+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6qqn | |||||||||
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Title | Tubulin-TH588 complex | |||||||||
Components |
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Keywords | CELL CYCLE / TUBULIN FOLD / CYTOSKELETON / MICROTUBULE | |||||||||
Function / homology | Function and homology information tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / microtubule-based process / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / spindle microtubule / protein modification process / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization ...tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / microtubule-based process / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / spindle microtubule / protein modification process / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / microtubule cytoskeleton / neuron projection development / mitotic cell cycle / nervous system development / growth cone / Hydrolases; Acting on acid anhydrides; Acting on GTP to facilitate cellular and subcellular movement / microtubule / neuron projection / protein heterodimerization activity / GTPase activity / nucleotide binding / GTP binding / Golgi apparatus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Rattus norvegicus (Norway rat) Gallus gallus (chicken) Bos taurus (cattle) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 2.301 Å | |||||||||
Authors | Patterson, J.C. / Joughin, B.A. / Prota, A.E. / Muehlethaler, T. / Jonas, O.H. / Whitman, M.A. / Varmeh, S. / Chen, S. / Balk, S.P. / Steinmetz, M.O. ...Patterson, J.C. / Joughin, B.A. / Prota, A.E. / Muehlethaler, T. / Jonas, O.H. / Whitman, M.A. / Varmeh, S. / Chen, S. / Balk, S.P. / Steinmetz, M.O. / Lauffenburger, D.A. / Yaffe, M.B. | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: Cell Syst / Year: 2019 Title: VISAGE Reveals a Targetable Mitotic Spindle Vulnerability in Cancer Cells. Authors: Patterson, J.C. / Joughin, B.A. / Prota, A.E. / Muhlethaler, T. / Jonas, O.H. / Whitman, M.A. / Varmeh, S. / Chen, S. / Balk, S.P. / Steinmetz, M.O. / Lauffenburger, D.A. / Yaffe, M.B. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6qqn.cif.gz | 892.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6qqn.ent.gz | 735.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6qqn.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6qqn_validation.pdf.gz | 2.4 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6qqn_full_validation.pdf.gz | 2.5 MB | Display | |
Data in XML | 6qqn_validation.xml.gz | 49.9 KB | Display | |
Data in CIF | 6qqn_validation.cif.gz | 72.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/6qqn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qq/6qqn | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5lxtS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 4 types, 6 molecules ACBDEF
#1: Protein | Mass: 50204.445 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Bos taurus (cattle) / Organ: Brain / References: UniProt: P81947 #2: Protein | Mass: 49999.887 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Bos taurus (cattle) / Organ: Brain / References: UniProt: Q6B856 #3: Protein | | Mass: 16844.162 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rattus norvegicus (Norway rat) / Gene: Stmn4 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P63043 #4: Protein | | Mass: 44378.496 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Gallus gallus (chicken) / Gene: TTL / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: E1BQ43 |
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-Non-polymers , 9 types, 276 molecules
#5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-MG / #7: Chemical | ChemComp-CA / #8: Chemical | ChemComp-EDO / | #9: Chemical | #10: Chemical | ChemComp-MES / | #11: Chemical | ChemComp-2GE / | #12: Chemical | ChemComp-ACP / | #13: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.78 Å3/Da / Density % sol: 55.76 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion / pH: 6.7 Details: 1% PEG 4K, 8% glycerol, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 0.1 M MES/Imidazole pH 6.7 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06DA / Wavelength: 1.00002 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Dec 5, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.00002 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→47.5 Å / Num. obs: 249775 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 13.6 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.197 / Rpim(I) all: 0.057 / Rrim(I) all: 0.205 / Net I/σ(I): 11.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.36 Å / Redundancy: 13.7 % / Rmerge(I) obs: 4.103 / Num. unique obs: 9434 / CC1/2: 0.22 / Rpim(I) all: 1.218 / Rrim(I) all: 4.261 / % possible all: 99.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: FOURIER SYNTHESIS Starting model: 5lxt Resolution: 2.301→47.484 Å / SU ML: 0.41 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.18 / Phase error: 28.37 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.301→47.484 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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