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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5kx5 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of tubulin-stathmin-TTL-Compound 11 complex | ||||||
要素 |
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キーワード | STRUCTURAL PROTEIN/INHIBITOR (構造) / Tubulin Tubulysin / STRUCTURAL PROTEIN-INHIBITOR complex (構造) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 axonemal microtubule / organelle transport along microtubule / glial cell differentiation / forebrain morphogenesis / neuron projection arborization / cerebellar cortex morphogenesis / dentate gyrus development / pyramidal neuron differentiation / tubulin-tyrosine ligase activity / centrosome cycle ...axonemal microtubule / organelle transport along microtubule / glial cell differentiation / forebrain morphogenesis / neuron projection arborization / cerebellar cortex morphogenesis / dentate gyrus development / pyramidal neuron differentiation / tubulin-tyrosine ligase activity / centrosome cycle / motor behavior / microtubule depolymerization / response to L-glutamate / smoothened signaling pathway / regulation of synapse organization / startle response / 微小管 / locomotory exploration behavior / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / response to tumor necrosis factor / microtubule-based process / response to mechanical stimulus / homeostasis of number of cells within a tissue / condensed chromosome / cellular response to calcium ion / adult locomotory behavior / tubulin binding / spindle microtubule / synapse organization / intracellular protein transport / neuron migration / protein modification process / visual learning / neuromuscular junction / structural constituent of cytoskeleton / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / 記憶 / microtubule cytoskeleton organization / recycling endosome / cerebral cortex development / neuron projection development / 遺伝子発現 / 成長円錐 / neuron apoptotic process / 微小管 / hydrolase activity / neuron projection / protein heterodimerization activity / nucleotide binding / GTPase activity / protein-containing complex binding / GTP binding / ゴルジ体 / identical protein binding / metal ion binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) Gallus gallus (ニワトリ) Ovis aries (ヒツジ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Parris, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: ACS Med Chem Lett / 年: 2016 タイトル: Design, Synthesis, and Cytotoxic Evaluation of Novel Tubulysin Analogues as ADC Payloads. 著者: Leverett, C.A. / Sukuru, S.C. / Vetelino, B.C. / Musto, S. / Parris, K. / Pandit, J. / Loganzo, F. / Varghese, A.H. / Bai, G. / Liu, B. / Liu, D. / Hudson, S. / Doppalapudi, V.R. / Stock, J. ...著者: Leverett, C.A. / Sukuru, S.C. / Vetelino, B.C. / Musto, S. / Parris, K. / Pandit, J. / Loganzo, F. / Varghese, A.H. / Bai, G. / Liu, B. / Liu, D. / Hudson, S. / Doppalapudi, V.R. / Stock, J. / O'Donnell, C.J. / Subramanyam, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5kx5.cif.gz | 458.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5kx5.ent.gz | 364.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5kx5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kx/5kx5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kx/5kx5 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4i55S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF
#1: タンパク質 | 分子量: 50188.441 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: D0VWZ0 #2: タンパク質 | 分子量: 49969.797 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: D0VWY9 #3: タンパク質 | | 分子量: 16851.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043 #4: タンパク質 | | 分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43 |
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-非ポリマー , 7種, 138分子
#5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-MG / #7: 化合物 | ChemComp-CA / #8: 化合物 | #9: 化合物 | #10: 化合物 | ChemComp-ADP / | #11: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.96 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7 詳細: precipitant solution: 3% PEG 4K, 4-6% glycerol, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 100 mM MES/Imidazole pH 6.7 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月30日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.5→38.47 Å / Num. obs: 101681 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 67.62 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.152 / Net I/av σ(I): 8.8 / Net I/σ(I): 3.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4I55 解像度: 2.5→38.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9423 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9093 / SU R Cruickshank DPI: 0.382 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.364 / SU Rfree Blow DPI: 0.258 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.265
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原子変位パラメータ | Biso max: 186.62 Å2 / Biso mean: 67.57 Å2 / Biso min: 18.98 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.372 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.5→38.47 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.56 Å / Total num. of bins used: 20
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