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万見
- PDB-5kx5: Crystal structure of tubulin-stathmin-TTL-Compound 11 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kx5
タイトルCrystal structure of tubulin-stathmin-TTL-Compound 11 complex
要素
  • Stathmin-4
  • TTL protein
  • Tubulin alpha chain
  • Tubulin beta chain
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN/INHIBITOR / Tubulin Tubulysin / STRUCTURAL PROTEIN-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


organelle transport along microtubule / axonemal microtubule / forebrain morphogenesis / glial cell differentiation / neuron projection arborization / cerebellar cortex morphogenesis / flagellated sperm motility / dentate gyrus development / tubulin-tyrosine ligase activity / centrosome cycle ...organelle transport along microtubule / axonemal microtubule / forebrain morphogenesis / glial cell differentiation / neuron projection arborization / cerebellar cortex morphogenesis / flagellated sperm motility / dentate gyrus development / tubulin-tyrosine ligase activity / centrosome cycle / microtubule depolymerization / pyramidal neuron differentiation / motor behavior / smoothened signaling pathway / response to L-glutamate / regulation of synapse organization / startle response / locomotory exploration behavior / microtubule polymerization / sperm flagellum / response to tumor necrosis factor / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / microtubule-based process / response to mechanical stimulus / condensed chromosome / homeostasis of number of cells within a tissue / tubulin binding / cellular response to calcium ion / adult locomotory behavior / spindle microtubule / intracellular protein transport / synapse organization / neuromuscular junction / visual learning / protein modification process / recycling endosome / cerebral cortex development / structural constituent of cytoskeleton / memory / microtubule cytoskeleton organization / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / neuron migration / neuron projection development / growth cone / neuron apoptotic process / gene expression / microtubule / hydrolase activity / neuron projection / protein heterodimerization activity / nucleotide binding / GTPase activity / protein-containing complex binding / GTP binding / Golgi apparatus / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #30 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Rossmann fold - #11480 / Tubulin-tyrosine ligase/Tubulin polyglutamylase / Tubulin-tyrosine ligase family / TTL domain profile. / Helix hairpin bin / Stathmin family / Stathmin, conserved site / Stathmin superfamily ...Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #30 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Rossmann fold - #11480 / Tubulin-tyrosine ligase/Tubulin polyglutamylase / Tubulin-tyrosine ligase family / TTL domain profile. / Helix hairpin bin / Stathmin family / Stathmin, conserved site / Stathmin superfamily / Stathmin family / Stathmin family signature 1. / Stathmin family signature 2. / Stathmin-like (SLD) domain profile. / ATP-grasp fold, A domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / ATP-grasp fold, B domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Dna Ligase; domain 1 / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / Helix non-globular / Special / Helix Hairpins / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6YK / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Tubulin beta chain / Tubulin alpha chain / Tubulin tyrosine ligase / Stathmin-4
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Gallus gallus (ニワトリ)
Ovis aries (ヒツジ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Parris, K.
引用ジャーナル: ACS Med Chem Lett / 年: 2016
タイトル: Design, Synthesis, and Cytotoxic Evaluation of Novel Tubulysin Analogues as ADC Payloads.
著者: Leverett, C.A. / Sukuru, S.C. / Vetelino, B.C. / Musto, S. / Parris, K. / Pandit, J. / Loganzo, F. / Varghese, A.H. / Bai, G. / Liu, B. / Liu, D. / Hudson, S. / Doppalapudi, V.R. / Stock, J. ...著者: Leverett, C.A. / Sukuru, S.C. / Vetelino, B.C. / Musto, S. / Parris, K. / Pandit, J. / Loganzo, F. / Varghese, A.H. / Bai, G. / Liu, B. / Liu, D. / Hudson, S. / Doppalapudi, V.R. / Stock, J. / O'Donnell, C.J. / Subramanyam, C.
履歴
登録2016年7月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tubulin alpha chain
B: Tubulin beta chain
C: Tubulin alpha chain
D: Tubulin beta chain
E: Stathmin-4
F: TTL protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)265,69823
ポリマ－261,5466
非ポリマー4,15217
水2,180121
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23640 Å2
ΔGint-163 kcal/mol
Surface area78240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.790, 153.900, 185.200
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質 Tubulin alpha chain


分子量: 50188.441 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: D0VWZ0
#2: タンパク質 Tubulin beta chain


分子量: 49969.797 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: D0VWY9
#3: タンパク質 Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3


分子量: 16851.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043
#4: タンパク質 TTL protein


分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43

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非ポリマー , 7種, 138分子

#5: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#9: 化合物 ChemComp-6YK / (2~{S},4~{R})-4-[[2-[(1~{R},3~{R})-1-acetyloxy-3-[[(2~{S},3~{S})-2-[[(2~{R})-1,2-dimethylpyrrolidin-2-yl]carbonylamino]-3-methyl-pentanoyl]-methyl-amino]-4-methyl-pentyl]-1,3-thiazol-4-yl]carbonylamino]-5-(4-aminophenyl)-2-methyl-pentanoic acid


タイプ: peptide-like / 分子量: 742.968 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H58N6O7S
#10: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.96 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: precipitant solution: 3% PEG 4K, 4-6% glycerol, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 100 mM MES/Imidazole pH 6.7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→38.47 Å / Num. obs: 101681 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 67.62 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.152 / Net I/av σ(I): 8.8 / Net I/σ(I): 3.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Diffraction-ID% possible allRmerge(I) obs
2.5-2.542.6178.4
2.54-2.593.2186.9
2.59-2.643.8193.6
2.64-2.694.3198
2.69-2.754.8199.8
2.75-2.825.21100
2.82-2.896.11100
2.89-2.966.21100
2.96-3.056.811000.864
3.05-3.156.911000.707
3.15-3.266.911000.553
3.26-3.396.811000.424
3.39-3.556.611000.312
3.55-3.736.411000.223
3.73-3.976.511000.159
3.97-4.27711000.123
4.27-4.716.911000.086
4.71-5.396.411000.086
5.39-6.796.611000.095
6.79-1006.3199.60.045

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
BUSTER-TNT2.11.6精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4I55

4i55


解像度: 2.5→38.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9423 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9093 / SU R Cruickshank DPI: 0.382 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.364 / SU Rfree Blow DPI: 0.258 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.265
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2514 5070 5.02 %RANDOM
Rwork0.1969 ---
obs0.1996 101079 97.19 %-
原子変位パラメータBiso max: 186.62 Å2 / Biso mean: 67.57 Å2 / Biso min: 18.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.8247 Å20 Å20 Å2
2---9.072 Å20 Å2
3---8.2473 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.372 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→38.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17363 0 261 121 17745
Biso mean--66.59 52.97 -
残基数----2193
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d6338SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes485HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2707HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it18070HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2332SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact20359SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d18070HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg24515HARMONIC21.16
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.92
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.56
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.56 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 279 4.95 %
Rwork0.2419 5352 -
all0.2439 5631 -
obs--74.25 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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