+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4iij | ||||||
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Title | Crystal structure of tubulin-stathmin-TTL-apo complex | ||||||
Components |
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Keywords | CELL CYCLE / alpha-tubulin / beta-tubulin / ligase / GTPase / microtubule / stathmin | ||||||
Function / homology | Function and homology information tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / cytoplasmic microtubule / microtubule-based process / cellular response to interleukin-4 / tubulin binding / spindle microtubule / Hydrolases; Acting on acid anhydrides; Acting on GTP to facilitate cellular and subcellular movement ...tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / cytoplasmic microtubule / microtubule-based process / cellular response to interleukin-4 / tubulin binding / spindle microtubule / Hydrolases; Acting on acid anhydrides; Acting on GTP to facilitate cellular and subcellular movement / protein modification process / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / neuron projection development / microtubule cytoskeleton / double-stranded RNA binding / mitotic cell cycle / nervous system development / growth cone / microtubule / neuron projection / protein heterodimerization activity / nucleotide binding / GTPase activity / ubiquitin protein ligase binding / GTP binding / Golgi apparatus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Rattus norvegicus (Norway rat) Gallus gallus (chicken) Bos taurus (cattle) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Difference Fourier / Resolution: 2.6 Å | ||||||
Authors | Prota, A.E. / Magiera, M.M. / Kuijpers, M. / Bargsten, K. / Frey, D. / Wieser, M. / Jaussi, R. / Hoogenraad, C.C. / Kammerer, R.A. / Janke, C. / Steinmetz, M.O. | ||||||
Citation | Journal: J.Cell Biol. / Year: 2013 Title: Structural basis of tubulin tyrosination by tubulin tyrosine ligase. Authors: Prota, A.E. / Magiera, M.M. / Kuijpers, M. / Bargsten, K. / Frey, D. / Wieser, M. / Jaussi, R. / Hoogenraad, C.C. / Kammerer, R.A. / Janke, C. / Steinmetz, M.O. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4iij.cif.gz | 1.2 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4iij.ent.gz | 1 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4iij.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ii/4iij ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ii/4iij | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4ihjC 4i4tS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 4 types, 6 molecules ACBDEF
#1: Protein | Mass: 50204.445 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Bos taurus (cattle) / Organ: brain / References: UniProt: P81947 #2: Protein | Mass: 49999.887 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Bos taurus (cattle) / Organ: brain / References: UniProt: Q6B856 #3: Protein | | Mass: 16844.162 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rattus norvegicus (Norway rat) / Gene: Stmn4 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): NiCo21 (DE3) / References: UniProt: P63043 #4: Protein | | Mass: 44378.496 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Gallus gallus (chicken) / Gene: TTL / Plasmid: PA23_007_ggTTL_KH6_2-378_NSKn1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 (DE3) / References: UniProt: E1BQ43 |
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-Non-polymers , 7 types, 106 molecules
#5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-MG / #7: Chemical | #8: Chemical | ChemComp-CL / | #9: Chemical | #10: Chemical | ChemComp-MES / | #11: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.79 Å3/Da / Density % sol: 55.95 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.7 Details: 4-10% PEG 4000, 4-6% glycerol, 30 mM magnesium chloride, 30 mM calcium chloride, 100 mM MES/Imidazole , pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06DA / Wavelength: 0.99987 Å |
Detector | Type: PSI PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Jan 26, 2012 |
Radiation | Monochromator: vertically collimating mirror (M1, focus at infinity), followed by a Bartels Monochromator with dual channel cut crystals (DCCM) in (+--+) geometry, and a toroidal mirror (M2) to ...Monochromator: vertically collimating mirror (M1, focus at infinity), followed by a Bartels Monochromator with dual channel cut crystals (DCCM) in (+--+) geometry, and a toroidal mirror (M2) to vertically and horizontally focus the beam at the sample position (with 2:1 horizontal demagnification) Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.99987 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.6→62.3 Å / Num. all: 90649 / Num. obs: 90604 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 26.7 % / Biso Wilson estimate: 61.5 Å2 / Net I/σ(I): 23.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.6→2.67 Å / Redundancy: 25.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.07 / Num. unique all: 6591 / % possible all: 99.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: Difference Fourier Starting model: PDB ENTRY 4I4T Resolution: 2.6→62.275 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.99 / Phase error: 25.64 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.98 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.176 Å2 / ksol: 0.323 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.6→62.275 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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