+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6gf3 | ||||||
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Title | Tubulin-Jerantinine B acetate complex | ||||||
Components |
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Keywords | CELL CYCLE / TUBULIN FOLD / CYTOSKELETON / MICROTUBULE | ||||||
Function / homology | Function and homology information tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / microtubule-based process / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / spindle microtubule / protein modification process / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization ...tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / microtubule-based process / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / spindle microtubule / protein modification process / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / microtubule cytoskeleton / neuron projection development / mitotic cell cycle / nervous system development / growth cone / Hydrolases; Acting on acid anhydrides; Acting on GTP to facilitate cellular and subcellular movement / microtubule / neuron projection / protein heterodimerization activity / GTPase activity / nucleotide binding / GTP binding / Golgi apparatus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Rattus norvegicus (Norway rat) Gallus gallus (chicken) Bos taurus (cattle) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 2.4 Å | ||||||
Authors | Smedley, C.J. / Stanley, P.A. / Qazzaz, M.E. / Prota, A.E. / Olieric, N. / Collins, H. / Eastman, H. / Barrow, A.S. / Lim, K.-H. / Kam, T.-S. ...Smedley, C.J. / Stanley, P.A. / Qazzaz, M.E. / Prota, A.E. / Olieric, N. / Collins, H. / Eastman, H. / Barrow, A.S. / Lim, K.-H. / Kam, T.-S. / Smith, B.J. / Duivenvoorden, H.M. / Parker, B.S. / Bradshaw, T.D. / Steinmetz, M.O. / Moses, J.E. | ||||||
Funding support | Switzerland, 1items
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Citation | Journal: Sci Rep / Year: 2018 Title: Sustainable Syntheses of (-)-Jerantinines A & E and Structural Characterisation of the Jerantinine-Tubulin Complex at the Colchicine Binding Site. Authors: Smedley, C.J. / Stanley, P.A. / Qazzaz, M.E. / Prota, A.E. / Olieric, N. / Collins, H. / Eastman, H. / Barrow, A.S. / Lim, K.H. / Kam, T.S. / Smith, B.J. / Duivenvoorden, H.M. / Parker, B.S. ...Authors: Smedley, C.J. / Stanley, P.A. / Qazzaz, M.E. / Prota, A.E. / Olieric, N. / Collins, H. / Eastman, H. / Barrow, A.S. / Lim, K.H. / Kam, T.S. / Smith, B.J. / Duivenvoorden, H.M. / Parker, B.S. / Bradshaw, T.D. / Steinmetz, M.O. / Moses, J.E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6gf3.cif.gz | 888.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6gf3.ent.gz | 731.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6gf3.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6gf3_validation.pdf.gz | 2.3 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6gf3_full_validation.pdf.gz | 2.3 MB | Display | |
Data in XML | 6gf3_validation.xml.gz | 75.7 KB | Display | |
Data in CIF | 6gf3_validation.cif.gz | 101.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gf/6gf3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gf/6gf3 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4o2bS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 3 types, 4 molecules ACEF
#1: Protein | Mass: 50204.445 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Bos taurus (cattle) / Tissue: brain / References: UniProt: P81947 #4: Protein | | Mass: 16844.162 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rattus norvegicus (Norway rat) / Gene: Stmn4 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P63043 #5: Protein | | Mass: 44378.496 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Gallus gallus (chicken) / Gene: TTL / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: E1BQ43 |
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-Tubulin beta-2B ... , 2 types, 2 molecules BD
#2: Protein | Mass: 49999.887 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Bos taurus (cattle) / Tissue: brain / References: UniProt: Q6B856 |
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#3: Protein | Mass: 49985.859 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Bos taurus (cattle) / Tissue: brain / References: UniProt: Q6B856 |
-Non-polymers , 9 types, 168 molecules
#6: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-MG / #8: Chemical | #9: Chemical | #10: Chemical | #11: Chemical | ChemComp-EX5 / | #12: Chemical | ChemComp-EDO / | #13: Chemical | ChemComp-ACP / | #14: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.86 Å3/Da / Density % sol: 57.05 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion / pH: 6.7 Details: 10% PEG 4K, 12% GLYCEROL, 30 MM REMARK 280 MGCL2, 30 MM CACL2, 100 MM MES/IMIDAZOLE |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06SA / Wavelength: 0.99999 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 13, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.99999 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.4→48 Å / Num. obs: 117441 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 12.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.152 / Rrim(I) all: 0.159 / Net I/σ(I): 12.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.4→2.46 Å / Redundancy: 12.8 % / Rmerge(I) obs: 3.936 / Num. unique obs: 8572 / CC1/2: 0.204 / Rrim(I) all: 4.101 / % possible all: 99.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: FOURIER SYNTHESIS Starting model: 4O2B Resolution: 2.4→47.958 Å / SU ML: 0.43 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 29.4
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.4→47.958 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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