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- PDB-6s9e: Tubulin-GDP.AlF complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6s9e
タイトルTubulin-GDP.AlF complex
要素
  • Stathmin-4
  • Tubulin Tyrosine ligase
  • Tubulin alpha-1B chain
  • Tubulin beta-2B chain
キーワードCELL CYCLE / tubulin / cytoskeleton / GTPase / transitional state
機能・相同性
機能・相同性情報


tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / microtubule-based process / cytoplasmic microtubule / tubulin binding / cellular response to interleukin-4 / spindle microtubule / protein modification process ...tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / microtubule-based process / cytoplasmic microtubule / tubulin binding / cellular response to interleukin-4 / spindle microtubule / protein modification process / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / neuron migration / neuron projection development / mitotic cell cycle / double-stranded RNA binding / microtubule cytoskeleton / growth cone / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / microtubule / neuron projection / cilium / protein heterodimerization activity / nucleotide binding / GTPase activity / ubiquitin protein ligase binding / GTP binding / Golgi apparatus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #30 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Rossmann fold - #11480 / Tubulin-tyrosine ligase/Tubulin polyglutamylase / Tubulin-tyrosine ligase family / TTL domain profile. / Helix hairpin bin / Stathmin family / Stathmin, conserved site / Stathmin superfamily ...Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #30 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Rossmann fold - #11480 / Tubulin-tyrosine ligase/Tubulin polyglutamylase / Tubulin-tyrosine ligase family / TTL domain profile. / Helix hairpin bin / Stathmin family / Stathmin, conserved site / Stathmin superfamily / Stathmin family / Stathmin family signature 1. / Stathmin family signature 2. / Stathmin-like (SLD) domain profile. / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / ATP-grasp fold, B domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / Helix non-globular / Special / Helix Hairpins / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ALUMINUM FLUORIDE / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / IMIDAZOLE / Tubulin tyrosine ligase / Stathmin-4 / Tubulin alpha-1B chain / Tubulin beta-2B chain
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Gallus gallus (ニワトリ)
Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Oliva, M.A. / Estevez-Gallego, J. / Diaz, J.F. / Prota, A.E. / Steinmetz, M.O. / Balaguer, F.A. / Lucena-Agell, D.
資金援助 スペイン, 2件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesRYC-2011-07900 スペイン
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBFU2016-75319-R スペイン
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Structural model for differential cap maturation at growing microtubule ends.
著者: Estevez-Gallego, J. / Josa-Prado, F. / Ku, S. / Buey, R.M. / Balaguer, F.A. / Prota, A.E. / Lucena-Agell, D. / Kamma-Lorger, C. / Yagi, T. / Iwamoto, H. / Duchesne, L. / Barasoain, I. / ...著者: Estevez-Gallego, J. / Josa-Prado, F. / Ku, S. / Buey, R.M. / Balaguer, F.A. / Prota, A.E. / Lucena-Agell, D. / Kamma-Lorger, C. / Yagi, T. / Iwamoto, H. / Duchesne, L. / Barasoain, I. / Steinmetz, M.O. / Chretien, D. / Kamimura, S. / Diaz, J.F. / Oliva, M.A.
履歴
登録2019年7月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tubulin alpha-1B chain
B: Tubulin beta-2B chain
C: Tubulin alpha-1B chain
D: Tubulin beta-2B chain
E: Stathmin-4
F: Tubulin Tyrosine ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)267,32729
ポリマ－263,6076
非ポリマー3,71923
水3,585199
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24430 Å2
ΔGint-145 kcal/mol
Surface area78610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.999, 157.357, 180.261
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質 Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain


分子量: 48966.324 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質 Tubulin beta-2B chain


分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質 Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3


分子量: 22125.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043
#4: タンパク質 Tubulin Tyrosine ligase


分子量: 43549.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43

-
非ポリマー , 11種, 222分子

#5: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#10: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#11: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#12: 化合物 ChemComp-AF3 / ALUMINUM FLUORIDE / トリフルオロアルミニウム


分子量: 83.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: AlF3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#13: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#14: 化合物 ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#15: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.93 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M MES, 0.1M IMIDAZOLE, pH6.5, 0.03M CaCl2, 0.03M MgCl2, 5mM L-Tyrosine, 5% Glycerol, 5.5% PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→48.003 Å / Num. obs: 140201 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 48.9 Å2 / CC1/2: 0.979 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.25-2.299.21.2226240967860.6350.4171.2951.897.8
12.32-4890.03388849820.9990.0120.03554.598.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4O2B

4o2b


解像度: 2.25→48.003 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.07
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2278 6923 4.94 %
Rwork0.2029 --
obs0.2041 140102 98.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 221.6 Å2 / Biso mean: 67.6044 Å2 / Biso min: 27.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.25→48.003 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17091 0 341 199 17631
Biso mean--66.07 45.72 -
残基数----2160
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00217899
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.52624306
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0412656
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0033148
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.16510783
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.25-2.27560.33182260.304430897
2.2756-2.30230.32472200.294440799
2.3023-2.33040.27912100.2779435098
2.3304-2.35990.30842220.2743442999
2.3599-2.3910.26912480.269434698
2.391-2.42370.32361980.2669443999
2.4237-2.45830.25322180.2542437799
2.4583-2.4950.27142160.2529441098
2.495-2.5340.28392150.25754444100
2.534-2.57560.26042470.247436998
2.5756-2.620.27332200.244440299
2.62-2.66760.28442350.24924438100
2.6676-2.71890.26552240.2443440799
2.7189-2.77440.25952230.2409432897
2.7744-2.83470.28092290.242443599
2.8347-2.90070.26882480.2454420100
2.9007-2.97320.26521940.2488448999
2.9732-3.05360.27572270.2391442899
3.0536-3.14340.26922130.2356446599
3.1434-3.24480.26642280.2316444999
3.2448-3.36080.26982260.2305448499
3.3608-3.49530.23232510.214445399
3.4953-3.65430.23642570.2041433497
3.6543-3.84690.22632390.18694505100
3.8469-4.08780.20292540.1676444899
4.0878-4.40330.20552550.164510100
4.4033-4.8460.16622500.14524528100
4.846-5.54630.18812550.1664444598
5.5463-6.98430.21352320.19324619100
6.9843-48.0030.18442430.179471398
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.6294-0.1511-0.38094.5755-0.58872.2428-0.00720.06730.4554-0.41170.2338-0.3074-0.96050.2655-0.22860.7381-0.12790.14030.4631-0.11170.377828.884497.031453.6487
21.4084-0.65250.81379.6294-0.99683.7541-0.29830.24260.1419-1.19130.4015-0.3586-0.91640.0876-0.12080.8067-0.11060.09330.5549-0.11520.455928.178686.999942.4721
32.0236-0.0517-0.02213.29981.4712.87520.00610.11920.0348-0.01250.2228-0.2934-0.29130.3979-0.22520.402-0.04320.03170.432-0.09480.370929.036480.915458.0693
41.49450.4441-0.7923.83650.8394.61010.093-0.1334-0.07220.5404-0.10130.57290.0008-0.36660.00730.5449-0.02790.10370.4288-0.12860.47514.773283.332970.9443
51.0113-0.03850.85282.12150.99021.0228-0.0603-0.39630.3170.72370.09120.4387-0.254-0.0799-0.05580.6970.02190.14420.5165-0.11140.469517.323487.503479.967
62.9424-0.57311.94415.2165-0.76763.70080.0409-0.04950.06470.6783-0.0220.3468-0.21220.0944-0.0640.5936-0.04670.15410.4495-0.13120.455517.734488.543974.1598
71.83960.4754-0.85585.06123.59876.8768-0.024-0.1504-0.1910.93230.225-0.17110.83060.6169-0.19740.48650.1163-0.06910.3916-0.08680.446329.422761.953362.1011
86.7255-1.8364-0.28118.72912.27535.6546-0.13560.20230.9185-0.48980.07580.1852-0.985-0.18160.030.44520.04370.00010.34030.00330.429715.797972.256722.1763
92.1519-1.5716-0.8369.15890.52823.86840.20390.6116-0.0021-0.6313-0.14570.0249-0.52370.099-0.05670.34-0.0170.02220.5428-0.04380.327224.930758.763913.4418
101.6199-0.2017-0.47873.16851.42593.3959-0.0458-0.0018-0.04740.0015-0.10580.2075-0.0179-0.18250.11760.30070.00360.02170.4159-0.09820.376217.431752.881926.5581
116.4033-3.10245.57753.464-3.05266.7962-0.3042-0.27220.64310.3552-0.02030.049-0.7347-0.15650.27810.4077-0.01930.04590.4519-0.16220.543719.312768.111638.5019
123.1578-1.10631.57692.71030.16473.4418-0.1848-0.24910.0670.2859-0.10040.4354-0.0301-0.95410.26140.4034-0.0060.07770.62-0.18070.50066.351160.085942.7027
130.6511-1.579-1.09397.09455.21223.8915-0.178-0.241-0.04630.7555-0.08430.84020.498-0.12620.21450.4026-0.01140.08820.467-0.08010.421815.375641.934634.0886
141.1808-0.26240.37334.78334.37496.5602-0.1235-0.0549-0.16460.85370.0803-0.19780.96960.51730.01080.39640.0122-0.0740.36310.0020.396125.838837.987631.2369
151.4229-0.53180.30332.96970.04881.933-0.04820.17120.0769-0.21730.1004-0.0702-0.13460.1678-0.0450.2896-0.06170.04230.4128-0.03350.326820.401832.9725-11.9057
161.128-0.5028-0.08961.59881.03071.5470.0024-0.00950.09630.076-0.08260.11390.0431-0.19480.08050.2567-0.06520.0390.328-0.02330.32077.593126.01053.0144
176.059-3.93630.05718.0707-0.36061.50380.05970.7676-0.005-0.8567-0.08580.10610.048-0.14910.01570.6026-0.13720.03610.7733-0.05740.291117.36279.9017-44.0815
181.3303-0.0562-0.32411.43380.33572.1472-0.12080.3703-0.2615-0.24130.1164-0.07610.356-0.00450.01040.5254-0.05750.03790.532-0.16140.399616.8844-2.9184-29.7338
194.49510.4809-1.82582.6957-0.62923.794-0.22470.2829-0.84220.0477-0.0383-0.22290.78070.28380.10870.69710.07130.01530.5271-0.19510.685630.3076-16.3528-24.4579
202.3383-2.53330.76885.0252-0.09780.5092-0.1005-0.21440.13650.7660.4-0.4147-0.65820.4355-0.31160.8242-0.1424-0.01540.7449-0.23260.584127.464193.253181.5392
210.1245-0.3237-0.3952.83912.96653.4196-0.078-0.0283-0.02970.25950.5075-0.45840.37060.7502-0.54880.42930.03980.04030.7798-0.23180.64642.821228.69644.8983
223.33241.5804-1.29544.87850.41746.6264-0.28140.3725-0.747-0.1998-0.0407-0.19951.4689-0.37850.21160.802-0.06130.1250.4721-0.12430.58766.30854.484470.137
233.78540.5011-0.72884.1359-1.64555.3316-0.0695-0.57890.01760.4893-0.3802-1.0666-0.11241.08550.30690.72790.0108-0.08840.83970.08940.700714.372364.968498.8531
242.67170.1932-0.14452.7782-0.78533.4968-0.1947-0.8659-0.58640.7088-0.3843-0.81610.61611.47050.40980.9390.2476-0.05351.07570.35410.918111.578553.4315106.6993
252.15060.4755-0.92752.9881-1.26773.5413-0.3472-0.1605-0.99420.3568-0.0044-0.26561.05020.14480.26591.06120.06920.18160.50510.10290.8668-2.999247.5471100.1267
262.10930.1802-2.31161.2858-0.84637.0036-0.1860.0911-0.45660.18430.19590.05270.6087-0.3489-0.02310.6844-0.01460.0740.43450.01990.5859-0.76159.710687.5714
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 72 )A1 - 72
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 73 through 102 )A73 - 102
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 103 through 259 )A103 - 259
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 260 through 306 )A260 - 306
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 307 through 336 )A307 - 336
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 337 through 381 )A337 - 381
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 382 through 437 )A382 - 437
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 2 through 64 )B2 - 64
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 65 through 128 )B65 - 128
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 129 through 238 )B129 - 238
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 239 through 259 )B239 - 259
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 260 through 373 )B260 - 373
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 374 through 401 )B374 - 401
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 402 through 438 )B402 - 438
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 1 through 199 )C1 - 199
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 200 through 440 )C200 - 440
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 1 through 88 )D1 - 88
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 89 through 401 )D89 - 401
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 402 through 441 )D402 - 441
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'E' and (resid 6 through 46 )E6 - 46
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'E' and (resid 47 through 141 )E47 - 141
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'F' and (resid 1 through 66 )F1 - 66
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'F' and (resid 67 through 128 )F67 - 128
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'F' and (resid 129 through 207 )F129 - 207
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'F' and (resid 208 through 283 )F208 - 283
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'F' and (resid 284 through 378 )F284 - 378

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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