PDB-4pdd: CRYSTAL STRUCTURE OF A TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING PROTEIN FR...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4pdd

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF A TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING PROTEIN FROM POLAROMONAS SP JS666 (Bpro_0088, TARGET EFI-510167) BOUND TO D-ERYTHRONATE

要素

TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

キーワード

SOLUTE-BINDING PROTEIN / TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING FAMILY / ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI / Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

transmembrane transport / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Polaromonas sp. JS666 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Stead, M. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hillerich, B. ...

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Experimental strategies for functional annotation and metabolism discovery: targeted screening of solute binding proteins and unbiased panning of metabolomes.
著者: Vetting, M.W. / Al-Obaidi, N. / Zhao, S. / San Francisco, B. / Kim, J. / Wichelecki, D.J. / Bouvier, J.T. / Solbiati, J.O. / Vu, H. / Zhang, X. / Rodionov, D.A. / Love, J.D. / Hillerich, B.S. ...

履歴

登録	2014年4月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年5月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年2月25日	Group: Database references
改定 1.2	2015年4月29日	Group: Non-polymer description
改定 1.3	2017年9月27日	Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / software Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_id_CSD ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.dist / _pdbx_validate_symm_contact.site_symmetry_2 / _software.classification
改定 2.0	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / Polymer sequence / カテゴリ: entity_poly / pdbx_audit_support Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4pdd.cif.gz	533.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4pdd.ent.gz	447.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4pdd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4pdd_validation.pdf.gz	483.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4pdd_full_validation.pdf.gz	487.6 KB	表示
XML形式データ	4pdd_validation.xml.gz	45.1 KB	表示
CIF形式データ	4pdd_validation.cif.gz	67.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pd/4pdd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pd/4pdd	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4ln5C 4mcoC 4mevC 4mhfC 4mijC 4mncC 4mniC 4mx6C 4n15C 4n17C 4n4uC 4n6dC 4n6kC 4n8gC 4n8yC 4n91C 4napC 4nf0C 4ng7C 4nguC 4nhbC 4nn3C 4nq8C 4nx1C 4o7mC 4o8mC 4o94C 4oa4C 4oanC 4ovpC 4ovqC 4ovrC 4ovsC 4ovtC 4p1eC 4p1lC 4p3lC 4p47C 4p56C 4p8bC 4p9kSC 4pafC 4paiC 4pakC 4pbhC 4pbqC 4pc9C 4pcdC 4pdhC 4pe3C 4petC 4pf6C 4pf8C 4pfbC 4pfiC 4pfrC 4pgnC 4pgpC 4uabC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4nq8-2 4n8g-4 5nof-1 4ct2-d 4n15-d 2vpo-2 4xeq-2 4xfe-d 4pdh-d 4mij-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: EFI-510167

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

B: TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

C: TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

ヘテロ分子

101 kDa, 3 ポリマー
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1

A: TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
33.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
33.7 kDa, 1 ポリマー
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3

C: TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
33.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	88.521, 126.647, 92.023
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 113.210, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	I121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-579- HOH

#1: タンパク質	TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit 分子量: 33313.051 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Polaromonas sp. JS666 (バクテリア) 遺伝子: Bpro_0088 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q12HD7
#2: 化合物	ChemComp-EAX / (2R,3R)-2,3,4-trihydroxybutanoic acid / erythronic acid / D-エリトロン酸分子量: 136.103 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₈O₅
#3: 化合物	ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID / マロン酸分子量: 104.061 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₄O₄
#4: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1031 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.14 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: Protein (34.6 mg/ml, 10 mM HEPES pH 7.5, 5 mM DTT, 1 mM D-ERYTHRONATE); Reservoir (0.1 M Bis-Tris Propane pH 7, 60 %(v/v) tacsimate); Cryoprotection (100% Tascimate pH 7.0)

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月9日 / 詳細: MIRRORS

放射

モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→31.59 Å / Num. obs: 101896 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 18.06 Å² / R_merge(I) obs: 0.097 / R_pim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 6.1 / Num. measured all: 348728 / Scaling rejects: 99

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_pim(I) all	% possible all
1.7-1.73	3.3	0.67	1.4	16437	5015	0.436	99.7
9.31-31.59	3.2	0.044	12.8	1941	605	0.029	92.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.1.27	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.1_1168)	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4P9K

4p9k

解像度: 1.7→28.426 Å / FOM work R set: 0.8886 / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.27 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1725	5076	4.99 %	Random Selection
R_work	0.1388	96644	-	-
obs	0.1405	101720	99.66 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 91.46 Å² / B_iso mean: 23.78 Å² / B_iso min: 9 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.7→28.426 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7004	0	108	1031	8143
B_iso mean	-	-	32.42	34.65	-
残基数	-	-	-	-	909

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	7256
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.248	9783
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	1085
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1285
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.136	2745

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.7-1.7193	0.2693	173	0.2348	3170	3343	99
1.7193-1.7395	0.2535	163	0.2156	3238	3401	100
1.7395-1.7608	0.2462	174	0.2118	3205	3379	99
1.7608-1.783	0.262	157	0.2053	3203	3360	99
1.783-1.8065	0.2285	164	0.199	3198	3362	99
1.8065-1.8312	0.2284	179	0.186	3190	3369	100
1.8312-1.8574	0.2488	156	0.1856	3222	3378	99
1.8574-1.8851	0.2558	165	0.1831	3231	3396	100
1.8851-1.9146	0.229	169	0.178	3192	3361	99
1.9146-1.946	0.2262	149	0.1757	3217	3366	100
1.946-1.9795	0.2194	168	0.1592	3219	3387	100
1.9795-2.0155	0.1791	183	0.15	3226	3409	100
2.0155-2.0542	0.1845	172	0.1441	3231	3403	100
2.0542-2.0962	0.1721	177	0.1437	3174	3351	100
2.0962-2.1417	0.1663	175	0.138	3221	3396	100
2.1417-2.1915	0.2063	151	0.1324	3231	3382	100
2.1915-2.2463	0.1662	189	0.1289	3206	3395	100
2.2463-2.307	0.1735	180	0.1326	3229	3409	100
2.307-2.3749	0.1602	183	0.1224	3209	3392	100
2.3749-2.4515	0.15	147	0.1222	3243	3390	100
2.4515-2.5391	0.1773	176	0.1283	3227	3403	100
2.5391-2.6406	0.1709	174	0.1334	3186	3360	100
2.6406-2.7607	0.1855	175	0.139	3257	3432	100
2.7607-2.9061	0.1679	165	0.1454	3218	3383	100
2.9061-3.088	0.171	169	0.1371	3262	3431	100
3.088-3.3261	0.1605	162	0.1313	3231	3393	100
3.3261-3.6602	0.1607	149	0.1219	3272	3421	100
3.6602-4.1884	0.1292	190	0.103	3221	3411	100
4.1884-5.2714	0.1212	170	0.1055	3256	3426	100
5.2714-28.43	0.1658	172	0.1541	3259	3431	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4867	0.8307	-0.8926	1.5128	-0.4046	1.0557	-0.0951	0.4841	-0.2281	-0.1896	0.1524	0.0578	0.1805	-0.089	-0.0611	0.1955	-0.0113	-0.0727	0.2809	-0.0783	0.1965	-6.0165	23.9357	17.3983
2	2.1399	0.3282	0.4589	2.0659	-1.5146	4.453	0.0101	0.1936	0.0823	0.0125	0.1269	0.3855	-0.3176	-0.3239	-0.1115	0.1619	0.022	-0.0252	0.1605	0.0078	0.1838	-3.6322	38.1934	23.3513
3	2.4256	0.2631	-0.1057	1.292	-0.143	1.0278	0.0683	0.1253	-0.0606	-0.0442	-0.0071	0.047	-0.0228	0.128	-0.058	0.1354	0.0045	-0.0094	0.1437	-0.009	0.0821	9.7196	34.6956	25.4447
4	3.1694	0.0789	-1.6044	1.5474	-0.4194	3.7243	-0.0119	0.1466	-0.4703	-0.0099	0.0118	-0.0881	0.2472	0.158	-0.023	0.1637	0.0107	-0.0363	0.111	-0.0489	0.1556	13.0137	25.6342	27.7691
5	0.6972	-0.0687	-0.2431	0.6348	-0.2655	0.8952	0.068	0.4443	-0.0732	-0.147	-0.0866	-0.0566	-0.0918	0.0855	-0.0256	0.1952	-0.0003	-0.0046	0.3181	0.0054	0.0775	15.2183	39.1952	14.0617
6	3.738	1.1813	-0.8576	1.5674	-0.4615	1.5599	0.0178	0.1618	0.1987	-0.0869	0.0107	0.0098	-0.1338	0.0446	-0.0241	0.1753	0.0078	0.0039	0.2052	0.0019	0.1086	15.4151	47.0739	19.8149
7	1.7881	0.5575	-0.2879	0.2599	0.0238	1.5209	-0.04	0.56	0.2273	-0.1188	0.0862	0.0829	-0.0581	-0.0343	-0.0191	0.2211	0.0038	-0.0282	0.3366	0.0358	0.0844	7.9443	45.9011	11.2142
8	0.9981	-0.6897	0.6452	1.0043	-1.3483	1.9584	-0.007	0.5987	-0.0491	-0.4046	0.0661	0.1211	0.0654	-0.1626	0.0104	0.2722	-0.0157	-0.0309	0.4913	-0.0281	0.0884	13.2593	40.5408	7.375
9	1.2591	0.3121	-0.5825	1.3044	-0.9286	2.5809	-0.0243	0.3845	-0.4927	-0.2414	0.1382	0.0546	0.234	0.0892	-0.0031	0.1917	-0.015	-0.061	0.2808	-0.145	0.2028	3.4368	24.1664	18.5783
10	0.2447	-0.1249	0.7836	1.0673	-0.3172	2.9122	-0.009	0.4514	-0.0642	-0.1478	-0.0858	-0.0749	-0.0285	-0.0079	0.0431	0.1835	-0.0025	0.0378	0.3506	-0.0155	0.1314	24.1079	40.9024	16.4255
11	4.9107	-0.5785	0.3581	8.5909	1.5219	4.9887	0.0155	0.3604	-0.4193	-0.1489	-0.0865	-0.0234	0.2622	0.1993	0.2177	0.1358	0.0227	-0.0129	0.1833	-0.0291	0.1895	25.4244	27.9579	28.9126
12	1.5019	-0.0341	0.2678	1.4835	0.0672	0.7035	0.021	-0.1862	-0.0858	0.0787	-0.015	0.5141	-0.0703	-0.1615	0.0076	0.1521	0.0055	0.0343	0.1583	0.0518	0.3123	-7.2235	35.9011	53.0212
13	2.1367	-0.997	0.9541	3.22	-1.2551	1.8978	-0.0984	-0.2642	0.1301	0.176	0.0154	-0.0967	-0.0797	0.0047	0.0759	0.1498	0.0098	0.042	0.1566	0.0167	0.1131	6.0049	41.2823	58.5431
14	0.9234	-0.6624	0.3139	1.6301	-0.1497	0.2935	0.032	-0.1206	-0.1617	-0.0631	0.0677	0.1047	0.0714	-0.0222	-0.0836	0.1488	-0.0089	0.0261	0.1489	0.076	0.1955	6.3419	22.5711	53.5056
15	3.1098	-1.545	0.1716	2.8475	-0.2283	0.61	0.0131	0.1236	-0.1693	-0.086	0.0152	0.1085	0.0285	0.0448	-0.0214	0.1478	-0.0101	-0.0045	0.1424	0.0512	0.1594	9.8187	23.3332	44.4972
16	0.5881	0.0134	0.0789	0.9443	0.0058	0.8636	0.0285	-0.1009	-0.2546	0.0065	0.0639	0.3167	0.1115	-0.1364	-0.0806	0.1598	-0.0226	-0.0115	0.1546	0.093	0.2793	0.974	17.8657	49.6389
17	0.3029	-0.1364	0.3684	3.9586	-0.2514	0.4566	-0.0468	-0.2687	-0.1119	0.2022	0.0259	0.2999	0.0218	-0.1157	0.0245	0.1513	0.0064	0.0847	0.2384	0.072	0.2593	-6.2518	36.2446	60.5358
18	1.7931	1.0107	-0.2064	1.5329	0.1999	0.6317	0.018	-0.2015	-0.3396	0.1391	0.0185	-0.0829	0.0349	-0.0439	-0.0275	0.1564	0.0116	-0.0039	0.1357	0.0573	0.1882	15.7326	22.0789	53.9043
19	4.5597	1.2329	-2.2494	5.0666	-0.7047	2.1483	0.0273	-0.5375	-0.0698	0.2386	-0.0647	0.0889	-0.1275	0.0776	0.0078	0.1607	0.0046	0.0078	0.243	0.0267	0.1514	18.1337	38.7886	60.273
20	0.9819	0.2897	0.4445	0.867	0.145	3.1499	-0.0475	0.1593	0.2411	-0.1308	-0.005	0.0879	-0.231	-0.2311	0.0646	0.161	0.039	-0.0189	0.1767	0.049	0.2231	-8.2221	66.8699	26.9499
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22	2.4563	1.2196	0.7667	3.241	1.5505	2.3401	-0.0863	0.1959	0.2089	-0.2386	0.0653	-0.1516	-0.1448	0.1622	0.0196	0.137	-0.0104	0.013	0.1253	0.0504	0.1314	12.5006	60.7336	29.8933
23	1.2466	0.024	-0.3151	0.9447	1.0914	1.615	-0.0183	-0.2106	0.2561	0.1365	0.0594	-0.0091	0.1635	0.2352	-0.0558	0.1177	0.0175	-0.0072	0.1225	-0.0291	0.1517	7.6384	65.8592	47.978
24	3.0699	0.0669	1.2974	2.1082	0.9501	2.8111	-0.0481	-0.2924	0.0011	0.1078	0.0521	-0.0767	0.0694	0.08	-0.0168	0.133	0.0036	0.0019	0.1297	-0.0061	0.1027	8.1889	57.1067	52.2376
25	1.233	0.2071	-0.2893	1.1414	0.1471	1.1555	-0.0269	-0.2012	0.14	0.0852	0.0116	0.114	-0.0159	-0.0428	-0.0033	0.1478	0.0158	0.0101	0.1668	-0.0471	0.1683	-1.2966	63.4944	52.6116
26	2.7205	-0.3555	-1.5683	1.4061	0.7224	2.9636	-0.0076	-0.2284	0.3813	0.0821	-0.0148	0.1885	-0.1775	-0.1122	0.0131	0.1227	0.0061	-0.0008	0.1298	-0.0556	0.2181	3.3753	70.3751	51.4998
27	1.4796	-0.2412	0.9742	1.7476	0.5279	6.6164	-0.0099	0.4282	-0.0745	-0.1714	0.0074	0.1618	0.3037	-0.1877	0.0006	0.1356	-0.0096	-0.0031	0.2093	-0.0088	0.1319	-2.4346	55.8554	23.5251
28	1.5684	0.1988	-0.0987	1.6752	1.8988	4.8865	0.0308	0.1648	0.4075	-0.2171	0.0288	-0.0522	-0.5675	-0.0742	-0.0782	0.1903	0.0259	-0.0094	0.1257	0.0789	0.2715	2.3036	72.551	32.1722
29	2.1738	-1.1871	-0.489	1.6207	0.2345	0.8284	-0.1018	-0.3085	0.3748	0.0475	0.1663	-0.0943	0.0096	0.0612	-0.0601	0.1521	-0.0075	-0.0113	0.1852	-0.047	0.187	16.2571	64.696	51.2575
30	4.2795	-0.3169	-0.9145	5.5105	-2.3564	5.8793	-0.15	0.3398	0.4881	-0.0809	0.1768	-0.1683	-0.1892	0.1475	-0.0633	0.1184	-0.0214	0.0022	0.1787	0.0415	0.1816	24.0029	60.9659	35.3581

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 33 through 71 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 72 through 88 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 89 through 119 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 120 through 142 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 143 through 170 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 171 through 190 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 191 through 223 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 224 through 241 )	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 242 through 291 )	A
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 292 through 320 )	A
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 321 through 334 )	A
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 33 through 119 )	B
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 120 through 142 )	B
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 143 through 170 )	B
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 171 through 190 )	B
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 191 through 242 )	B
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 243 through 291 )	B
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 292 through 320 )	B
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 321 through 334 )	B
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 33 through 71 )	C
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 72 through 119 )	C
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 120 through 142 )	C
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 143 through 170 )	C
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resid 171 through 190 )	C
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'C' and (resid 191 through 223 )	C
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'C' and (resid 224 through 241 )	C
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'C' and (resid 242 through 256 )	C
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'C' and (resid 257 through 291 )	C
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'C' and (resid 292 through 320 )	C
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'C' and (resid 321 through 334 )	C

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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