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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 5nfz | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | TUBULIN-MTC complex | ||||||
Components |
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Keywords | CELL CYCLE / TUBULIN FOLD / CYTOSKELETON / MICROTUBULE | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationtubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / microtubule-based process / cytoplasmic microtubule / cellular response to interleukin-4 / tubulin binding / spindle microtubule / protein modification process ...tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / microtubule-based process / cytoplasmic microtubule / cellular response to interleukin-4 / tubulin binding / spindle microtubule / protein modification process / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / neuron migration / neuron projection development / mitotic cell cycle / double-stranded RNA binding / microtubule cytoskeleton / growth cone / Hydrolases; Acting on acid anhydrides; Acting on GTP to facilitate cellular and subcellular movement / microtubule / neuron projection / cilium / protein heterodimerization activity / nucleotide binding / GTPase activity / ubiquitin protein ligase binding / GTP binding / Golgi apparatus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 2.1 Å | ||||||
Authors | Field, J.J. / Pera, B. / Estevez Gallego, J. / Calvo, E. / Rodriguez-Salarichs, J. / Saez-Calvo, G. / Zuwerra, D. / Jordi, M. / Prota, A.E. / Menchon, G. ...Field, J.J. / Pera, B. / Estevez Gallego, J. / Calvo, E. / Rodriguez-Salarichs, J. / Saez-Calvo, G. / Zuwerra, D. / Jordi, M. / Prota, A.E. / Menchon, G. / Miller, J.H. / Altmann, K.-H. / Diaz, J.F. | ||||||
Citation | Journal: J. Nat. Prod. / Year: 2018Title: Zampanolide Binding to Tubulin Indicates Cross-Talk of Taxane Site with Colchicine and Nucleotide Sites. Authors: Field, J.J. / Pera, B. / Gallego, J.E. / Calvo, E. / Rodriguez-Salarichs, J. / Saez-Calvo, G. / Zuwerra, D. / Jordi, M. / Andreu, J.M. / Prota, A.E. / Menchon, G. / Miller, J.H. / Altmann, K.H. / Diaz, J.F. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 5nfz.cif.gz | 918.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb5nfz.ent.gz | 752.5 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 5nfz.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 5nfz_validation.pdf.gz | 2.5 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 5nfz_full_validation.pdf.gz | 2.6 MB | Display | |
| Data in XML | 5nfz_validation.xml.gz | 79.6 KB | Display | |
| Data in CIF | 5nfz_validation.cif.gz | 109.7 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nf/5nfz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nf/5nfz | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 5ng1C ![]() 4i4tS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
| ||||||||
| Unit cell |
|
-
Components
-Protein , 4 types, 6 molecules ACBDEF
| #1: Protein | Mass: 50204.445 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() #2: Protein | Mass: 49999.887 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() #3: Protein | | Mass: 16844.162 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #4: Protein | | Mass: 44378.496 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
|---|
-Non-polymers , 9 types, 467 molecules 
















| #5: Chemical | | #6: Chemical | ChemComp-MG / #7: Chemical | ChemComp-CA / #8: Chemical | ChemComp-GOL / | #9: Chemical | #10: Chemical | #11: Chemical | ChemComp-MES / | #12: Chemical | ChemComp-ACP / | #13: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.88 Å3/Da / Density % sol: 57.26 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion / pH: 6.7 Details: 5% PEG 4K, 12-14% glycerol, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 100 mM MES/Imidazole, pH 6.7 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06SA / Wavelength: 0.97976 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: May 2, 2013 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97976 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.1→59.782 Å / Num. obs: 175862 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 13.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Rpim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 16.2 |
| Reflection shell | Resolution: 2.1→2.15 Å / Redundancy: 10.6 % / Rmerge(I) obs: 2.89 / Mean I/σ(I) obs: 0.92 / Num. unique obs: 12854 / CC1/2: 0.452 / Rpim(I) all: 0.879 / % possible all: 99.8 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: FOURIER SYNTHESISStarting model: 4I4T Resolution: 2.1→59.782 Å / SU ML: 0.31 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 24.61
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→59.782 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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X-RAY DIFFRACTION
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