[日本語] English
万見
- PDB-5jh7: Tubulin-Eribulin complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jh7
タイトルTubulin-Eribulin complex
要素
  • Stathmin-4
  • Tubulin Tyrosine Ligase
  • Tubulin alpha-1B chain
  • Tubulin beta-2B chain
キーワードCELL CYCLE / CYTOSKELETON / TUBULIN FOLD / MICROTUBULE
機能・相同性
機能・相同性情報


tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / microtubule-based process / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / protein modification process / spindle microtubule / structural constituent of cytoskeleton ...tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / microtubule-based process / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / protein modification process / spindle microtubule / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / microtubule cytoskeleton / neuron projection development / nervous system development / mitotic cell cycle / growth cone / microtubule / neuron projection / protein heterodimerization activity / nucleotide binding / GTPase activity / GTP binding / Golgi apparatus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #11480 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #30 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Helix hairpin bin / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin-tyrosine ligase/Tubulin polyglutamylase / Tubulin-tyrosine ligase family / TTL domain profile. / Stathmin family ...Rossmann fold - #11480 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #30 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Helix hairpin bin / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin-tyrosine ligase/Tubulin polyglutamylase / Tubulin-tyrosine ligase family / TTL domain profile. / Stathmin family / Stathmin, conserved site / Stathmin superfamily / Stathmin family / Stathmin family signature 1. / Stathmin family signature 2. / Stathmin-like (SLD) domain profile. / ATP-grasp fold, A domain / ATP-grasp fold, B domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / Dna Ligase; domain 1 / Helix non-globular / Special / Helix Hairpins / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
methanesulfonic acid / Chem-6K9 / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / IMIDAZOLE / Tubulin tyrosine ligase / Stathmin-4 / Tubulin alpha-1B chain / Tubulin beta-2B chain
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Gallus gallus (ニワトリ)
Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Doodhi, H. / Prota, A.E. / Rodriguez-Garcia, R. / Xiao, H. / Custar, D.W. / Bargsten, K. / Katrukha, E.A. / Hilbert, M. / Hua, S. / Jiang, K. ...Doodhi, H. / Prota, A.E. / Rodriguez-Garcia, R. / Xiao, H. / Custar, D.W. / Bargsten, K. / Katrukha, E.A. / Hilbert, M. / Hua, S. / Jiang, K. / Grigoriev, I. / Yang, C.-P.H. / Cox, D. / Band Horwitz, S. / Kapitein, L.C. / Akhmanova, A. / Steinmetz, M.O.
資金援助 スイス, 2件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation310030B_138659 スイス
Swiss National Science Foundation31003A_166608 スイス
引用ジャーナル: Curr.Biol. / 年: 2016
タイトル: Termination of Protofilament Elongation by Eribulin Induces Lattice Defects that Promote Microtubule Catastrophes.
著者: Doodhi, H. / Prota, A.E. / Rodriguez-Garcia, R. / Xiao, H. / Custar, D.W. / Bargsten, K. / Katrukha, E.A. / Hilbert, M. / Hua, S. / Jiang, K. / Grigoriev, I. / Yang, C.P. / Cox, D. / Horwitz, ...著者: Doodhi, H. / Prota, A.E. / Rodriguez-Garcia, R. / Xiao, H. / Custar, D.W. / Bargsten, K. / Katrukha, E.A. / Hilbert, M. / Hua, S. / Jiang, K. / Grigoriev, I. / Yang, C.P. / Cox, D. / Horwitz, S.B. / Kapitein, L.C. / Akhmanova, A. / Steinmetz, M.O.
履歴
登録2016年4月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Tubulin alpha-1B chain
B: Tubulin beta-2B chain
C: Tubulin alpha-1B chain
D: Tubulin beta-2B chain
E: Stathmin-4
F: Tubulin Tyrosine Ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)266,15928
ポリマ－261,3056
非ポリマー4,85422
水12,430690
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24020 Å2
ΔGint-141 kcal/mol
Surface area79980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.217, 157.134, 182.824
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質 Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain


分子量: 50041.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質 Tubulin beta-2B chain


分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質 Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3


分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043
#4: タンパク質 Tubulin Tyrosine Ligase


分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43

-
非ポリマー , 11種, 712分子

#5: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#9: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#10: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#11: 化合物 ChemComp-6K9 / (1S,3S,6S,9S,12S,14R,16R,18S,20R,21R,22S,26R,29S,31R,32S,33R,35R,36S)-20-[(2S)-3-amino-2-hydroxypropyl]-21-methoxy-14-methyl-8,15-dimethylidene-2,19,30,34,37,39,40,41-octaoxanonacyclo[24.9.2.1~3,32~.1~3,33~.1~6,9~.1~12,16~.0~18,22~.0~29,36~.0~31,35~]hentetracontan-24-one (non-preferred name)


分子量: 729.897 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H59NO11 / コメント: 薬剤, 抗がん剤*YM
#12: 化合物 ChemComp-03S / methanesulfonic acid / メタンスルホン酸


分子量: 96.106 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH4O3S
#13: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#14: 化合物 ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#15: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 690 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 3% PEG 4000, 4-6% GLYCEROL, 30 MM MAGNESIUM CHLORIDE, 30 MM CALCIUM CHLORIDE, 100 MM MES/IMIDAZOLE, PH 6.7

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.0001 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0001 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→72.184 Å / Num. obs: 143825 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.6 % / CC1/2: 0.999 / Rsym value: 0.091 / Net I/σ(I): 19.6
反射 シェル解像度: 2.25→2.31 Å / 冗長度: 13.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.15 / Rsym value: 2.505 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 4i4t

4i4t


解像度: 2.25→72.184 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.08
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2196 7166 4.98 %
Rwork0.1815 --
obs0.1834 143825 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→72.184 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17356 0 307 690 18353
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00218069
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.56424512
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0086676
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0232686
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0023155
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.25-2.27560.32532530.30514470X-RAY DIFFRACTION100
2.2756-2.30240.34552370.30894505X-RAY DIFFRACTION100
2.3024-2.33040.34942290.30024505X-RAY DIFFRACTION100
2.3304-2.35990.32642260.28234505X-RAY DIFFRACTION100
2.3599-2.3910.32382250.27944565X-RAY DIFFRACTION100
2.391-2.42380.33442280.26884499X-RAY DIFFRACTION100
2.4238-2.45840.30662380.26194523X-RAY DIFFRACTION100
2.4584-2.49510.28852370.24554494X-RAY DIFFRACTION100
2.4951-2.53410.29872370.2524511X-RAY DIFFRACTION100
2.5341-2.57560.29142400.23944548X-RAY DIFFRACTION100
2.5756-2.620.30442370.23244505X-RAY DIFFRACTION100
2.62-2.66770.29332370.22524518X-RAY DIFFRACTION100
2.6677-2.7190.26672370.22474512X-RAY DIFFRACTION100
2.719-2.77450.27832400.21974549X-RAY DIFFRACTION100
2.7745-2.83480.27652380.22054520X-RAY DIFFRACTION100
2.8348-2.90080.26082380.2134537X-RAY DIFFRACTION100
2.9008-2.97330.29482380.20844532X-RAY DIFFRACTION100
2.9733-3.05370.23012400.19744552X-RAY DIFFRACTION100
3.0537-3.14360.22722380.19544525X-RAY DIFFRACTION100
3.1436-3.2450.23832400.19544559X-RAY DIFFRACTION100
3.245-3.3610.24232390.18674549X-RAY DIFFRACTION100
3.361-3.49560.22722410.17984570X-RAY DIFFRACTION100
3.4956-3.65460.21122410.17164581X-RAY DIFFRACTION100
3.6546-3.84730.18132390.15824542X-RAY DIFFRACTION100
3.8473-4.08830.18772410.15064589X-RAY DIFFRACTION100
4.0883-4.4040.19732430.15244599X-RAY DIFFRACTION100
4.404-4.84710.1862420.1374615X-RAY DIFFRACTION100
4.8471-5.54820.17722450.15614641X-RAY DIFFRACTION100
5.5482-6.98930.21322460.1764681X-RAY DIFFRACTION100
6.9893-72.2210.17592560.16394858X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2171-0.410.44670.3265-0.61681.33180.07730.17260.5349-0.49520.1196-0.2422-1.3050.3449-0.20331.1042-0.18090.26880.5535-0.13330.665430.166598.75355.6868
24.2593-0.32171.27847.16530.37313.9951-0.24670.60710.1468-1.31990.5648-0.5162-1.58290.2255-0.32041.1442-0.14020.22170.609-0.10120.540529.918887.675343.6378
32.13430.89660.32372.28060.75381.12850.15620.18290.019-0.4160.401-0.8534-0.76120.8565-0.5710.5904-0.21570.23050.7576-0.30070.716938.774979.950552.7923
41.4945-0.7106-1.39893.38420.35012.98490.02740.02810.06270.1130.3127-0.509-0.16620.6467-0.35520.4229-0.00540.04020.4696-0.17490.486229.841374.33860.5759
56.7156-2.95571.79877.40820.37978.00520.26870.0052-0.4925-0.2718-0.21621.1128-0.3501-1.4751-0.04930.43910.0810.02960.5798-0.09110.63618.353279.610658.9527
64.09182.45722.38353.83662.90945.3516-0.1119-0.21180.3007-0.4695-0.11110.21-1.1719-0.21260.22280.61720.01670.12660.4274-0.06980.499220.945689.648260.9548
73.00620.38780.24535.55832.44743.30520.145-0.41380.26950.80440.459-1.1625-0.40030.7785-0.59860.5746-0.03690.01020.67-0.2220.603733.246884.583573.5793
81.99290.73970.3234.49181.05423.76160.0842-0.30440.23180.7008-0.00020.4725-0.5389-0.3693-0.07430.550.01690.15970.4531-0.11050.464215.550387.463275.2806
91.03470.52170.7364.51122.22172.28740.0882-0.0311-0.10760.65170.2653-0.480.67740.6276-0.36030.37930.1338-0.08880.4923-0.14280.512929.314361.791562.919
104.0117-1.40770.07565.36930.18192.30920.3650.28251.0134-0.4643-0.12850.1406-1.7502-0.8718-0.24071.20140.38970.17280.75010.0760.630816.807773.826523.0794
113.5405-0.22170.04456.16111.34884.16120.2430.93860.467-1.142-0.08760.4381-1.1297-0.875-0.15880.80440.2457-0.00350.80140.06530.497420.066963.069811.022
121.8124-0.751-1.17473.39660.72814.96030.16410.07750.1599-0.24110.1677-0.3676-0.71530.3227-0.33430.3886-0.03480.04820.5498-0.11620.461129.110557.189721.0554
132.21870.3056-0.55073.6680.98292.94130.07150.04040.04530.0131-0.03760.1007-0.0692-0.504-0.03950.31910.0162-0.00590.5646-0.09270.358820.644350.573128.3036
143.5981-1.80620.26451.6180.00850.0544-0.13260.08360.061-0.1721-0.09250.93670.4062-1.28180.22750.4557-0.0529-0.06861.281-0.15160.6915-1.022750.48326.1885
153.25910.8171-0.21812.80560.40844.01760.02180.40460.2342-0.4048-0.0790.6643-1.1466-1.29280.05950.53510.26540.02780.87640.00070.47259.579863.74328.2452
162.9092-0.7190.66736.0599-2.49163.48490.0414-0.09690.10350.18810.07760.6584-0.619-0.015-0.12380.40.04220.02270.4219-0.15110.425522.420362.504341.7539
173.1901-1.16391.23932.83520.40612.59470.0156-0.11110.1455-0.096-0.05820.6806-0.4882-1.53740.03890.45410.17130.00510.9459-0.08710.56285.02561.858142.3561
180.4302-0.21710.11554.03243.53836.1054-0.0581-0.05710.01270.8062-0.1106-0.03341.0268-0.19350.17520.4245-0.078-0.03960.4527-0.04790.403521.543438.172331.3798
193.4381-0.9246-0.06533.7917-1.4063.2857-0.01790.1480.50090.04450.00160.1151-0.6872-0.07340.00830.4721-0.0397-0.0180.39890.02570.416412.556644.1064-12.5359
204.1781-2.72780.46818.01850.45924.62530.16460.80870.1166-1.2921-0.07940.0079-0.4435-0.0902-0.08870.4842-0.08420.0020.48250.01340.318418.1432.0858-22.3543
211.0898-1.12210.1374.4071.46542.9773-0.07930.24490.0877-0.25680.2093-0.3001-0.2360.3624-0.11840.2931-0.10430.02490.402-0.01680.369726.821129.0309-10.5014
221.9704-1.5077-1.26893.265-0.14141.8327-0.104-0.00770.18430.111-0.11080.23780.16250.05920.20750.3264-0.0405-0.00930.2983-0.04860.312118.778121.8247-3.1409
239.0377-1.92540.22155.1642-0.13856.2318-0.2230.7216-0.7351-0.14350.00950.88980.1607-1.02910.21930.3035-0.0447-0.00940.5651-0.06710.5137-2.461919.4853-8.7431
242.7831.00140.62247.79082.30913.5329-0.2229-0.09620.2076-0.0238-0.00320.7616-0.4232-0.5070.2170.3380.05230.03960.39680.04740.41625.628933.396-6.9815
257.2626-4.43460.91173.881-0.05252.1894-0.0668-0.33451.06560.0389-0.0169-0.5651-0.5871-0.23940.08880.4519-0.02660.02390.3854-0.08050.457814.333835.11118.6726
262.8468-0.46961.13032.38090.09164.25820.0783-0.1481-0.01630.1039-0.08280.3957-0.0702-0.81640.00450.3333-0.0460.06880.4271-0.0810.4491-1.616631.70866.36
271.4268-0.6111-1.08922.32352.65323.9591-0.1467-0.0759-0.12580.44260.0316-0.03780.50280.09710.12280.44810.0024-0.00820.3059-0.04860.414821.581110.83312.3824
285.1729-0.96850.41654.53020.48363.4658-0.23260.83820.2381-0.74590.09420.2431-0.1373-0.64890.13640.5984-0.12630.0170.9802-0.04870.440214.945211.9185-41.5619
293.0579-1.766-0.41444.49810.05051.65730.11581.3287-0.4405-1.1845-0.22290.14640.7477-0.40280.10091.0376-0.27090.12241.1926-0.30140.600423.94561.2699-50.3922
302.6567-0.2832-0.3392.86420.26893.0569-0.32410.7627-0.4973-0.38590.0987-0.38670.51780.24290.2340.6125-0.10360.17750.7778-0.22590.552831.65020.2019-37.9036
312.9583-0.23440.36762.00660.35081.7169-0.3540.2739-0.3946-0.08280.1241-0.00580.84960.00190.24010.753-0.11290.17910.6201-0.22030.510223.9782-7.8542-31.1379
323.2417-0.05810.37282.47461.14523.2099-0.19020.2713-0.5129-0.5508-0.06460.47720.7528-1.12030.25861.0716-0.42710.1691.3318-0.50820.79244.1525-14.9688-36.7608
331.03770.1685-0.46458.66513.51852.8952-0.22350.4112-0.2829-0.7334-0.34760.97110.1435-0.92210.56570.6165-0.19370.03660.8173-0.2080.51669.94211.1875-35.4295
342.5096-0.46711.48474.1045-2.10935.8063-0.16950.325-0.1926-0.34370.10120.12990.3519-0.27390.07060.3753-0.09160.07540.4324-0.11450.348719.26885.7811-20.2064
352.741-0.2009-0.70192.48340.52582.4979-0.19290.7015-0.5273-0.2088-0.01560.51360.5667-0.79530.20020.5464-0.23770.06860.7135-0.19470.55573.6492-0.1327-21.0862
363.7379-1.1597-1.31692.89920.34941.8051-0.3220.4006-0.51430.03260.1587-0.24241.06230.12540.16770.9888-0.06590.23450.5866-0.26530.80227.1147-18.0558-24.3941
372.7969-0.3810.86142.0028-3.57064.0365-0.0202-0.40630.13190.89930.1359-0.3139-0.00620.6163-0.12731.2514-0.0569-0.00790.7764-0.17190.652926.138394.306385.6866
381.5413.03333.37526.92648.39762.04550.132-0.37990.34010.15780.4704-0.65770.18410.6299-0.62870.7043-0.10330.05661.0212-0.37960.953643.254454.774334.7192
390.8621-1.7666-1.89932.08269.04699.006-0.00330.0647-0.11450.1920.3696-0.97360.70410.5932-0.3391.06320.02780.23430.8037-0.23630.866141.57757.3603-18.2026
404.57192.5494-1.84444.1257-0.434.2059-0.56740.6378-0.868-0.20690.3729-0.08471.4062-0.44720.21380.8475-0.1070.09790.5539-0.09090.57236.172954.852170.1551
414.58570.94820.88154.8358-3.85053.6745-0.0478-0.60860.04561.09920.131-0.1924-0.02230.8604-0.0870.71340.08330.01680.71240.04240.572611.581365.271497.7792
424.055-0.4013-4.53997.1329-0.27795.15530.0977-0.49940.10990.92250.1135-0.54690.6371.2348-0.21271.10160.1567-0.29661.60920.30841.012922.364660.62110.2414
433.93752.67262.45264.1385-0.44523.44270.12510.1953-1.53010.5620.1832-1.05440.61431.4223-0.31481.15870.56720.03171.55410.31221.29520.612150.7309105.0178
449.1319-1.1823-0.41041.5527-0.07564.46810.0409-1.4076-1.80420.8218-0.4869-0.51241.22680.78390.44751.38870.29360.24010.9610.39160.8720.842646.7743110.9052
450.83310.6928-0.44290.8549-0.67021.8123-0.4862-0.2874-1.01150.03750.0726-0.44141.35020.21810.39061.27730.1490.3120.62270.2071.1159-1.275346.416299.6347
461.69090.0281-2.10460.68430.81074.67340.1196-0.04540.08050.46220.44170.5644-0.1687-0.1261-0.55840.61610.1380.14690.43460.12010.54750.866165.950289.1275
473.93620.1485-1.34673.28580.53470.6732-0.7049-0.6821-0.60950.52850.4697-0.12391.42650.49290.2350.99670.1850.18650.52760.14140.64812.686455.361197.8901
484.54460.1148-0.57594.1659-0.71984.04980.02680.428-0.53220.1339-0.18560.87471.1079-0.51460.15690.7661-0.26860.01860.7246-0.06130.7475-6.253453.653877.3288
497.52810.4673-1.64549.57670.23598.9973-0.34970.12931.0805-0.15180.1061.48280.0456-0.44440.24140.63920.06340.03140.66850.12150.9326-9.612462.879286.9355
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 64 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 65 through 99 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 100 through 160 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 161 through 205 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 206 through 223 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 224 through 244 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 245 through 268 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 269 through 381 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 382 through 438 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 1 through 64 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 65 through 99 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 100 through 160 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 161 through 205 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 206 through 223 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 224 through 244 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 245 through 266 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 267 through 381 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 382 through 438 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 1 through 64 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 65 through 99 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 100 through 160 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 161 through 205 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 206 through 223 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 224 through 244 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 245 through 268 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 269 through 381 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'C' and (resid 382 through 440 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 1 through 64 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 65 through 99 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 100 through 160 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 161 through 205 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'D' and (resid 206 through 223 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'D' and (resid 224 through 244 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'D' and (resid 245 through 266 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'D' and (resid 267 through 381 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'D' and (resid 382 through 441 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'E' and (resid 6 through 28 )
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'E' and (resid 44 through 90 )
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'E' and (resid 91 through 139 )
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'F' and (resid 1 through 66 )
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'F' and (resid 67 through 96 )
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'F' and (resid 97 through 140 )
43X-RAY DIFFRACTION43chain 'F' and (resid 144 through 184 )
44X-RAY DIFFRACTION44chain 'F' and (resid 185 through 198 )
45X-RAY DIFFRACTION45chain 'F' and (resid 199 through 278 )
46X-RAY DIFFRACTION46chain 'F' and (resid 279 through 312 )
47X-RAY DIFFRACTION47chain 'F' and (resid 313 through 339 )
48X-RAY DIFFRACTION48chain 'F' and (resid 340 through 362 )
49X-RAY DIFFRACTION49chain 'F' and (resid 372 through 380 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る