+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6s9e | |||||||||
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Title | Tubulin-GDP.AlF complex | |||||||||
Components |
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Keywords | CELL CYCLE / tubulin / cytoskeleton / GTPase / transitional state | |||||||||
Function / homology | Function and homology information tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / cytoplasmic microtubule / microtubule-based process / cellular response to interleukin-4 / tubulin binding / spindle microtubule / Hydrolases; Acting on acid anhydrides; Acting on GTP to facilitate cellular and subcellular movement ...tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / cytoplasmic microtubule / microtubule-based process / cellular response to interleukin-4 / tubulin binding / spindle microtubule / Hydrolases; Acting on acid anhydrides; Acting on GTP to facilitate cellular and subcellular movement / protein modification process / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / neuron projection development / microtubule cytoskeleton / double-stranded RNA binding / mitotic cell cycle / nervous system development / growth cone / microtubule / neuron projection / protein heterodimerization activity / nucleotide binding / GTPase activity / ubiquitin protein ligase binding / GTP binding / Golgi apparatus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Rattus norvegicus (Norway rat) Gallus gallus (chicken) Bos taurus (cattle) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.25 Å | |||||||||
Authors | Oliva, M.A. / Estevez-Gallego, J. / Diaz, J.F. / Prota, A.E. / Steinmetz, M.O. / Balaguer, F.A. / Lucena-Agell, D. | |||||||||
Funding support | Spain, 2items
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Citation | Journal: Elife / Year: 2020 Title: Structural model for differential cap maturation at growing microtubule ends. Authors: Estevez-Gallego, J. / Josa-Prado, F. / Ku, S. / Buey, R.M. / Balaguer, F.A. / Prota, A.E. / Lucena-Agell, D. / Kamma-Lorger, C. / Yagi, T. / Iwamoto, H. / Duchesne, L. / Barasoain, I. / ...Authors: Estevez-Gallego, J. / Josa-Prado, F. / Ku, S. / Buey, R.M. / Balaguer, F.A. / Prota, A.E. / Lucena-Agell, D. / Kamma-Lorger, C. / Yagi, T. / Iwamoto, H. / Duchesne, L. / Barasoain, I. / Steinmetz, M.O. / Chretien, D. / Kamimura, S. / Diaz, J.F. / Oliva, M.A. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6s9e.cif.gz | 1.2 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6s9e.ent.gz | 1 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6s9e.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s9/6s9e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s9/6s9e | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6gzeC 4o2bS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 4 types, 6 molecules ACBDEF
#1: Protein | Mass: 48966.324 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Bos taurus (cattle) / References: UniProt: P81947 #2: Protein | Mass: 49999.887 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Bos taurus (cattle) / References: UniProt: Q6B856 #3: Protein | | Mass: 22125.301 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rattus norvegicus (Norway rat) / Gene: Stmn4 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P63043 #4: Protein | | Mass: 43549.625 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Gallus gallus (chicken) / Gene: TTL / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: E1BQ43 |
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-Non-polymers , 11 types, 222 molecules
#5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-MG / #7: Chemical | #8: Chemical | ChemComp-CL / | #9: Chemical | ChemComp-GOL / #10: Chemical | #11: Chemical | #12: Chemical | ChemComp-AF3 / | #13: Chemical | ChemComp-IMD / | #14: Chemical | ChemComp-ACP / | #15: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.73 Å3/Da / Density % sol: 54.93 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.1M MES, 0.1M IMIDAZOLE, pH6.5, 0.03M CaCl2, 0.03M MgCl2, 5mM L-Tyrosine, 5% Glycerol, 5.5% PEG4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALBA / Beamline: XALOC / Wavelength: 0.979 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: May 5, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.25→48.003 Å / Num. obs: 140201 / % possible obs: 99 % / Redundancy: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 48.9 Å2 / CC1/2: 0.979 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 16.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4O2B Resolution: 2.25→48.003 Å / SU ML: 0.25 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / Phase error: 25.07
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 221.6 Å2 / Biso mean: 67.6044 Å2 / Biso min: 27.01 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.25→48.003 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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