PDB-4p56: CRYSTAL STRUCTURE OF A TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING PROTEIN FR...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4p56

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF A TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING PROTEIN FROM BORDETELLA BRONCHISEPTICA, TARGET EFI-510038 (BB2442), WITH BOUND (R)-MANDELATE and (S)-MANDELATE

要素

Putative extracellular solute-binding protein

キーワード

SOLUTE-BINDING PROTEIN / TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING FAMILY / ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI / Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

transmembrane transport
類似検索 - 分子機能

生物種

Bordetella bronchiseptica (気管支敗血症菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Stead, M. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hillerich, B. ...

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Experimental strategies for functional annotation and metabolism discovery: targeted screening of solute binding proteins and unbiased panning of metabolomes.
著者: Vetting, M.W. / Al-Obaidi, N. / Zhao, S. / San Francisco, B. / Kim, J. / Wichelecki, D.J. / Bouvier, J.T. / Solbiati, J.O. / Vu, H. / Zhang, X. / Rodionov, D.A. / Love, J.D. / Hillerich, B.S. ...

履歴

登録	2014年3月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年5月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年2月4日	Group: Derived calculations
改定 1.2	2015年2月25日	Group: Database references
改定 1.3	2017年9月27日	Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / struct_keywords Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text
改定 1.4	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein
改定 1.6	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb4p56.ent.gz	456.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4p56.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4p56_validation.pdf.gz	484.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4p56_full_validation.pdf.gz	489.3 KB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p5/4p56 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p5/4p56	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4ln5C 4mcoC 4mevC 4mhfC 4mijC 4mncC 4mniC 4mx6C 4n15C 4n17C 4n4uC 4n6dC 4n6kC 4n8gC 4n8yC 4n91C 4napC 4nf0C 4ng7C 4nguC 4nhbC 4nn3C 4nq8C 4nx1C 4o7mC 4o8mC 4o94C 4oa4C 4oanC 4ovpC 4ovqC 4ovrC 4ovsC 4ovtC 4p1eC 4p1lC 4p3lC 4p47C 4p8bC 4p9kC 4pafC 4paiC 4pakC 4pbhC 4pbqC 4pc9C 4pcdC 4pddC 4pdhC 4pe3C 4petC 4pf6C 4pf8C 4pfbC 4pfiC 4pfrC 4pgnC 4pgpC 4uabC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2vpo-2 4mx6-d 5i5p-1 2vpn-1 2x8e-d 4xeq-4 5t1t-3 4oan-2 4yo6-3 3fxb-1 5gtn-d 4z16-4 5yvc-d 4ztn-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: EFI-510038

-
リンク

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登録構造単位

A: Putative extracellular solute-binding protein

B: Putative extracellular solute-binding protein

C: Putative extracellular solute-binding protein

ヘテロ分子

114 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Putative extracellular solute-binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.1 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Putative extracellular solute-binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.8 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Putative extracellular solute-binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	74.402, 82.635, 80.575
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.840, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Putative extracellular solute-binding protein / TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING PROTEIN 分子量: 37611.004 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bordetella bronchiseptica (気管支敗血症菌) 株: RB50 / 遺伝子: BB2442 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7WJQ1, UniProt: A0A0H3LM73*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-RMN / (R)-MANDELIC ACID / (R)-(-)-マンデル酸分子量: 152.147 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#4: 化合物	ChemComp-SMN / (S)-MANDELIC ACID / (S)-マンデル酸分子量: 152.147 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 916 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.96 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Protein (30.10 mg/ml, 10 mM HEPES pH 7.5, 5 mM DTT, 10mM pparamandelic acid); Reservoir (0.1 M Tris pH 8.5, 30 %(w/v) PEG 1000); Cryoprotection (80% PEG1000, 20% Reservoir)

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月24日 / 詳細: MIRRORS

放射

モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→100 Å / Num. obs: 71761 / % possible obs: 93.2 % / 冗長度: 6.4 % / B_iso Wilson estimate: 19.29 Å² / R_merge(I) obs: 0.092 / Χ²: 0.993 / Net I/av σ(I): 18.731 / Net I/σ(I): 8.7 / Num. measured all: 462324

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.9-1.93	5.7	0.849	3579	0.814	93.2
1.93-1.97	5.7	0.65	3568	0.802	92.9
1.97-2.01	5.8	0.499	3552	0.829	92.5
2.01-2.05	5.9	0.439	3486	0.838	92.1
2.05-2.09	5.9	0.367	3553	0.851	91.8
2.09-2.14	6	0.311	3504	0.84	91.5
2.14-2.19	6.1	0.272	3465	0.857	90.7
2.19-2.25	6.1	0.236	3459	0.884	90.5
2.25-2.32	6.2	0.207	3495	0.888	90.5
2.32-2.39	6.3	0.19	3428	0.901	90.1
2.39-2.48	6.3	0.173	3477	0.942	89.9
2.48-2.58	6.3	0.147	3450	1.008	89.8
2.58-2.7	6.5	0.142	3437	1.159	89.6
2.7-2.84	6.5	0.121	3492	1.278	90.3
2.84-3.02	6.6	0.105	3567	1.378	93
3.02-3.25	6.7	0.079	3745	1.218	97.7
3.25-3.58	7.1	0.063	3859	1.144	99.4
3.58-4.09	7.6	0.053	3850	1.14	99.9
4.09-5.16	7.7	0.044	3891	1.054	100
5.16-100	7.4	0.041	3904	0.811	98.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ削減
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.1_1168)	精密化

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.9→26.798 Å / FOM work R set: 0.8764 / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.86 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2011	3581	5.02 %
R_work	0.15	67738	-
obs	0.1526	71319	92.12 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 80.94 Å² / B_iso mean: 20.47 Å² / B_iso min: 4.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.9→26.798 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7209	0	120	916	8245
B_iso mean	-	-	29.89	28.41	-
残基数	-	-	-	-	947

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	7467
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.294	10133
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	1133
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1314
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.537	2664

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 26

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.9-1.9208	0.2286	105	0.196	2111	2216	74
1.9208-1.9471	0.2699	160	0.1922	2509	2669	91
1.9471-1.9749	0.2427	127	0.1848	2564	2691	91
1.9749-2.0044	0.2479	109	0.1819	2618	2727	92
2.0044-2.0357	0.2435	130	0.1739	2578	2708	92
2.0357-2.069	0.2253	144	0.1654	2577	2721	91
2.069-2.1047	0.2356	128	0.1598	2579	2707	92
2.1047-2.143	0.2182	136	0.1497	2535	2671	91
2.143-2.1842	0.2122	133	0.1476	2578	2711	90
2.1842-2.2287	0.2248	124	0.1449	2545	2669	91
2.2287-2.2772	0.19	146	0.1372	2530	2676	91
2.2772-2.3301	0.2097	148	0.1385	2529	2677	90
2.3301-2.3883	0.1707	122	0.1452	2555	2677	90
2.3883-2.4529	0.2084	128	0.1471	2528	2656	90
2.4529-2.525	0.2002	138	0.1491	2535	2673	89
2.525-2.6064	0.2065	132	0.1476	2513	2645	90
2.6064-2.6995	0.1943	146	0.1596	2515	2661	89
2.6995-2.8075	0.2353	142	0.1519	2529	2671	90
2.8075-2.9351	0.2352	121	0.1659	2592	2713	91
2.9351-3.0896	0.1997	137	0.16	2704	2841	95
3.0896-3.2829	0.2252	162	0.1563	2777	2939	98
3.2829-3.5359	0.1888	176	0.1497	2790	2966	99
3.5359-3.8907	0.1768	139	0.1376	2842	2981	100
3.8907-4.4515	0.1711	161	0.1262	2851	3012	100
4.4515-5.6	0.1831	141	0.1269	2857	2998	100
5.6-26.8009	0.1748	146	0.1626	2897	3043	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1981	-0.8102	-0.7207	0.7761	0.4777	1.2954	-0.0958	0.0563	-0.3731	0.1094	-0.0378	0.199	0.3148	-0.0154	0.0942	0.2223	-0.0063	0.0197	0.0828	-0.0195	0.129	30.8666	37.4633	9.1191
2	1.878	-0.9432	0.2055	1.5316	-0.1074	0.8302	0.0034	-0.0808	-0.0507	0.1733	0.0107	-0.0694	0.1071	0.008	-0.018	0.1782	0.0002	-0.0125	0.0601	-0.0051	0.0707	31.4259	42.5999	18.4029
3	1.8447	-0.2746	-0.2513	0.8773	0.128	0.3014	-0.0557	0.1214	0.132	0.0719	-0.0034	-0.0167	-0.1363	0.0168	0.0503	0.1776	-0.0229	-0.0158	0.0596	-0.0137	0.1007	28.088	58.9261	5.6657
4	2.1224	-0.0593	0.1595	0.9804	0.1386	0.9342	-0.1219	0.1279	0.0933	0.0674	0.0496	0.0811	-0.0415	-0.1213	0.0678	0.1196	-0.0083	-0.0009	0.0483	-0.0122	0.0653	17.6794	56.6141	10.264
5	1.9897	0.8985	-0.2747	2.4424	-1.0748	1.6051	-0.0681	-0.081	0.1136	0.2198	-0.0409	0.1651	-0.0093	-0.053	0.0907	0.1485	0.0249	0.0419	0.1051	-0.0307	0.1153	11.3633	55.1746	15.7474
6	2.2134	-0.4153	-0.5094	1.3475	0.4586	1.9026	-0.1381	0.1527	-0.2572	-0.07	0.0128	0.1763	0.138	-0.2934	0.0863	0.1061	-0.0312	0.0056	0.1307	-0.0157	0.103	8.9612	50.1233	7.4459
7	3.4422	-1.453	0.4051	1.9711	0.669	2.213	-0.045	0.0112	0.1955	0.185	0.1327	-0.3478	0.1135	0.3603	-0.1099	0.1331	-0.0035	-0.0147	0.0739	-0.032	0.1464	42.3906	44.5651	11.2853
8	6.8349	0.2692	1.1799	1.0412	0.253	1.812	-0.0128	0.5445	-0.1473	-0.0734	0.0368	0.0559	0.1243	-0.1535	0.0288	0.1377	-0.0161	0.018	0.1531	-0.0556	0.0769	21.9396	45.283	-0.8482
9	3.151	1.6478	1.5193	3.6238	1.5838	2.8845	-0.2859	0.4393	0.3995	-0.3987	0.2082	0.5002	-0.2168	-0.2264	0.0834	0.1403	-0.0133	-0.0462	0.2674	0.0599	0.2161	6.9397	61.6335	0.0544
10	4.251	1.1829	0.9296	1.7074	0.0146	1.4365	-0.1163	0.2601	0.3895	-0.0146	0.0412	0.2394	-0.0763	0.0483	0.0654	0.1811	-0.0375	-0.0055	0.09	0.0069	0.1224	29.6681	70.875	9.8431
11	3.5579	1.4236	1.2734	3.9917	0.897	2.7782	-0.0339	0.3851	-0.0878	-0.6671	0.1266	0.232	0.2867	-0.1167	-0.0835	0.3541	-0.0813	-0.0372	0.1656	0.0381	0.1246	29.2108	62.8463	-4.2552
12	0.9594	-0.2429	0.0612	0.8499	0.3246	2.4095	-0.0656	-0.0453	-0.0249	0.0783	0.0287	0.1796	0.2578	-0.3255	0.0269	0.0834	-0.0256	0.0146	0.1016	0.0127	0.1681	21.938	33.8489	55.3598
13	1.0862	0.0005	-0.2241	0.8502	0.2526	1.4467	0.0087	0.0254	0.0923	-0.0812	0.0089	-0.0154	-0.0817	0.2514	-0.0052	0.0692	-0.0139	-0.0067	0.0937	0.0248	0.1057	37.9769	41.0129	51.867
14	1.074	-0.4392	-0.6837	1.045	0.7019	2.4285	-0.0673	-0.0767	0.1265	-0.0018	0.0752	0.1408	-0.0532	0.2263	-0.0072	0.0401	-0.0063	-0.0026	0.0771	0.03	0.1254	36.2931	41.3221	51.7373
15	1.7081	-0.0541	0.1094	1.584	0.3267	1.4943	0.0433	0.0929	0.0641	-0.1745	-0.0133	-0.0635	-0.0425	0.1921	-0.0322	0.1447	0.0021	0.0184	0.1422	0.0488	0.0817	40.577	35.0947	31.7964
16	1.172	-0.1989	0.0998	1.1563	-0.378	2.4155	-0.0243	0.0718	-0.1844	-0.1612	-0.0187	0.0106	0.2621	0.0908	0.0242	0.1302	0.0246	0.0017	0.0817	-0.0071	0.0769	38.7313	27.5855	36.4091
17	3.1302	-0.9669	-1.9636	1.6975	0.2814	3.7934	-0.1015	-0.2547	0.1254	0.2268	-0.0138	0.0758	-0.1002	-0.0631	0.1012	0.0639	-0.0163	-0.0039	0.0746	-0.0407	0.0962	24.7808	41.511	64.5226
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19	3.0458	1.5163	-0.2451	6.2038	-0.2035	1.6419	-0.0056	0.0656	-0.2168	-0.2509	0.0001	-0.4484	0.2813	0.5397	0.009	0.141	0.0645	0.026	0.3098	0.0183	0.1349	51.9504	27.7028	35.9075
20	2.7918	-0.3766	-0.7819	3.8283	1.5415	5.6142	0.2097	0.1049	0.3601	-0.0077	-0.0608	-0.1701	-0.2558	0.2408	-0.1615	0.0866	-0.0749	0.0133	0.2253	0.011	0.1968	49.6852	51.0161	49.6617
21	1.2324	0.4729	0.1181	1.9669	-0.0568	0.28	0.0082	-0.2081	-0.1062	0.0802	-0.0141	-0.2246	0.0704	0.1164	-0.0673	0.0185	-0.0012	-0.0134	0.4472	0.0507	0.1872	51.5428	36.7137	58.2441
22	1.7384	0.7212	0.3913	2.1304	0.9101	2.8848	0.0273	-0.1024	-0.0812	0.3115	-0.004	-0.0619	0.1098	0.232	-0.0155	0.1066	0.0195	0.0198	0.126	0.0237	0.1215	3.4829	13.4876	51.435
23	0.1202	0.252	0.1696	0.6501	0.5695	1.6533	-0.1668	0.1375	0.2499	-0.2823	-0.0358	0.1847	-0.9194	0.281	0.0113	0.3713	-0.0883	-0.0854	0.1852	0.0797	0.2545	1.5133	21.8467	34.6362
24	1.0546	-0.2032	-0.1137	1.6732	0.6486	2.0487	0.0213	0.2527	0.0746	-0.2816	-0.2331	0.3433	-0.2041	-0.2204	0.2041	0.1352	0.0044	-0.0734	0.2217	0.0068	0.2119	-6.7412	7.1183	22.1441
25	0.5909	0.0972	0.1672	0.9604	0.9303	2.4027	-0.0516	0.0549	0.0596	0.0552	-0.0423	0.0995	-0.0113	0.144	0.0856	0.0749	-0.0195	-0.0038	0.1312	0.0707	0.1848	1.9117	10.4953	38.2918
26	1.5463	-0.2703	0.5193	1.0741	0.5713	1.0008	0.0388	0.2573	0.0716	-0.2086	-0.0634	0.0211	-0.1272	0.5301	-0.0056	0.1186	-0.0494	0.0122	0.3685	0.1004	0.1675	8.1876	9.7209	25.6206
27	0.1503	0.2505	-0.221	0.6046	-0.442	0.5377	-0.1305	-0.0309	0.0675	-0.1391	-0.0418	-0.0187	-0.3297	0.1612	0.1025	0.9242	-0.167	-0.1145	0.3256	0.2458	0.4003	2.3198	29.7318	26.3127

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 27 through 57 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 58 through 94 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 95 through 128 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 129 through 173 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 174 through 200 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 201 through 236 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 237 through 262 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 263 through 285 )	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 286 through 309 )	A
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 310 through 324 )	A
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 325 through 341 )	A
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 26 through 81 )	B
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 82 through 128 )	B
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 129 through 153 )	B
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 154 through 200 )	B
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 201 through 236 )	B
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 237 through 262 )	B
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 263 through 285 )	B
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 286 through 307 )	B
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 308 through 324 )	B
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'B' and (resid 325 through 342 )	B
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 26 through 91 )	C
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 92 through 153 )	C
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resid 154 through 191 )	C
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'C' and (resid 192 through 262 )	C
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'C' and (resid 263 through 309 )	C
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'C' and (resid 310 through 340 )	C

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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