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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4o2a | ||||||
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Title | Tubulin-BAL27862 complex | ||||||
![]() |
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![]() | CELL CYCLE/INHIBITOR / ALPHA-TUBULIN / BETA-TUBULIN / LIGASE / GTPASE / MICROTUBULE / STATHMIN / BAL27862 / CELL CYCLE / TUBULIN FOLD / CYTOSKELETON / CELL CYCLE-INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | ![]() tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / microtubule-based process / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / Hydrolases; Acting on acid anhydrides; Acting on GTP to facilitate cellular and subcellular movement / protein modification process / spindle microtubule / structural constituent of cytoskeleton ...tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / microtubule-based process / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / Hydrolases; Acting on acid anhydrides; Acting on GTP to facilitate cellular and subcellular movement / protein modification process / spindle microtubule / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / microtubule cytoskeleton / neuron projection development / nervous system development / mitotic cell cycle / growth cone / microtubule / neuron projection / protein heterodimerization activity / nucleotide binding / GTPase activity / GTP binding / Golgi apparatus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Prota, A.E. / Franck, D. / Bachmann, F. / Bargsten, K. / Buey, R.M. / Pohlmann, J. / Reinelt, S. / Lane, H. / Steinmetz, M.O. | ||||||
![]() | ![]() Title: The Novel Microtubule-Destabilizing Drug BAL27862 Binds to the Colchicine Site of Tubulin with Distinct Effects on Microtubule Organization. Authors: Prota, A.E. / Danel, F. / Bachmann, F. / Bargsten, K. / Buey, R.M. / Pohlmann, J. / Reinelt, S. / Lane, H. / Steinmetz, M.O. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Others | ![]() |
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Data in XML | ![]() | 80.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 107.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4o2bC ![]() 4i4tS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 4 types, 6 molecules ACBDEF
#1: Protein | Mass: 50204.445 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Details: BRAIN / Source: (natural) ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 49999.887 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Details: BRAIN / Source: (natural) ![]() ![]() #3: Protein | | Mass: 16844.162 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #4: Protein | | Mass: 44378.496 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 11 types, 354 molecules ![](data/chem/img/GTP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
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![](data/chem/img/GOL.gif)
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![](data/chem/img/GDP.gif)
![](data/chem/img/2RR.gif)
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![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-MG / #7: Chemical | ChemComp-CA / #8: Chemical | ChemComp-CL / | #9: Chemical | ChemComp-GOL / | #10: Chemical | ChemComp-IMD / | #11: Chemical | #12: Chemical | #13: Chemical | ChemComp-MES / | #14: Chemical | ChemComp-ADP / | #15: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.84 Å3/Da / Density % sol: 56.67 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / pH: 6.7 Details: 6% PEG 4K, 4% glycerol, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 100 mM MES/Imidazole , pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 23, 2012 |
Radiation | Monochromator: LN2 COOLED FIXED-EXIT SI(111) MONOCHROMATOR, SAGITTALLY - HORIZONTALLY FOCUSSED Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.00001 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.5→59.4 Å / Num. obs: 103225 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 13.6 % / Rmerge(I) obs: 0.142 / Net I/σ(I): 13.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.5→2.56 Å / Redundancy: 14.1 % / Rmerge(I) obs: 2.268 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 99.4 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: DIFFERENCE FOURIER Starting model: PDB ENTRY 4I4T Resolution: 2.5→59.36 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.99 / Phase error: 24.99 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.98 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→59.36 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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