+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5nfz | ||||||
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Title | TUBULIN-MTC complex | ||||||
Components |
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Keywords | CELL CYCLE / TUBULIN FOLD / CYTOSKELETON / MICROTUBULE | ||||||
Function / homology | Function and homology information tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / microtubule-based process / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / spindle microtubule / protein modification process / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization ...tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / microtubule-based process / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / spindle microtubule / protein modification process / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / microtubule cytoskeleton / neuron projection development / mitotic cell cycle / nervous system development / growth cone / Hydrolases; Acting on acid anhydrides; Acting on GTP to facilitate cellular and subcellular movement / microtubule / neuron projection / protein heterodimerization activity / GTPase activity / nucleotide binding / GTP binding / Golgi apparatus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Rattus norvegicus (Norway rat) Gallus gallus (chicken) Bos taurus (cattle) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 2.1 Å | ||||||
Authors | Field, J.J. / Pera, B. / Estevez Gallego, J. / Calvo, E. / Rodriguez-Salarichs, J. / Saez-Calvo, G. / Zuwerra, D. / Jordi, M. / Prota, A.E. / Menchon, G. ...Field, J.J. / Pera, B. / Estevez Gallego, J. / Calvo, E. / Rodriguez-Salarichs, J. / Saez-Calvo, G. / Zuwerra, D. / Jordi, M. / Prota, A.E. / Menchon, G. / Miller, J.H. / Altmann, K.-H. / Diaz, J.F. | ||||||
Citation | Journal: J. Nat. Prod. / Year: 2018 Title: Zampanolide Binding to Tubulin Indicates Cross-Talk of Taxane Site with Colchicine and Nucleotide Sites. Authors: Field, J.J. / Pera, B. / Gallego, J.E. / Calvo, E. / Rodriguez-Salarichs, J. / Saez-Calvo, G. / Zuwerra, D. / Jordi, M. / Andreu, J.M. / Prota, A.E. / Menchon, G. / Miller, J.H. / Altmann, K.H. / Diaz, J.F. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5nfz.cif.gz | 918.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5nfz.ent.gz | 752.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5nfz.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
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Full document | 5nfz_full_validation.pdf.gz | 2.6 MB | Display | |
Data in XML | 5nfz_validation.xml.gz | 79.6 KB | Display | |
Data in CIF | 5nfz_validation.cif.gz | 109.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nf/5nfz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nf/5nfz | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5ng1C 4i4tS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 4 types, 6 molecules ACBDEF
#1: Protein | Mass: 50204.445 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Bos taurus (cattle) / Tissue: Brain / References: UniProt: P81947 #2: Protein | Mass: 49999.887 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Bos taurus (cattle) / Organ: Brain / References: UniProt: Q6B856 #3: Protein | | Mass: 16844.162 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rattus norvegicus (Norway rat) / Gene: Stmn4 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P63043 #4: Protein | | Mass: 44378.496 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Gallus gallus (chicken) / Gene: TTL / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: E1BQ43 |
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-Non-polymers , 9 types, 467 molecules
#5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-MG / #7: Chemical | ChemComp-CA / #8: Chemical | ChemComp-GOL / | #9: Chemical | #10: Chemical | #11: Chemical | ChemComp-MES / | #12: Chemical | ChemComp-ACP / | #13: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.88 Å3/Da / Density % sol: 57.26 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion / pH: 6.7 Details: 5% PEG 4K, 12-14% glycerol, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 100 mM MES/Imidazole, pH 6.7 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06SA / Wavelength: 0.97976 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: May 2, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97976 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.1→59.782 Å / Num. obs: 175862 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 13.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Rpim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 16.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.1→2.15 Å / Redundancy: 10.6 % / Rmerge(I) obs: 2.89 / Mean I/σ(I) obs: 0.92 / Num. unique obs: 12854 / CC1/2: 0.452 / Rpim(I) all: 0.879 / % possible all: 99.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: FOURIER SYNTHESIS Starting model: 4I4T Resolution: 2.1→59.782 Å / SU ML: 0.31 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 24.61
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→59.782 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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