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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 4iij | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of tubulin-stathmin-TTL-apo complex | ||||||
Components |
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Keywords | CELL CYCLE / alpha-tubulin / beta-tubulin / ligase / GTPase / microtubule / stathmin | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationtubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / microtubule-based process / cytoplasmic microtubule / cellular response to interleukin-4 / tubulin binding / spindle microtubule / protein modification process ...tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / microtubule-based process / cytoplasmic microtubule / cellular response to interleukin-4 / tubulin binding / spindle microtubule / protein modification process / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / neuron migration / neuron projection development / mitotic cell cycle / double-stranded RNA binding / microtubule cytoskeleton / growth cone / Hydrolases; Acting on acid anhydrides; Acting on GTP to facilitate cellular and subcellular movement / microtubule / neuron projection / cilium / protein heterodimerization activity / nucleotide binding / GTPase activity / ubiquitin protein ligase binding / GTP binding / Golgi apparatus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Difference Fourier / Resolution: 2.6 Å | ||||||
Authors | Prota, A.E. / Magiera, M.M. / Kuijpers, M. / Bargsten, K. / Frey, D. / Wieser, M. / Jaussi, R. / Hoogenraad, C.C. / Kammerer, R.A. / Janke, C. / Steinmetz, M.O. | ||||||
Citation | Journal: J.Cell Biol. / Year: 2013Title: Structural basis of tubulin tyrosination by tubulin tyrosine ligase. Authors: Prota, A.E. / Magiera, M.M. / Kuijpers, M. / Bargsten, K. / Frey, D. / Wieser, M. / Jaussi, R. / Hoogenraad, C.C. / Kammerer, R.A. / Janke, C. / Steinmetz, M.O. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 4iij.cif.gz | 1.2 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb4iij.ent.gz | 1 MB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 4iij.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 4iij_validation.pdf.gz | 1.6 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 4iij_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | Display | |
| Data in XML | 4iij_validation.xml.gz | 74 KB | Display | |
| Data in CIF | 4iij_validation.cif.gz | 99 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ii/4iij ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ii/4iij | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 4ihjC ![]() 4i4tS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 4 types, 6 molecules ACBDEF
| #1: Protein | Mass: 50204.445 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() #2: Protein | Mass: 49999.887 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() #3: Protein | | Mass: 16844.162 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #4: Protein | | Mass: 44378.496 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
|---|
-Non-polymers , 7 types, 106 molecules 












| #5: Chemical | | #6: Chemical | ChemComp-MG / #7: Chemical | #8: Chemical | ChemComp-CL / | #9: Chemical | #10: Chemical | ChemComp-MES / | #11: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.79 Å3/Da / Density % sol: 55.95 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.7 Details: 4-10% PEG 4000, 4-6% glycerol, 30 mM magnesium chloride, 30 mM calcium chloride, 100 mM MES/Imidazole , pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06DA / Wavelength: 0.99987 Å |
| Detector | Type: PSI PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Jan 26, 2012 |
| Radiation | Monochromator: vertically collimating mirror (M1, focus at infinity), followed by a Bartels Monochromator with dual channel cut crystals (DCCM) in (+--+) geometry, and a toroidal mirror (M2) to ...Monochromator: vertically collimating mirror (M1, focus at infinity), followed by a Bartels Monochromator with dual channel cut crystals (DCCM) in (+--+) geometry, and a toroidal mirror (M2) to vertically and horizontally focus the beam at the sample position (with 2:1 horizontal demagnification) Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.99987 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.6→62.3 Å / Num. all: 90649 / Num. obs: 90604 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 26.7 % / Biso Wilson estimate: 61.5 Å2 / Net I/σ(I): 23.5 |
| Reflection shell | Resolution: 2.6→2.67 Å / Redundancy: 25.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.07 / Num. unique all: 6591 / % possible all: 99.9 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: Difference Fourier Starting model: PDB ENTRY 4I4T Resolution: 2.6→62.275 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.99 / Phase error: 25.64 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.98 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.176 Å2 / ksol: 0.323 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters |
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| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.6→62.275 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Controller
About Yorodumi






X-RAY DIFFRACTION
Citation























PDBj




