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万見
- PDB-6nng: Tubulin-RB3_SLD-TTL in complex with compound DJ95 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6nng
タイトルTubulin-RB3_SLD-TTL in complex with compound DJ95
要素
  • Stathmin-4
  • Tubulin Tyrosine Ligase
  • Tubulin alpha-1B chain
  • Tubulin beta-2B chain
キーワードCELL CYCLE / Microtubule Inhibitor / Colchicine / Cancer
機能・相同性
機能・相同性情報


tubulin-tyrosine ligase activity / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Hedgehog 'off' state / Cilium Assembly / Intraflagellar transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Mitotic Prometaphase / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / RHOH GTPase cycle ...tubulin-tyrosine ligase activity / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Hedgehog 'off' state / Cilium Assembly / Intraflagellar transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Mitotic Prometaphase / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / RHOH GTPase cycle / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Kinesins / PKR-mediated signaling / Separation of Sister Chromatids / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / Aggrephagy / RHO GTPases activate IQGAPs / RHO GTPases Activate Formins / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / microtubule depolymerization / MHC class II antigen presentation / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / COPI-mediated anterograde transport / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / microtubule-based process / tubulin binding / spindle microtubule / protein modification process / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / neuron migration / neuron projection development / mitotic cell cycle / microtubule cytoskeleton / growth cone / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / microtubule / neuron projection / nucleotide binding / GTPase activity / GTP binding / Golgi apparatus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #30 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Rossmann fold - #11480 / Tubulin-tyrosine ligase/Tubulin polyglutamylase / Tubulin-tyrosine ligase family / TTL domain profile. / Helix hairpin bin / Stathmin family / Stathmin, conserved site / Stathmin superfamily ...Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #30 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Rossmann fold - #11480 / Tubulin-tyrosine ligase/Tubulin polyglutamylase / Tubulin-tyrosine ligase family / TTL domain profile. / Helix hairpin bin / Stathmin family / Stathmin, conserved site / Stathmin superfamily / Stathmin family / Stathmin family signature 1. / Stathmin family signature 2. / Stathmin-like (SLD) domain profile. / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / Helix non-globular / Special / Helix Hairpins / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / Chem-DJ9 / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Tubulin beta chain / Tubulin tyrosine ligase / Tubulin beta chain / Tubulin alpha-1B chain / Stathmin-4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Gallus gallus (ニワトリ)
Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.397 Å
データ登録者Kumar, G. / Wang, Y. / Li, W. / White, S.W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01CA148706 米国
引用ジャーナル: Mol.Pharmacol. / 年: 2019
タイトル: Colchicine Binding Site Agent DJ95 Overcomes Drug Resistance and Exhibits Antitumor Efficacy.
著者: Arnst, K.E. / Wang, Y. / Lei, Z.N. / Hwang, D.J. / Kumar, G. / Ma, D. / Parke, D.N. / Chen, Q. / Yang, J. / White, S.W. / Seagroves, T.N. / Chen, Z.S. / Miller, D.D. / Li, W.
履歴
登録2019年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年12月25日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tubulin alpha-1B chain
B: Tubulin beta-2B chain
C: Tubulin alpha-1B chain
D: Tubulin beta-2B chain
E: Stathmin-4
F: Tubulin Tyrosine Ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)264,79120
ポリマ－261,3056
非ポリマー3,48614
水10,269570
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)105.418, 157.979, 182.840
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain B and (resid 2 through 18 or (resid 19...
21(chain D and (resid 2 through 36 or (resid 37...
12(chain A and ((resid 1 and (name N or name...
22(chain C and (resid 1 through 111 or (resid 112...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111ARGARGALAALA(chain B and (resid 2 through 18 or (resid 19...BB2 - 182 - 18
121LYSLYSLYSLYS(chain B and (resid 2 through 18 or (resid 19...BB1919
131ARGARGMGMG(chain B and (resid 2 through 18 or (resid 19...BB - K2 - 5022
141ARGARGMGMG(chain B and (resid 2 through 18 or (resid 19...BB - K2 - 5022
151ARGARGMGMG(chain B and (resid 2 through 18 or (resid 19...BB - K2 - 5022
161ARGARGMGMG(chain B and (resid 2 through 18 or (resid 19...BB - K2 - 5022
211ARGARGTYRTYR(chain D and (resid 2 through 36 or (resid 37...DD2 - 362 - 36
221HISHISHISHIS(chain D and (resid 2 through 36 or (resid 37...DD3737
231METMETASPASP(chain D and (resid 2 through 36 or (resid 37...DD1 - 4311 - 431
241METMETASPASP(chain D and (resid 2 through 36 or (resid 37...DD1 - 4311 - 431
251METMETASPASP(chain D and (resid 2 through 36 or (resid 37...DD1 - 4311 - 431
112METMETMETMET(chain A and ((resid 1 and (name N or name...AA11
122METMETMGMG(chain A and ((resid 1 and (name N or name...AA - H1 - 5021
132METMETMGMG(chain A and ((resid 1 and (name N or name...AA - H1 - 5021
142METMETMGMG(chain A and ((resid 1 and (name N or name...AA - H1 - 5021
152METMETMGMG(chain A and ((resid 1 and (name N or name...AA - H1 - 5021
212METMETGLYGLY(chain C and (resid 1 through 111 or (resid 112...CC1 - 1111 - 111
222LYSLYSLYSLYS(chain C and (resid 1 through 111 or (resid 112...CC112112
232METMETMGMG(chain C and (resid 1 through 111 or (resid 112...CC - P1 - 5021
242METMETMGMG(chain C and (resid 1 through 111 or (resid 112...CC - P1 - 5021
252METMETMGMG(chain C and (resid 1 through 111 or (resid 112...CC - P1 - 5021
262METMETMGMG(chain C and (resid 1 through 111 or (resid 112...CC - P1 - 5021

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

-
タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質 Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain


分子量: 50041.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: Q2XVP4
#2: タンパク質 Tubulin beta-2B chain


分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287AGU7, UniProt: P02554*PLUS
#3: タンパク質 Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3


分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STMN4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H169
#4: タンパク質 Tubulin Tyrosine Ligase


分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43

-
非ポリマー , 8種, 584分子

#5: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#9: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#10: 化合物 ChemComp-DJ9 / 2-(1H-indol-6-yl)-4-(3,4,5-trimethoxyphenyl)-1H-imidazo[4,5-c]pyridine


分子量: 400.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H20N4O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 化合物 ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#12: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 570 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: 6% PEG 4000, 5% Glycerol, 0.1 M MES, 30 mM CaCl2, 30 mM MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.397→50 Å / Num. obs: 120100 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 35.71 Å2 / Net I/σ(I): 20.89
反射 シェル解像度: 2.397→2.44 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.13_2998: ???精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.397→48.253 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.62
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2266 6493 5.51 %
Rwork0.1919 --
obs0.1938 117879 98.12 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 137 Å2 / Biso mean: 50.5643 Å2 / Biso min: 16.83 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.397→48.253 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17076 0 215 570 17861
Biso mean--53.49 43.89 -
残基数----2187
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11B2634X-RAY DIFFRACTION6.469TORSIONAL
12D2634X-RAY DIFFRACTION6.469TORSIONAL
21A2490X-RAY DIFFRACTION6.469TORSIONAL
22C2490X-RAY DIFFRACTION6.469TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3967-2.42390.30431770.27193239341687
2.4239-2.45240.29221970.25163471366893
2.4524-2.48240.28572070.25143586379396
2.4824-2.51380.29332160.24853609382596
2.5138-2.54690.32241990.253559375895
2.5469-2.58170.28071880.23223596378495
2.5817-2.61860.26132020.228137173919100
2.6186-2.65770.27952170.23243733395099
2.6577-2.69920.31421930.24563739393299
2.6992-2.74350.32122000.241237703970100
2.7435-2.79080.30492260.2343711393799
2.7908-2.84150.29732290.225237443973100
2.8415-2.89620.25682350.21843715395099
2.8962-2.95530.26532350.21763705394099
2.9553-3.01950.26032350.210537553990100
3.0195-3.08980.26192290.210837533982100
3.0898-3.1670.24872080.2033658386697
3.167-3.25260.25772200.21937393959100
3.2526-3.34830.25952220.211837563978100
3.3483-3.45640.22752240.196937864010100
3.4564-3.57980.22092150.18433770398599
3.5798-3.72310.22642380.178937543992100
3.7231-3.89250.19482050.17137913996100
3.8925-4.09760.19311870.16193761394898
4.0976-4.35420.1832330.15693739397299
4.3542-4.69010.16572430.143638224065100
4.6901-5.16160.16872310.151338204051100
5.1616-5.90740.19322390.177738404079100
5.9074-7.43830.22442110.19043808401998
7.4383-48.26270.18962320.16873940417297
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 17.0262 Å / Origin y: -44.6358 Å / Origin z: -26.577 Å
111213212223313233
T0.1188 Å2-0.0121 Å2-0.0172 Å2-0.2283 Å2-0.0166 Å2--0.2964 Å2
L0.1814 °20.068 °20.1785 °2-0.7621 °20.7329 °2--1.298 °2
S-0.0575 Å °-0.0202 Å °-0.0005 Å °-0.0283 Å °0.1031 Å °-0.0211 Å °-0.0387 Å °0.0899 Å °-0.0334 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 502
2X-RAY DIFFRACTION1allB2 - 502
3X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 502
4X-RAY DIFFRACTION1allD1 - 431
5X-RAY DIFFRACTION1allE6 - 141
6X-RAY DIFFRACTION1allF1 - 384
7X-RAY DIFFRACTION1allM1 - 2
8X-RAY DIFFRACTION1allN1 - 2
9X-RAY DIFFRACTION1allH1
10X-RAY DIFFRACTION1allI1
11X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 570
12X-RAY DIFFRACTION1allG1
13X-RAY DIFFRACTION1allJ1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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