+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4o4l | ||||||
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Title | Tubulin-Peloruside A-Epothilone A complex | ||||||
Components |
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Keywords | CELL CYCLE/INHIBITOR / ALPHA-TUBULIN / BETA-TUBULIN / LIGASE / GTPASE / MICROTUBULE / STATHMIN / PELORUSIDE A / EPOTHILONE A / TUBULIN FOLD / CYTOSKELETON / CELL CYCLE-INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / microtubule-based process / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / spindle microtubule / protein modification process / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization ...tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / microtubule-based process / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / spindle microtubule / protein modification process / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / microtubule cytoskeleton / neuron projection development / mitotic cell cycle / nervous system development / growth cone / Hydrolases; Acting on acid anhydrides; Acting on GTP to facilitate cellular and subcellular movement / microtubule / neuron projection / protein heterodimerization activity / GTPase activity / nucleotide binding / GTP binding / Golgi apparatus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Rattus norvegicus (Norway rat) Gallus gallus (chicken) Bos taurus (cattle) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / DIFFERENCE FOURIER / Resolution: 2.2 Å | ||||||
Authors | Prota, A.E. / Bargsten, K. / Northcote, P.T. / Marsh, M. / Altmann, K.H. / Miller, J.H. / Diaz, J.F. / Steinmetz, M.O. | ||||||
Citation | Journal: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / Year: 2014 Title: Structural basis of microtubule stabilization by laulimalide and peloruside a. Authors: Prota, A.E. / Bargsten, K. / Northcote, P.T. / Marsh, M. / Altmann, K.H. / Miller, J.H. / Diaz, J.F. / Steinmetz, M.O. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4o4l.cif.gz | 931.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4o4l.ent.gz | 769.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4o4l.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4o4l_validation.pdf.gz | 2.9 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4o4l_full_validation.pdf.gz | 2.9 MB | Display | |
Data in XML | 4o4l_validation.xml.gz | 85.1 KB | Display | |
Data in CIF | 4o4l_validation.cif.gz | 115.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o4/4o4l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o4/4o4l | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4o4hC 4o4iC 4o4jC 404jS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 4 types, 6 molecules ACBDEF
#1: Protein | Mass: 50204.445 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Details: BRAIN / Source: (natural) Bos taurus (cattle) / References: UniProt: P81947 #2: Protein | Mass: 49999.887 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Details: BRAIN / Source: (natural) Bos taurus (cattle) / References: UniProt: Q6B856 #3: Protein | | Mass: 16844.162 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 49-189 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rattus norvegicus (Norway rat) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P63043 #4: Protein | | Mass: 44378.496 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Gallus gallus (chicken) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: E1BQ43 |
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-Non-polymers , 8 types, 577 molecules
#5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-MG / #7: Chemical | #8: Chemical | #9: Chemical | #10: Chemical | #11: Chemical | ChemComp-MES / | #12: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.81 Å3/Da / Density % sol: 56.28 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / pH: 6.7 Details: 6% PEG, 16% glycerol, 30 mM magnesium chloride, 30 mM calcium chloride, 0.1M MES/0.1M imidazole, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X10SA / Wavelength: 0.97976 |
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: May 2, 2013 |
Radiation | Monochromator: LN2 COOLED FIXED-EXIT SI(111) MONOCHROMATOR, SAGITTALLY - HORIZONTALLY FOCUSSED Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97976 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→59.1 Å / Num. obs: 149698 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 13.6 % / Rmerge(I) obs: 0.122 / Net I/σ(I): 15.9 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.26 Å / Redundancy: 12.4 % / Rmerge(I) obs: 4.112 / Mean I/σ(I) obs: 0.75 / % possible all: 99 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: DIFFERENCE FOURIER Starting model: 404J Resolution: 2.2→59.1 Å / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.33 / Phase error: 25.67 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→59.1 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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