+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4tv9 | ||||||||||||||||||
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Title | Tubulin-PM060184 complex | ||||||||||||||||||
Components |
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Keywords | CELL CYCLE / TUBULIN FOLD / CYTOSKELETON / MICROTUBULE | ||||||||||||||||||
Function / homology | Function and homology information tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / microtubule-based process / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / spindle microtubule / protein modification process / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization ...tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / microtubule-based process / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / spindle microtubule / protein modification process / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / microtubule cytoskeleton / neuron projection development / mitotic cell cycle / nervous system development / growth cone / Hydrolases; Acting on acid anhydrides; Acting on GTP to facilitate cellular and subcellular movement / microtubule / neuron projection / protein heterodimerization activity / GTPase activity / nucleotide binding / GTP binding / Golgi apparatus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||||||||||||||
Biological species | Rattus norvegicus (Norway rat) Gallus gallus (chicken) Bos taurus (cattle) | ||||||||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 2 Å | ||||||||||||||||||
Authors | Prota, A.E. / Bargsten, K. / Diaz, J.F. / Marsh, M. / Cuevas, C. / Liniger, M. / Neuhaus, C. / Andreu, J.M. / Altmann, K.H. / Steinmetz, M.O. | ||||||||||||||||||
Funding support | Switzerland, Spain, 5items
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Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2014 Title: A new tubulin-binding site and pharmacophore for microtubule-destabilizing anticancer drugs. Authors: Prota, A.E. / Bargsten, K. / Diaz, J.F. / Marsh, M. / Cuevas, C. / Liniger, M. / Neuhaus, C. / Andreu, J.M. / Altmann, K.H. / Steinmetz, M.O. | ||||||||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4tv9.cif.gz | 922 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4tv9.ent.gz | 759.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4tv9.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4tv9_validation.pdf.gz | 2.3 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4tv9_full_validation.pdf.gz | 2.2 MB | Display | |
Data in XML | 4tv9_validation.xml.gz | 83.6 KB | Display | |
Data in CIF | 4tv9_validation.cif.gz | 116.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/4tv9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tv/4tv9 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4tuyC 4tv8C 4i4tS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 4 types, 6 molecules ACBDEF
#1: Protein | Mass: 50204.445 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Bos taurus (cattle) / References: UniProt: P81947 #2: Protein | Mass: 49999.887 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Bos taurus (cattle) / References: UniProt: Q6B856 #3: Protein | | Mass: 16844.162 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: STATHMIN-LIKE DOMAIN, UNP Residues 49-189 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rattus norvegicus (Norway rat) / Gene: Stmn4 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P63043 #4: Protein | | Mass: 44378.496 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Gallus gallus (chicken) / Gene: TTL / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: E1BQ43 |
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-Non-polymers , 9 types, 762 molecules
#5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-MG / #7: Chemical | #8: Chemical | #9: Chemical | #10: Chemical | ChemComp-MES / | #11: Chemical | ChemComp-3H4 / ( | #12: Chemical | ChemComp-ACP / | #13: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.82 Å3/Da / Density % sol: 56.42 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.7 Details: 6% PEG, 16% glycerol, 30 mM magnesium chloride, 30 mM calcium chloride, 0.1M MES/0.1M imidazole |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06SA / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 3, 2013 |
Radiation | Monochromator: LN2 cooled fixed-exit SI(111) monochromator sagittally-horizontally focussed Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→52.05 Å / Num. obs: 199377 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 37.6 % / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 23.7 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.05 Å / Redundancy: 20.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 99.1 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: FOURIER SYNTHESIS Starting model: 4i4t Resolution: 2→52.044 Å / SU ML: 0.26 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 22.09 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→52.044 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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