PDB-5jvd: Tubulin-TUB092 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5jvd

タイトル

Tubulin-TUB092 complex

要素

(Tubulin beta-2B ...) x 2
Stathmin-4
Tubulin alpha-1B chain

キーワード

CELL CYCLE / TUBULIN FOLD / CYTOSKELETON / MICROTUBULE

機能・相同性

機能・相同性情報

tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / microtubule-based process / cytoplasmic microtubule / tubulin binding / cellular response to interleukin-4 / spindle microtubule / protein modification process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

Gallus gallus (ニワトリ)

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.393 Å

データ登録者

Canela, M.-D. / Noppen, S. / Bueno, O. / Prota, A.E. / Bargsten, K. / Saez-Calvo, G. / Jimeno, M.-L. / Benkheil, M. / Ribatti, D. / Velazquez, S. ...

資金援助

スペイン,

スイス, 4件

組織	認可番号	国
Spanish Ministry of Economy and Competitiveness	SAF2012- 39760-C02-01	スペイン
Spanish Ministry of Economy and Competitiveness	BIO2013-42984-R	スペイン
Comunidad de Madrid	BIPEDD2; ref. P2010/BMD-2457	スペイン
Swiss National Science Foundation	310030B_138659 and 31003A_166608	スイス

引用

ジャーナル: Oncotarget / 年: 2017
タイトル: Antivascular and antitumor properties of the tubulin-binding chalcone TUB091.
著者: Canela, M.D. / Noppen, S. / Bueno, O. / Prota, A.E. / Bargsten, K. / Saez-Calvo, G. / Jimeno, M.L. / Benkheil, M. / Ribatti, D. / Velazquez, S. / Camarasa, M.J. / Diaz, J.F. / Steinmetz, M.O. ...

履歴

登録	2016年5月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年6月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年4月26日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月6日	Group: Author supporting evidence / Structure summary / カテゴリ: entity / pdbx_audit_support Item: _entity.pdbx_description / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5jvd.cif.gz	909.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5jvd.ent.gz	751.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5jvd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jv/5jvd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jv/5jvd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5nfz-d 5xi7-d 4i4t-d 5ezy-d 5iyz-d 6o5n-d 5lxt-d 5cb4-d 5h7o-d 5m8d-d 4tv9-d 5yz3-d 5xlt-d 5yls-d 6fkl-d 5lyj-d 5kx5-d 5xke-d 6fkj-d 5xkg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (28) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (19) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (19) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#175 - 2014年7月
微小管 (Microtubules)
類似性 (28)
#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
類似性 (19)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (19)
#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Tubulin alpha-1B chain

B: Tubulin beta-2B chain

C: Tubulin alpha-1B chain

D: Tubulin beta-2B chain

E: Stathmin-4

F: Tubulin beta-2B chain

ヘテロ分子

266 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.251, 156.317, 180.614
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 2種, 3分子 ACE

#1: タンパク質	Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain 分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 組織: Brain / 参照: UniProt: P81947
#3: タンパク質	Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3 分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043

-
Tubulin beta-2B ... , 2種, 3分子 BDF

#2: タンパク質	Tubulin beta-2B chain 分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 組織: Brain / 参照: UniProt: Q6B856
#4: タンパク質	Tubulin beta-2B chain 分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43

-
非ポリマー , 9種, 237分子

#5: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#9: 化合物	ChemComp-6NL / (2E)-3-(3-hydroxy-4-methoxyphenyl)-1-(7-methoxy-2H-1,3-benzodioxol-5-yl)-2-methylprop-2-en-1-one 分子量: 342.343 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₁₈O₆
#10: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#11: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#12: 化合物	ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP 分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#13: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.27 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.7 詳細: 6% PEG 4K, 4% glycerol, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 100 mM MES/Imidazole

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.39→49.5 Å / Num. obs: 116285 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7 % / Net I/σ(I): 11.6
反射シェル	解像度: 2.39→2.54 Å / 冗長度: 6.97 % / R_merge(I) obs: 2.064 / Mean I/σ(I) obs: 0.95 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

解像度: 2.393→49.457 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.78

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2084	5815	5 %
R_work	0.1687	-	-
obs	0.1707	116285	99.66 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.393→49.457 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17357	0	240	217	17814

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	17979
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.873	24373
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.317	6645
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.034	2641
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	3158

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3935-2.4207	0.3722	175	0.3498	3323	X-RAY DIFFRACTION	90
2.4207-2.4492	0.3709	189	0.302	3608	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4492-2.479	0.3285	194	0.2877	3691	X-RAY DIFFRACTION	100
2.479-2.5104	0.3247	192	0.2794	3637	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5104-2.5434	0.339	195	0.2644	3699	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5434-2.5783	0.2902	190	0.2442	3608	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5783-2.6151	0.2861	193	0.2275	3664	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6151-2.6541	0.2584	192	0.2256	3663	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6541-2.6956	0.2758	192	0.2227	3644	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6956-2.7398	0.2565	192	0.2152	3651	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7398-2.787	0.2561	193	0.2081	3658	X-RAY DIFFRACTION	100
2.787-2.8377	0.2304	194	0.2002	3686	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8377-2.8923	0.2334	195	0.2027	3709	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8923-2.9513	0.2532	191	0.2053	3633	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9513-3.0155	0.2487	193	0.1818	3657	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0155-3.0856	0.2326	194	0.1808	3678	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0856-3.1628	0.2192	193	0.1736	3677	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1628-3.2483	0.2018	195	0.1759	3696	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2483-3.3438	0.2314	193	0.1777	3677	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3438-3.4517	0.2236	194	0.172	3687	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4517-3.5751	0.2257	193	0.1712	3672	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5751-3.7182	0.2157	196	0.1612	3711	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7182-3.8873	0.1702	195	0.1469	3712	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8873-4.0922	0.1861	195	0.1438	3708	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0922-4.3484	0.1811	197	0.1391	3742	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3484-4.6839	0.1648	195	0.1268	3708	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6839-5.1549	0.17	197	0.1381	3734	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1549-5.8997	0.2136	199	0.1644	3773	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8997-7.429	0.211	200	0.171	3814	X-RAY DIFFRACTION	100
7.429-49.4677	0.1577	209	0.1449	3950	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5413	-0.0277	-0.0082	6.2796	0.5913	3.0204	0.1849	0.1696	0.6613	-0.5965	0.161	-0.2794	-1.0917	0.2461	-0.311	0.8674	-0.1401	0.1892	0.5435	-0.1533	0.6218	28.3631	98.3966	54.5328
2	4.0907	-0.9286	0.7784	2.0513	1.2629	5.301	-0.3526	0.2096	0.0638	-1.2089	0.7849	0.0428	-1.1764	0.101	-0.4739	0.8278	-0.164	0.1537	0.5998	-0.1179	0.5548	28.4572	87.2997	42.7377
3	2.154	0.7885	-0.1937	5.9313	1.8853	3.6389	-0.0423	0.2248	0.0952	-0.4909	0.4686	-0.8412	-0.481	0.7807	-0.4515	0.5257	-0.1254	0.1222	0.7656	-0.2848	0.7139	37.9543	79.9401	51.9517
4	0.9754	0.566	-0.4098	5.3592	1.1037	2.8259	0.0151	-0.0515	-0.0512	0.4036	0.2061	-0.2073	0.0883	0.5536	-0.2083	0.467	0.0444	-0.0187	0.5556	-0.1675	0.4984	29.3413	74.1194	59.8435
5	2.7767	-2.5423	1.805	2.6712	-1.6331	6.4492	0.6458	0.0818	-0.3829	0.1823	-0.1482	0.825	0.2777	-0.8399	-0.3429	0.513	0.0365	0.091	0.5758	-0.0825	0.7136	7.5751	78.5312	58.4722
6	4.8317	2.0679	1.6846	6.4769	3.7641	7.2468	0.0999	0.1964	0.3939	0.1035	-0.1459	0.4849	-0.5369	0.1671	0.0367	0.5587	0.0342	0.067	0.4864	-0.0846	0.5403	19.8361	89.039	60.2499
7	3.6893	-0.1174	-0.1613	9.5061	2.465	5.2464	-0.1299	0.1163	0.4896	0.5801	0.6736	-0.6434	-0.5793	1.0426	-0.5353	0.5844	-0.0454	-0.0407	0.7763	-0.2017	0.6056	32.5427	84.4965	72.6417
8	2.8183	-0.5477	1.0061	5.1398	0.5994	3.5563	0.0657	-0.2683	0.1158	0.6385	-0.06	0.4638	-0.107	-0.0649	0.0008	0.6592	0.007	0.193	0.4904	-0.1593	0.5666	14.748	86.8112	74.6107
9	1.3416	0.014	-0.0309	4.1976	3.2229	5.497	0.1462	0.0403	-0.243	0.5588	0.284	-0.2222	0.5587	0.672	-0.3964	0.5139	0.1296	-0.0875	0.4967	-0.1252	0.5773	29.3327	61.5746	62.3881
10	5.8928	-2.0589	-0.3117	2.3542	1.7952	4.9992	0.0288	0.1785	0.8695	-0.1603	-0.0012	-0.1215	-1.0051	-0.2451	-0.0077	0.5658	0.0661	0.0248	0.4343	0.0029	0.5112	15.5161	72.2341	21.9928
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精密化 TLSグループ

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23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 206 through 223 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resid 224 through 244 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'C' and (resid 245 through 268 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'C' and (resid 269 through 381 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'C' and (resid 382 through 440 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 2 through 64 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 65 through 99 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 100 through 160 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resid 161 through 205 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'D' and (resid 206 through 223 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'D' and (resid 224 through 244 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'D' and (resid 245 through 266 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'D' and (resid 267 through 381 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'D' and (resid 382 through 441 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'E' and (resid 6 through 27 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'E' and (resid 44 through 90 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'E' and (resid 91 through 139 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'F' and (resid 1 through 66 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'F' and (resid 67 through 96 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'F' and (resid 97 through 139 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'F' and (resid 140 through 184 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'F' and (resid 185 through 198 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'F' and (resid 199 through 278 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'F' and (resid 279 through 312 )
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'F' and (resid 313 through 339 )
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'F' and (resid 340 through 362 )
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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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