PDB-4o4i: Tubulin-Laulimalide-Epothilone A complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4o4i

タイトル

Tubulin-Laulimalide-Epothilone A complex

要素

Stathmin-4
Tubulin alpha-1B chain
Tubulin beta-2B chain
Tubulin-tyrosine ligase

キーワード

CELL CYCLE/INHIBITOR / ALPHA-TUBULIN / BETA-TUBULIN / LIGASE / GTPASE / MICROTUBULE / STATHMIN / LAULIMALIDE / EPOTHILONE A / CELL CYCLE / TUBULIN FOLD / CYTOSKELETON / CELL CYCLE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / microtubule-based process / cytoplasmic microtubule / tubulin binding / cellular response to interleukin-4 / spindle microtubule / protein modification process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

Gallus gallus (ニワトリ)

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / DIFFERENCE FOURIER / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Prota, A.E. / Bargsten, K. / Northcote, P.T. / Marsh, M. / Altmann, K.H. / Miller, J.H. / Diaz, J.F. / Steinmetz, M.O.

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2014
タイトル: Structural basis of microtubule stabilization by laulimalide and peloruside a.
著者: Prota, A.E. / Bargsten, K. / Northcote, P.T. / Marsh, M. / Altmann, K.H. / Miller, J.H. / Diaz, J.F. / Steinmetz, M.O.

履歴

登録	2013年12月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年3月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4o4i.cif.gz	911.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4o4i.ent.gz	751.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4o4i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o4/4o4i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o4/4o4i	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4o4hSC 4o4jC 4o4lC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7dad-d 6bry-d 6knz-d 5ng1-d 5jh7-d 5cb4-d 5nfz-d 6eg5-d 4tv9-d 5lxt-d 5ezy-d 5h7o-d 5jvd-d 5xke-d 4zhq-d 6o5m-d 5ca0-d 5iyz-d 5bmv-d 6qqn-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (28) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (19) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (19) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#175 - 2014年7月
微小管 (Microtubules)
類似性 (28)
#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
類似性 (19)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (19)
#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Tubulin alpha-1B chain

B: Tubulin beta-2B chain

C: Tubulin alpha-1B chain

D: Tubulin beta-2B chain

E: Stathmin-4

F: Tubulin-tyrosine ligase

ヘテロ分子

266 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.200, 158.030, 180.400
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質	Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain 分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: BRAIN / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質	Tubulin beta-2B chain 分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: BRAIN / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質	Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3 分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 49-189 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043
#4: タンパク質	Tubulin-tyrosine ligase 分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43

-
非ポリマー , 9種, 525分子

#5: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#9: 化合物	ChemComp-EP / EPOTHILONE A / エポチロンA 分子量: 493.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₆H₃₉NO₆S
#10: 化合物	ChemComp-LLM / Laulimalide / (1R,3S,7S,8S,10S,12S,15Z,18R)-7-hydroxy-12-{(1S,2E)-1-hydroxy-3-[(2S)-4-methyl-3,6-dihydro-2H-pyran-2-yl]prop-2-en-1-yl }-3-methyl-5-methylidene-9,13,22-trioxatricyclo[16.3.1.0~8,10~]docosa-15,19-dien-14-one / ラウリマリド分子量: 514.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₀H₄₂O₇
#11: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#12: 化合物	ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP 分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#13: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 507 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.08 %
結晶化	温度: 293 K / pH: 6.7 詳細: 6% PEG, 16% glycerol, 30 mM magnesium chloride, 30 mM calcium chloride, 0.1M MES/0.1M imidazole, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1
検出器	タイプ: PSI PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月10日
放射	モノクロメーター: VERTICALLY COLLIMATING MIRROR (M1, FOCUS AT INFINITY), FOLLOWED BY A BARTELS MONOCHROMATOR WITH DUAL CHANNEL CUT CRYSTALS (DCCM) IN (+--+) GEOMETRY, AND A TOROIDAL MIRROR ...モノクロメーター: VERTICALLY COLLIMATING MIRROR (M1, FOCUS AT INFINITY), FOLLOWED BY A BARTELS MONOCHROMATOR WITH DUAL CHANNEL CUT CRYSTALS (DCCM) IN (+--+) GEOMETRY, AND A TOROIDAL MIRROR (M2) TO VERTICALLY AND HORIZONTALLY FOCUS THE BEAM AT THE SAMPLE POSITION (WITH 2:1 HORIZONTAL DEMAGNIFICATION) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→52.2 Å / Num. obs: 117491 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.4 % / R_merge(I) obs: 0.136 / Net I/σ(I): 18.5
反射シェル	解像度: 2.4→2.46 Å / 冗長度: 12.7 % / R_merge(I) obs: 2.253 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DA+		データ収集
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER
開始モデル: 4O4H

4o4h

解像度: 2.4→52.206 Å / SU ML: 0.3 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 23.61 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2144	5885	5.01 %
R_work	0.1882	-	-
obs	0.1896	117475	99.67 %
all	-	117880	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→52.206 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17460	0	277	507	18244

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	18202
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.267	24704
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.95	6798
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.082	2703
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	3197

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4001-2.4273	0.3305	221	0.3331	3575	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4273-2.4559	0.3393	185	0.3066	3654	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4559-2.4858	0.2864	194	0.2863	3685	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4858-2.5173	0.3656	160	0.2933	3703	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5173-2.5504	0.3055	205	0.2857	3681	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5504-2.5854	0.2924	188	0.2677	3632	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5854-2.6223	0.2869	195	0.2633	3669	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6223-2.6614	0.327	199	0.2646	3693	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6614-2.703	0.3119	224	0.2543	3659	X-RAY DIFFRACTION	99
2.703-2.7473	0.2904	184	0.2468	3696	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7473-2.7947	0.2719	197	0.2462	3684	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7947-2.8455	0.2893	198	0.2401	3701	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8455-2.9002	0.2749	177	0.2388	3709	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9002-2.9594	0.2748	168	0.2317	3732	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9594-3.0238	0.238	189	0.2135	3697	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0238-3.0941	0.2685	192	0.2172	3704	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0941-3.1715	0.2724	198	0.2144	3714	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1715-3.2572	0.2552	204	0.2147	3700	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2572-3.3531	0.2677	196	0.2034	3709	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3531-3.4613	0.2304	180	0.1895	3748	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4613-3.5849	0.2038	207	0.1792	3719	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5849-3.7284	0.1992	198	0.1717	3714	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7284-3.8981	0.1956	196	0.1586	3757	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8981-4.1035	0.1822	200	0.1507	3728	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1035-4.3605	0.1575	186	0.1442	3783	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3605-4.697	0.1509	199	0.1305	3754	X-RAY DIFFRACTION	100
4.697-5.1693	0.1708	196	0.1409	3784	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1693-5.9164	0.2027	196	0.1694	3818	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9164-7.4506	0.2103	211	0.1819	3838	X-RAY DIFFRACTION	100
7.4506-52.2186	0.1476	242	0.1635	3950	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6006	-0.4238	-0.8566	2.5037	-0.5122	1.7432	0.2122	0.1561	0.3517	-0.2005	-0.0238	-0.0929	-0.5895	0.0627	-0.1991	0.5079	-0.0109	0.0597	0.3171	-0.0919	0.3494	28.8638	99.285	54.6882
2	1.1561	0.4145	0.2573	2.5599	0.135	1.8848	-0.0195	0.1681	0.0393	-0.4016	0.0924	-0.202	-0.3788	0.088	-0.0843	0.2799	-0.0268	0.0441	0.3139	-0.1192	0.2754	34.8181	83.5321	48.6169
3	1.2688	-0.5002	-0.4293	2.9314	0.5526	2.5088	0.0642	-0.0224	0.0825	0.1241	-0.0175	0.0103	-0.0758	0.0625	-0.0466	0.2264	0.0094	0.006	0.2094	-0.0676	0.2374	24.1998	81.1359	62.7731
4	0.836	0.596	-0.2915	1.3056	0.3699	4.1505	0.1454	-0.1521	0.1362	0.1762	-0.0844	0.7288	-0.1814	-0.7502	-0.0449	0.3828	0.0152	0.1261	0.4139	-0.1288	0.4656	9.1852	84.7839	71.5505
5	2.2212	-0.9109	0.1362	0.9787	0.2214	0.8636	-0.244	-0.1675	0.0332	0.8675	-0.0163	0.6692	-0.0768	-0.5602	0.1873	0.603	0.0061	0.1595	0.3708	-0.1311	0.3339	16.3395	90.6938	80.551
6	2.1192	-0.0073	0.929	2.3351	-0.1004	2.8853	0.0384	-0.109	-0.0589	0.3054	-0.0105	0.3777	0.0012	-0.1046	-0.0023	0.4529	-0.0251	0.082	0.3396	-0.1439	0.3953	18.0128	89.8268	73.5757
7	0.8308	-0.3136	-0.2493	2.543	1.4729	1.6408	0.0745	-0.0432	-0.0496	0.5622	-0.0301	0.0587	0.3918	-0.1182	-0.0921	0.3585	0.0183	0.0463	0.2874	-0.0861	0.2822	22.4248	69.8482	66.584
8	1.3703	0.1255	-0.1213	2.122	1.4095	3.4133	-0.0223	-0.1402	-0.115	0.4902	0.1698	-0.1586	0.6696	0.6604	-0.1102	0.3459	0.0704	-0.019	0.2591	-0.0812	0.3521	32.7731	62.2067	61.1011
9	1.7293	-0.235	-0.1702	1.3873	0.7716	2.3391	0.0054	0.0981	0.2069	-0.1344	-0.1291	0.1967	-0.4208	-0.3141	0.032	0.2605	0.0423	-0.0226	0.3135	-0.1191	0.3122	16.7367	60.0227	25.8266
10	0.7105	-0.1603	0.3133	1.631	0.8093	3.0026	-0.078	-0.1852	0.0857	0.4166	-0.0686	0.1707	0.1143	-0.3469	0.1088	0.2246	-0.0644	0.0238	0.3131	-0.0769	0.3045	15.1859	50.8095	38.2385
11	2.2973	-0.8566	-0.5208	3.5017	-0.6874	1.9205	0.0118	0.1423	0.347	-0.0011	0.0367	0.2279	-0.3779	0.0973	-0.0474	0.2579	-0.0488	-0.0039	0.2612	-0.0355	0.2543	14.7038	42.6043	-13.0134
12	1.379	-0.4969	0.1733	2.1019	0.4888	1.6541	-0.0205	0.1394	0.1164	-0.4096	0.122	-0.2196	-0.1547	0.1736	-0.0763	0.1949	-0.0763	0.0635	0.2575	-0.0537	0.249	24.9901	30.6505	-14.4431
13	1.8247	-1.2267	-0.6839	2.2825	-0.9883	1.7614	-0.0326	-0.03	-0.1065	0.1982	0.0146	0.0068	0.207	0.1396	0.0498	0.179	-0.0006	0.0103	0.1874	-0.0649	0.1951	20.4112	20.7629	-3.7113
14	1.5973	-1.0822	0.4903	1.2462	0.6206	1.8752	0.0898	-0.038	0.0321	0.0398	-0.1585	0.1581	0.0854	-0.4113	0.0492	0.1816	-0.0467	0.0535	0.2918	-0.0284	0.2355	3.8531	28.9132	0.419
15	2.5228	-0.7435	1.1009	2.1156	-0.7869	1.9897	-0.0838	-0.199	0.0482	0.0477	0.1144	0.2575	0.0915	-0.3766	-0.0289	0.2616	-0.0512	0.0474	0.3047	-0.0702	0.3045	1.2069	35.0523	8.8938
16	0.7474	-0.7061	-0.1166	1.742	0.6886	1.4242	-0.047	-0.0084	-0.023	0.2417	0.0563	-0.0791	0.3331	0.1762	-0.0192	0.1773	0.0034	-0.0153	0.199	-0.0565	0.2246	20.3388	13.4748	2.694
17	3.1913	-0.6118	0.3316	3.1539	0.2336	2.4838	-0.2803	0.3443	0.324	-0.2851	0.2953	0.1801	-0.2718	-0.0163	0.008	0.3428	-0.0664	0.0176	0.4369	-0.0214	0.2417	15.0594	11.5299	-40.9165
18	1.6203	-0.8637	-0.3141	2.9378	-0.133	1.7044	-0.1077	0.5412	-0.021	-0.5084	0.1564	-0.1498	0.047	0.2281	-0.0342	0.4196	-0.0406	0.1061	0.6821	-0.191	0.3957	28.5314	2.4438	-43.1007
19	1.9641	-0.4777	-0.3458	0.3794	-0.1509	1.032	-0.0925	0.1333	-0.3039	-0.0655	0.0887	-0.1498	0.3593	0.0582	-0.0079	0.475	-0.017	0.0528	0.4866	-0.1719	0.4158	21.7517	-8.6509	-32.0646
20	3.9071	0.8027	-0.0043	2.6628	0.5678	2.1389	-0.0952	0.4818	-0.1875	-0.384	-0.24	0.489	0.344	-0.9056	0.2918	0.499	-0.0764	0.0504	0.4669	-0.1114	0.2977	6.6775	-7.6929	-38.2189
21	0.4872	0.3098	0.386	0.5713	-0.1824	2.4155	0.0019	0.0755	-0.118	-0.049	0.0973	0.173	-0.1927	-0.0975	-0.0526	0.2303	0.019	0.0314	0.3382	-0.088	0.296	18.3337	6.3951	-23.0083
22	0.3386	0.329	-0.81	2.3874	0.5634	2.8238	-0.3349	0.0569	-0.2269	-0.1109	0.0446	0.5799	0.1986	-0.8013	0.2616	0.4193	-0.1228	0.0258	0.5733	-0.1406	0.4339	1.3018	-5.9147	-25.8615
23	4.4844	-1.3582	-0.9728	3.8203	-0.2648	3.2691	-0.1405	0.1237	0.1363	0.3388	0.1716	0.5935	-0.2069	-0.768	0.0035	0.3	-0.0211	-0.0057	0.3061	-0.059	0.2492	1.8433	5.3379	-18.4939
24	1.3485	-0.1348	-0.2468	0.9026	0.389	2.1008	-0.1216	0.2152	-0.3407	0.0422	0.1066	-0.1083	0.3925	0.0198	0.0485	0.3704	-0.0662	0.0497	0.3083	-0.1447	0.3549	17.9425	-9.5966	-25.463
25	5.949	-1.2495	-4.9545	2.5719	1.202	7.1161	-0.5217	-0.4863	-0.1175	0.5351	0.4549	0.0961	0.8293	0.6536	-0.0844	0.452	0.0432	-0.0232	0.4235	-0.1203	0.4094	26.8692	-13.4649	-16.9105
26	1.9995	-0.9849	0.8216	1.4477	-0.2123	0.3966	-0.1305	0.0035	0.3195	0.7912	0.0621	-0.706	-0.0756	0.0411	0.0309	0.7567	-0.0884	-0.033	0.4595	-0.1491	0.4613	27.5096	93.7594	81.3203
27	0.1236	-0.2677	-0.4083	1.6642	1.4853	1.619	-0.046	0.051	-0.085	0.2324	0.5292	-0.4886	0.3384	0.6867	-0.5844	0.3506	0.0393	0.0043	0.5846	-0.2128	0.5132	43.1985	27.8779	3.9649
28	1.5919	0.3569	-1.4779	1.3624	-0.6939	2.8385	-0.2322	-0.3416	-0.4451	0.0898	-0.1095	-0.2882	0.5474	0.574	0.1984	0.5199	0.0833	0.0458	0.4596	0.0765	0.5366	11.2781	56.625	91.6656
29	0.4567	0.345	-0.6767	1.3197	-0.3562	1.0073	-0.4051	-0.0372	-0.6333	0.1936	0.0294	-0.3701	0.8958	0.2203	0.3003	1.0755	0.0899	0.2675	0.4735	0.1285	0.8578	-1.3282	45.8782	100.1281
30	2.0484	0.1676	-2.0109	1.1656	-0.1289	3.1358	-0.2113	0.1489	-0.3487	0.1564	0.1266	0.0325	0.4389	-0.1617	0.0767	0.5442	0.0032	0.0847	0.3325	-0.0156	0.4222	-2.2699	59.6736	88.5238

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 64 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 65 through 160 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 161 through 273 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 274 through 311 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 312 through 338 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 339 through 372 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 373 through 401 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 402 through 437 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 1 through 311 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 312 through 438 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 1 through 72 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 73 through 161 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 162 through 199 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 200 through 311 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 312 through 372 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 373 through 440 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 1 through 56 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 57 through 160 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 161 through 214 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 215 through 238 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 239 through 268 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 269 through 311 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 312 through 337 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 338 through 415 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 416 through 441 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'E' and (resid 6 through 46 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'E' and (resid 47 through 143 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'F' and (resid 1 through 207 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'F' and (resid 208 through 275 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'F' and (resid 276 through 378 )

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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