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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 5m7e | |||||||||||||||||||||
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| Title | Tubulin-BKM120 complex | |||||||||||||||||||||
Components |
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Keywords | CELL CYCLE / TUBULIN FOLD / CYTOSKELETON / MICROTUBULE | |||||||||||||||||||||
| Function / homology | Function and homology informationtubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / microtubule-based process / cytoplasmic microtubule / cellular response to interleukin-4 / tubulin binding / spindle microtubule / protein modification process ...tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / microtubule-based process / cytoplasmic microtubule / cellular response to interleukin-4 / tubulin binding / spindle microtubule / protein modification process / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / neuron migration / neuron projection development / mitotic cell cycle / double-stranded RNA binding / microtubule cytoskeleton / growth cone / Hydrolases; Acting on acid anhydrides; Acting on GTP to facilitate cellular and subcellular movement / microtubule / neuron projection / cilium / protein heterodimerization activity / nucleotide binding / GTPase activity / ubiquitin protein ligase binding / GTP binding / Golgi apparatus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | |||||||||||||||||||||
| Biological species | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 2.046 Å | |||||||||||||||||||||
Authors | Bohnacker, T. / Prota, A.E. / Steinmetz, M.O. / Wymann, M.P. | |||||||||||||||||||||
| Funding support | Switzerland, Spain, United Kingdom, 6items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2017Title: Deconvolution of Buparlisib's mechanism of action defines specific PI3K and tubulin inhibitors for therapeutic intervention. Authors: Bohnacker, T. / Prota, A.E. / Beaufils, F. / Burke, J.E. / Melone, A. / Inglis, A.J. / Rageot, D. / Sele, A.M. / Cmiljanovic, V. / Cmiljanovic, N. / Bargsten, K. / Aher, A. / Akhmanova, A. / ...Authors: Bohnacker, T. / Prota, A.E. / Beaufils, F. / Burke, J.E. / Melone, A. / Inglis, A.J. / Rageot, D. / Sele, A.M. / Cmiljanovic, V. / Cmiljanovic, N. / Bargsten, K. / Aher, A. / Akhmanova, A. / Diaz, J.F. / Fabbro, D. / Zvelebil, M. / Williams, R.L. / Steinmetz, M.O. / Wymann, M.P. | |||||||||||||||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 5m7e.cif.gz | 914.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb5m7e.ent.gz | 746.3 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 5m7e.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 5m7e_validation.pdf.gz | 2.4 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 5m7e_full_validation.pdf.gz | 2.4 MB | Display | |
| Data in XML | 5m7e_validation.xml.gz | 82.9 KB | Display | |
| Data in CIF | 5m7e_validation.cif.gz | 115 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m7/5m7e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m7/5m7e | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 5jhaC ![]() 5jhbC ![]() 5m7gC ![]() 5m8dC ![]() 5m8gC ![]() 4i4tS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 |
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 4 types, 6 molecules ACBDEF
| #1: Protein | Mass: 50204.445 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() #2: Protein | Mass: 49999.887 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() #3: Protein | | Mass: 16844.162 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #4: Protein | | Mass: 44378.496 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
|---|
-Non-polymers , 9 types, 699 molecules 
















| #5: Chemical | | #6: Chemical | ChemComp-MG / #7: Chemical | #8: Chemical | #9: Chemical | #10: Chemical | ChemComp-MES / | #11: Chemical | ChemComp-SD5 / | #12: Chemical | ChemComp-ACP / | #13: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.84 Å3/Da / Density % sol: 56.66 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion / pH: 6.7 Details: 3% PEG 4000, 4-6% GLYCEROL, 30 MM MAGNESIUM CHLORIDE, 30 MM CALCIUM CHLORIDE, 100 MM MES/IMIDAZOLE |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06DA / Wavelength: 1 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Feb 20, 2013 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.046→44.932 Å / Num. obs: 187079 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 12.5 |
| Reflection shell | Resolution: 2.05→2.1 Å / Redundancy: 7 % / Rmerge(I) obs: 1.821 / Mean I/σ(I) obs: 12.5 / CC1/2: 0.359 / % possible all: 98.7 |
-
Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: FOURIER SYNTHESISStarting model: 4I4T Resolution: 2.046→44.932 Å / SU ML: 0.24 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 21.09
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.046→44.932 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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X-RAY DIFFRACTION
Switzerland,
Spain,
United Kingdom, 6items
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