PDB-5nfz: TUBULIN-MTC complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5nfz

タイトル

TUBULIN-MTC complex

要素

Stathmin-4スタスミン
Tubulin alpha-1B chain
Tubulin beta-2B chain
Tubulin-Tyrosine LigaseTubulin—tyrosine ligase

キーワード

CELL CYCLE (細胞周期) / TUBULIN FOLD /

CYTOSKELETON (細胞骨格) /

MICROTUBULE (微小管)

機能・相同性

機能・相同性情報

tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / cytoplasmic microtubule / microtubule-based process / cellular response to interleukin-4 /

tubulin binding / spindle microtubule /

加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

Gallus gallus (ニワトリ)

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Field, J.J. / Pera, B. / Estevez Gallego, J. / Calvo, E. / Rodriguez-Salarichs, J. / Saez-Calvo, G. / Zuwerra, D. / Jordi, M. / Prota, A.E. / Menchon, G. ...

引用

ジャーナル: J. Nat. Prod. / 年: 2018
タイトル: Zampanolide Binding to Tubulin Indicates Cross-Talk of Taxane Site with Colchicine and Nucleotide Sites.
著者: Field, J.J. / Pera, B. / Gallego, J.E. / Calvo, E. / Rodriguez-Salarichs, J. / Saez-Calvo, G. / Zuwerra, D. / Jordi, M. / Andreu, J.M. / Prota, A.E. / Menchon, G. / Miller, J.H. / Altmann, K.H. / Diaz, J.F.

履歴

登録	2017年3月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年10月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年4月4日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.2	2018年5月2日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns / Item: _reflns.pdbx_Rpim_I_all
改定 1.3	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5nfz.cif.gz	918.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5nfz.ent.gz	752.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5nfz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nf/5nfz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nf/5nfz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ng1C 4i4tS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4i4t-d 5ezy-d 5jvd-d 5iyz-d 5cb4-d 5lxt-d 6fkl-d 5yls-d 5ca0-d 5bmv-d 4tv9-d 4zhq-d 5h7o-d 5xke-d 6o5n-d 5xi7-d 6br1-d 5yl2-d 5yz3-d 5jh7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (28) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (19) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (19) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#175 - 2014年7月
微小管 (Microtubules)
類似性 (28)
#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
類似性 (19)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (19)
#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Tubulin alpha-1B chain

B: Tubulin beta-2B chain

C: Tubulin alpha-1B chain

D: Tubulin beta-2B chain

E: Stathmin-4

F: Tubulin-Tyrosine Ligase

ヘテロ分子

265 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.163, 158.787, 180.376
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質	Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain 分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 組織: Brain脳 / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質	Tubulin beta-2B chain 分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain脳 / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質	Stathmin-4 / スタスミン / Stathmin-like protein B3 / RB3 分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043
#4: タンパク質	Tubulin-Tyrosine Ligase / Tubulin—tyrosine ligase 分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43

-
非ポリマー , 9種, 467分子

#5: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / グアノシン三リン酸分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#9: 化合物	ChemComp-8WB / 2-methoxy-5-(2,3,4-trimethoxyphenyl)cyclohepta-2,4,6-trien-1-one / 2-メトキシ-5-(2,3,4-トリメトキシフェニル)-2,4,6-シクロヘプタトリエン-1-オン分子量: 302.322 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₁₈O₅
#10: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / グアノシン二リン酸タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#11: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸 / MES (緩衝剤) 分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#12: 化合物	ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP 分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#13: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 449 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.26 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.7 詳細: 5% PEG 4K, 12-14% glycerol, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 100 mM MES/Imidazole, pH 6.7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.97976 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→59.782 Å / Num. obs: 175862 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.5 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.135 / R_pim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 16.2
反射シェル	解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 10.6 % / R_merge(I) obs: 2.89 / Mean I/σ(I) obs: 0.92 / Num. unique obs: 12854 / CC_1/2: 0.452 / R_pim(I) all: 0.879 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 4I4T

4i4t

解像度: 2.1→59.782 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.61

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2176	8794	5 %
R_work	0.1821	-	-
obs	0.1839	175862	99.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→59.782 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17419	0	222	449	18090

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	18071
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.856	24506
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.498	10776
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	2662
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	3176

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.1239	0.381	288	0.3531	5470	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1239-2.1489	0.3979	292	0.3486	5553	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1489-2.1751	0.3719	290	0.3255	5485	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1751-2.2026	0.35	291	0.3116	5526	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2026-2.2316	0.3195	289	0.298	5498	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2316-2.2621	0.2941	289	0.2723	5491	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2621-2.2945	0.3088	293	0.2646	5568	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2945-2.3287	0.3054	289	0.2642	5490	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3287-2.3651	0.3019	290	0.2515	5513	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3651-2.4039	0.2859	293	0.2432	5565	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4039-2.4453	0.2817	291	0.2382	5520	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4453-2.4898	0.2557	289	0.2222	5503	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4898-2.5377	0.2779	293	0.2207	5559	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5377-2.5895	0.2522	290	0.2071	5512	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5895-2.6458	0.2503	293	0.1998	5573	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6458-2.7073	0.2578	291	0.2062	5528	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7073-2.775	0.2732	294	0.205	5574	X-RAY DIFFRACTION	100
2.775-2.8501	0.2307	292	0.1919	5555	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8501-2.9339	0.2188	292	0.1926	5547	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9339-3.0286	0.2521	292	0.191	5548	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0286-3.1369	0.2272	293	0.187	5559	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1369-3.2625	0.2116	294	0.1841	5598	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2625-3.4109	0.2194	294	0.1845	5574	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4109-3.5907	0.2213	295	0.1756	5611	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5907-3.8157	0.2132	294	0.1626	5588	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8157-4.1102	0.1704	295	0.1465	5595	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1102-4.5237	0.1562	298	0.1293	5669	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5237-5.178	0.1561	297	0.1288	5640	X-RAY DIFFRACTION	100
5.178-6.5225	0.2014	302	0.1665	5732	X-RAY DIFFRACTION	100
6.5225-59.8066	0.1686	311	0.1553	5924	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9633	-0.0331	-0.2602	4.1998	1.2776	2.876	0.0184	0.1455	0.1441	-0.449	0.3245	-0.3801	-0.6988	0.4444	-0.3076	0.5275	-0.1235	0.1147	0.5016	-0.1555	0.4296	31.8104	88.5842	51.8737
2	1.3112	-0.191	-0.1633	2.9505	1.2849	3.2257	0.0858	0.0203	0.0048	0.351	-0.002	0.1572	-0.0725	-0.0232	-0.0825	0.3863	-0.0066	0.0597	0.3167	-0.0743	0.3408	19.0945	82.9341	65.7681
3	0.6968	-0.1254	0.3003	4.6201	1.554	2.7248	-0.0066	-0.1492	0.0926	0.7925	0.0483	0.181	-0.0512	-0.0641	-0.0706	0.4871	-0.0179	0.1162	0.3894	-0.0722	0.3511	18.8509	83.8284	73.3911
4	1.991	-0.2025	-1.182	4.654	4.6082	7.7067	-0.0606	-0.2199	-0.1182	0.9381	0.4514	-0.4333	0.9209	0.9254	-0.37	0.4752	0.1436	-0.1182	0.4085	-0.1268	0.4524	32.6217	62.2344	60.8336
5	5.6337	-1.6205	-0.7759	6.8032	1.5186	3.8248	0.199	0.263	0.6101	-0.5765	-0.1851	0.1457	-0.9693	-0.2348	0.0138	0.4953	0.0516	0.0151	0.3561	-0.0144	0.3476	16.1035	70.1849	19.231
6	2.0366	-0.6773	-0.776	8.9478	-0.0334	3.2337	0.1786	0.393	0.0113	-0.3253	0.0049	-0.5462	-0.4316	0.3077	-0.1709	0.3099	-0.039	0.0456	0.539	-0.0926	0.3354	29.1418	56.5368	14.6244
7	2.8858	2.6488	0.4076	7.3952	2.4458	4.015	-0.0063	-0.0952	0.1159	-0.0388	0.0305	-0.139	-0.1869	0.1748	-0.0441	0.1981	0.0317	0.0213	0.3512	-0.1023	0.3151	24.3992	53.4433	26.1598
8	7.6004	-0.1182	1.3911	0.8708	-0.9249	2.3589	-0.1366	-0.4236	-0.2595	0.1008	-0.2364	0.5274	0.4163	-0.8513	0.3347	0.3468	-0.0573	0.1	0.6322	-0.3085	0.5304	5.435	51.1653	28.3092
9	1.8178	-0.8523	-0.1754	1.7607	0.9402	2.6734	-0.0322	-0.1225	0.1039	0.0296	-0.1387	0.2285	-0.3166	-0.4835	0.0843	0.3304	0.0256	0.0269	0.4306	-0.1542	0.4151	9.8766	62.2249	35.8893
10	3.7937	-1.0803	0.9371	2.9178	-0.5786	3.2016	-0.2942	-0.3215	0.1291	0.3952	0.0364	0.2949	-0.1831	-0.9822	0.1663	0.4492	0.057	0.096	0.6599	-0.191	0.4654	6.3717	60.9736	44.8804
11	1.1567	-3.1863	-2.224	8.9284	6.7852	5.4558	-0.0251	-0.1013	-0.0887	0.5767	-0.2178	0.5817	0.6435	-0.2183	0.3043	0.3018	-0.0706	0.0395	0.3696	-0.0878	0.3426	15.4421	42.3355	34.1694
12	1.6168	-1.6893	-1.205	5.6312	4.8769	6.8643	-0.1193	-0.3061	-0.1769	0.9687	0.1429	-0.2037	1.1113	0.7253	-0.0092	0.3937	-0.0268	-0.0704	0.4187	-0.0354	0.3725	25.6571	38.2961	31.0224
13	1.2432	-0.3264	0.1023	2.7569	0.1687	1.8515	-0.0441	0.1978	0.1021	-0.3051	0.0792	-0.0661	-0.1676	0.1441	-0.0245	0.2657	-0.0618	0.037	0.3439	-0.0365	0.286	20.3279	33.4482	-12.1481
14	0.9183	-0.4989	0.0356	1.5703	0.8739	1.4216	-0.016	-0.0091	0.0112	0.0834	-0.0865	0.1883	0.0935	-0.2381	0.0868	0.2317	-0.0595	0.0386	0.2886	-0.0389	0.3099	7.796	26.3385	3.0097
15	5.6653	-3.1985	-0.8863	7.2993	1.7899	3.8733	0.0366	0.9138	0.1377	-0.8393	0.017	0.1363	-0.1292	-0.2275	-0.0721	0.7023	-0.1316	0.032	0.7979	-0.02	0.2849	17.3299	10.201	-44.4519
16	1.8259	-0.0358	-0.4712	1.7011	0.3522	2.1098	-0.1121	0.5412	-0.1858	-0.5101	0.1591	-0.1601	0.2343	-0.0935	-0.0701	0.6114	-0.0634	0.0675	0.5886	-0.1897	0.4036	20.4917	-1.758	-34.0619
17	1.688	0.0212	-0.7383	2.0486	0.7087	3.0754	-0.1728	0.3595	-0.3218	0.0085	0.1062	0.2205	0.3423	-0.4991	0.1165	0.4464	-0.0861	0.0129	0.4489	-0.1205	0.3921	9.0809	-3.4656	-21.61
18	2.927	-2.03	-2.6212	4.1633	2.898	6.6776	-0.472	0.0672	-0.8673	0.0989	0.1713	-0.3576	0.9271	0.6293	-0.1745	0.6779	0.0628	0.0345	0.5126	-0.2761	0.7439	30.5076	-15.9146	-24.5657
19	2.9739	-1.5988	0.3071	5.0543	0.0814	2.3045	0.027	-0.2628	0.2195	1.439	0.4269	-0.36	-0.2097	0.5198	-0.3949	0.9342	-0.0951	-0.0289	0.5926	-0.185	0.508	28.4906	92.3361	81.3073
20	0.2901	-0.1616	-0.2553	0.7937	0.9752	1.6842	-0.0772	-0.0142	-0.0477	0.2645	0.4627	-0.4523	0.4056	0.6513	-0.4946	0.397	0.0598	0.049	0.6815	-0.2602	0.6548	43.1181	27.647	3.5728
21	3.7696	3.3683	0.0712	6.596	1.8372	2.7184	-0.5639	0.5474	-0.8396	-0.2329	-0.0355	-0.2529	1.3374	-0.5416	0.3199	1.0079	-0.1653	0.2305	0.6234	-0.1868	0.6226	6.029	55.3411	70.115
22	2.0959	0.1968	-0.0077	2.9304	-1.4906	3.7688	-0.0218	-0.8949	-0.667	0.6152	-0.5489	-0.8729	0.284	1.7927	0.5743	0.8798	0.1918	-0.0366	1.2805	0.3307	0.8362	14.8873	58.2591	105.489
23	3.288	0.6519	-2.3796	1.9419	-0.195	2.6447	-0.6548	-0.1328	-0.9186	0.1982	0.2122	-0.1274	1.0316	0.0831	0.0127	0.956	0.0613	0.1787	0.4209	0.0768	0.6792	-1.524	54.3665	94.1296

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 180)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 181 through 311)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 312 through 401)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 402 through 436)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 2 through 88)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 89 through 127)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 128 through 197)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 198 through 223)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 224 through 295)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 296 through 373)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 374 through 401)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 402 through 438)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 1 through 197)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 198 through 440)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 2 through 88)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 89 through 295)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 296 through 401)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 402 through 441)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'E' and (resid 6 through 46)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'E' and (resid 47 through 144)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'F' and (resid 1 through 66)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'F' and (resid 67 through 198)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'F' and (resid 199 through 379)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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