0.3273	0.6113	5.3747	50.6751	28.2215
10	0.6952	-0.6134	-0.008	1.4366	0.9134	2.7251	-0.0413	-0.0861	0.1356	-0.0737	-0.0228	0.1183	-0.383	-0.3679	0.0522	0.3569	0.0241	0.0336	0.4366	-0.1251	0.4382	10.4812	61.6556	35.7447
11	2.8403	-0.5219	0.3718	2.359	-0.557	3.84	-0.2229	-0.1495	0.0105	0.3462	-0.0054	0.4075	-0.1448	-0.9933	0.2253	0.44	0.0664	0.0684	0.6596	-0.1765	0.4652	6.544	60.6062	44.8264
12	1.9256	-2.6462	-1.2807	5.4348	4.0113	3.6277	-0.0235	-0.1097	-0.213	0.2381	-0.1602	0.7034	0.443	-0.2126	0.2073	0.3135	-0.0341	0.0498	0.2969	-0.0617	0.3343	15.403	41.8963	34.043
13	1.4977	-0.9401	-1.4089	3.7496	2.9459	2.8337	-0.0755	-0.2277	-0.165	0.6054	0.1537	-0.1243	0.6531	0.7149	-0.1109	0.3617	0.0047	-0.0346	0.4156	-0.038	0.3896	25.6655	37.8392	30.9121
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21	0.1835	-0.1902	-0.4076	0.8477	1.1456	1.838	-0.1039	-0.0342	-0.0257	0.3958	0.6635	-0.5425	0.5516	0.9635	-0.5873	0.4418	0.0961	0.0142	0.7242	-0.2525	0.6366	42.9557	28.1392	4.4575
22	1.5492	1.7102	-0.4227	5.135	1.1782	2.9951	-0.5733	0.4838	-0.6599	-0.4065	0.2408	-0.1877	1.3858	-0.5521	0.1667	0.9949	-0.1721	0.1714	0.577	-0.168	0.5668	6.462	54.2565	69.8923
23	3.2055	0.1315	0.0345	3.0037	-0.899	3.8216	-0.1024	-0.7773	-0.5549	0.597	-0.3217	-0.8367	0.2497	1.4681	0.402	0.7201	0.1266	-0.0923	1.0321	0.2294	0.706	15.7316	57.5924	104.2504
24	2.3723	0.8641	-1.9333	1.626	-0.4975	2.3407	-0.4336	-0.0207	-0.6607	0.1469	0.251	-0.1327	0.8574	-0.033	-0.0559	0.9014	0.0341	0.1162	0.3922	0.0372	0.6096	-1.3608	53.129	93.8235

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 1:180)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 181:311)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 312:401)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 402:436)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 437:439)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resseq 1:88)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resseq 89:127)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resseq 128:197)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resseq 198:223)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resseq 224:295)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resseq 296:373)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resseq 374:401)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resseq 402:438)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resseq 1:197)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resseq 198:440)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resseq 1:88)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resseq 89:295)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resseq 296:401)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resseq 402:441)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'E' and (resseq 6:46)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'E' and (resseq 47:142)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'F' and (resseq 1:66)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'F' and (resseq 67:198)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'F' and (resseq 199:378)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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