PDB-4p47: CRYSTAL STRUCTURE OF A TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING PROTEIN FR...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4p47

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF A TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING PROTEIN FROM OCHROBACTRUM ANTHROPI (Oant_4429), TARGET EFI-510151, C-TERMIUS BOUND IN LIGAND BINDING POCKET

要素

TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

キーワード

SOLUTE-BINDING PROTEIN / TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING FAMILY / ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI / Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

transmembrane transport / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Ochrobactrum anthropi (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Stead, M. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hillerich, B. ...

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Experimental strategies for functional annotation and metabolism discovery: targeted screening of solute binding proteins and unbiased panning of metabolomes.
著者: Vetting, M.W. / Al-Obaidi, N. / Zhao, S. / San Francisco, B. / Kim, J. / Wichelecki, D.J. / Bouvier, J.T. / Solbiati, J.O. / Vu, H. / Zhang, X. / Rodionov, D.A. / Love, J.D. / Hillerich, B.S. ...

履歴

登録	2014年3月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年4月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年4月30日	Group: Data collection
改定 1.2	2015年2月4日	Group: Derived calculations
改定 1.3	2015年2月25日	Group: Database references
改定 1.4	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / software / struct_keywords Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification / _struct_keywords.text
改定 1.5	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.6	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4p47.cif.gz	202.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4p47.ent.gz	163.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4p47.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p4/4p47 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p4/4p47	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ln5C 4mcoC 4mevC 4mhfC 4mijC 4mncC 4mniC 4mx6C 4n15C 4n17C 4n4uC 4n6dC 4n6kC 4n8gC 4n8yC 4n91C 4napC 4nf0C 4ng7C 4nguC 4nhbC 4nn3C 4nq8C 4nx1C 4o7mC 4o8mC 4o94C 4oa4C 4oanC 4ovpC 4ovqC 4ovrC 4ovsC 4ovtC 4p1eC 4p1lC 4p3lC 4p56C 4p8bC 4p9kC 4pafC 4paiC 4pakC 4pbhC 4pbqC 4pc9C 4pcdC 4pddC 4pdhC 4pe3C 4petC 4pf6C 4pf8C 4pfbC 4pfiC 4pfrC 4pgnC 4pgpC 4uabC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6wrn-d 6wrq-d 4uy5-d 3pu8-2 3d6v-d 3pus-1 4uy7-2 2ts1-d 4qpa-1 4qxc-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: EFI-510151

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

38.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.183, 68.695, 76.431
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit / TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING PROTEIN 分子量: 38050.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Ochrobactrum anthropi (バクテリア) 株: ATCC 49188 / 遺伝子: Oant_4429 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A6X7C5
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 481 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit / TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING PROTEIN

分子量: 38050.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Ochrobactrum anthropi (バクテリア)
株: ATCC 49188 / 遺伝子: Oant_4429 / プラスミド: pET / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A6X7C5

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 481 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.19 % / 解説: Thick Leaf Peddles
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Protein (40.24 mg/ml, 10 mM HEPES pH 7.5, 5 mM DTT); Reservoir (0.2 M Ammonium Sulfate, 20 %(w/v) PEG 3350); Cryoprotection (20% ethylene glycol, 80% reservoir)

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月17日 / 詳細: MIRRORS

放射

モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.3→25.535 Å / Num. all: 70496 / Num. obs: 70496 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 10.59 Å² / R_pim(I) all: 0.043 / R_rim(I) all: 0.116 / R_sym value: 0.108 / Net I/av σ(I): 4.825 / Net I/σ(I): 9.9 / Num. measured all: 493001

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_pim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.3-1.37	6.2	0.782	1	61852	10037	0.331	0.782	2.4	98.6
1.37-1.45	6.9	0.589	1.3	66636	9592	0.235	0.589	3.4	99.5
1.45-1.55	7	0.385	2	63580	9093	0.154	0.385	5	99.7
1.55-1.68	7.1	0.262	2.9	60269	8517	0.104	0.262	6.9	99.9
1.68-1.84	7.2	0.182	4.2	56156	7812	0.072	0.182	9.1	100
1.84-2.06	7.3	0.116	6.2	51954	7117	0.046	0.116	12.8	100
2.06-2.37	7.3	0.108	5.9	46485	6345	0.043	0.108	16.7	100
2.37-2.91	7.3	0.093	6.5	39352	5372	0.037	0.093	19.6	100
2.91-4.11	7.2	0.055	10.8	30591	4226	0.022	0.055	24.8	100
4.11-25.535	6.8	0.054	10.8	16126	2385	0.023	0.054	25	97.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.20	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.1_1168)	精密化

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.3→23.935 Å / FOM work R set: 0.8972 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.39 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.188	3562	5.06 %	Random Selection
R_work	0.1635	66867	-	-
obs	0.1648	70429	99.49 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 67.57 Å² / B_iso mean: 14.88 Å² / B_iso min: 4.95 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.3→23.935 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2492	0	0	491	2983
B_iso mean	-	-	-	24.98	-
残基数	-	-	-	-	320

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	2589
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.253	3511
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	397
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	465
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.367	982

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 25

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.3-1.3178	0.2831	132	0.274	2577	2709	97
1.3178-1.3366	0.2947	143	0.2547	2595	2738	99
1.3366-1.3566	0.2202	126	0.2384	2663	2789	99
1.3566-1.3778	0.2601	137	0.2221	2604	2741	99
1.3778-1.4004	0.2265	153	0.2018	2636	2789	99
1.4004-1.4245	0.2441	127	0.2019	2669	2796	100
1.4245-1.4504	0.2241	107	0.1975	2658	2765	99
1.4504-1.4783	0.2278	143	0.1918	2654	2797	99
1.4783-1.5085	0.2189	133	0.1828	2680	2813	100
1.5085-1.5413	0.2003	140	0.1651	2636	2776	100
1.5413-1.5771	0.1884	150	0.1611	2623	2773	100
1.5771-1.6166	0.181	166	0.1521	2667	2833	100
1.6166-1.6603	0.2005	139	0.1476	2676	2815	100
1.6603-1.7091	0.1748	156	0.1557	2648	2804	100
1.7091-1.7642	0.176	145	0.1489	2680	2825	100
1.7642-1.8273	0.1674	148	0.1503	2663	2811	100
1.8273-1.9004	0.2001	154	0.1469	2679	2833	100
1.9004-1.9869	0.1902	128	0.1475	2690	2818	100
1.9869-2.0916	0.1499	131	0.145	2714	2845	100
2.0916-2.2225	0.1605	154	0.141	2688	2842	100
2.2225-2.394	0.1619	155	0.1474	2697	2852	100
2.394-2.6346	0.1929	145	0.1565	2738	2883	100
2.6346-3.0152	0.1873	170	0.163	2716	2886	100
3.0152-3.7964	0.1796	139	0.1535	2771	2910	100
3.7964-23.9389	0.1796	141	0.1683	2845	2986	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2224	-0.2827	-0.0246	0.2033	-0.0481	0.2165	-0.0171	0.0697	-0.1196	0.0459	0.1251	-0.1816	0.0349	0.1883	0.0021	0.0928	-0.0026	-0.0175	0.0996	-0.0251	0.096	13.0456	-3.234	35.7546
2	0.8752	0.2969	0.2236	0.5738	0.1539	0.1161	0.0133	0.0014	0.0539	0.0825	0.0006	-0.0026	0.0218	0.0129	-0	0.0618	-0	0.0078	0.0463	0.0005	0.0387	0.5573	1.2391	30.816
3	0.4728	0.0226	-0.1474	0.3014	0.0789	0.3361	0.0611	-0.0212	0.0558	0.0095	-0.0768	0.1219	0.0552	-0.0578	0.0127	0.0731	-0.0033	-0.002	0.0732	-0.01	0.0688	-22.2235	-11.3729	26.2104
4	0.5864	0.2632	0.1653	0.5546	0.1673	0.1116	0.0039	0.0255	-0.0152	0.0238	0.015	-0.0787	0.0143	0.0167	-0.0729	0.0578	0.0019	-0.0013	0.0511	-0.0025	0.0479	-1.9019	-5.5339	24.3196
5	0.5804	0.0288	-0.0422	0.1547	-0.0166	0.0939	0.0286	0.0276	0.1404	-0.0533	-0.0719	0.0792	-0.0611	-0.0565	0.0068	0.1035	0.0154	-0.0042	0.1062	-0.0088	0.0937	-20.6101	1.8014	19.2203
6	-0.088	0.0013	0.0213	-0.3185	0.088	0.044	-0.0614	0.0243	0.2008	-0.0245	-0.0272	0.1072	0.0332	-0.1063	-0	0.1718	-0.0149	0.0251	0.1511	-0.0055	0.1721	-12.3636	11.8012	13.6911

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 26 through 42 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 43 through 156 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 157 through 205 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 206 through 289 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 290 through 319 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 320 through 345 )	A

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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