PDB-4ovr: CRYSTAL STRUCTURE OF A TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING PROTEIN FR...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ovr

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF A TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING PROTEIN FROM XANTHOBACTER AUTOTROPHICUS PY2, TARGET EFI-510329, WITH BOUND BETA-D-GALACTURONATE

要素

TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

キーワード

SOLUTE-BINDING PROTEIN / TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING FAMILY / STRUCTURAL GENOMICS / ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI

機能・相同性

機能・相同性情報

transmembrane transport / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Xanthobacter autotrophicus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Stead, M. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. ...

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Experimental strategies for functional annotation and metabolism discovery: targeted screening of solute binding proteins and unbiased panning of metabolomes.
著者: Vetting, M.W. / Al-Obaidi, N. / Zhao, S. / San Francisco, B. / Kim, J. / Wichelecki, D.J. / Bouvier, J.T. / Solbiati, J.O. / Vu, H. / Zhang, X. / Rodionov, D.A. / Love, J.D. / Hillerich, B.S. ...

履歴

登録	2013年12月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年2月4日	Group: Derived calculations
改定 1.2	2015年2月25日	Group: Database references
改定 1.3	2015年10月14日	Group: Non-polymer description
改定 1.4	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.country / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 2.0	2019年12月25日	Group: Atomic model / Author supporting evidence / Data collection カテゴリ: atom_site / chem_comp / pdbx_audit_support Item: _atom_site.occupancy / _chem_comp.type / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 3.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.1	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb4ovr.ent.gz	302.7 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4ovr_validation.pdf.gz	449 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ovr_full_validation.pdf.gz	450.7 KB	表示
XML形式データ	4ovr_validation.xml.gz	29.8 KB	表示
CIF形式データ	4ovr_validation.cif.gz	46.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/4ovr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/4ovr	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4ln5C 4mcoC 4mevC 4mhfC 4mijC 4mncC 4mniC 4mx6C 4n15C 4n17C 4n4uC 4n6dC 4n6kC 4n8gC 4n8yC 4n91C 4napC 4nf0C 4ng7C 4nguC 4nhbC 4nn3C 4nq8C 4nx1C 4o7mC 4o8mC 4o94C 4oa4C 4oanC 4ovpC 4ovqC 4ovsC 4ovtC 4p1eC 4p1lC 4p3lC 4p47C 4p56C 4p8bC 4p9kC 4pafC 4paiC 4pakC 4pbhC 4pbqC 4pc9C 4pcdC 4pddC 4pdhC 4pe3C 4petC 4pf6C 4pf8C 4pfbC 4pfiC 4pfrC 4pgnC 4pgpC 4uabC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ovq-d 4n17-d 2pfy-2 4xeq-1 4n8y-2 5i7i-1 6s4u-1 4ovp-2 4nq8-2 4pdh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: EFI-510329

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

B: TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

ヘテロ分子

73.4 kDa, 2 ポリマー
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1

A: TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	90.314, 111.362, 59.546
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-573- HOH
2	1	A-578- HOH

#1: タンパク質

TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

分子量: 36484.633 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Xanthobacter autotrophicus (バクテリア)
株: Py2 / 遺伝子: Xaut_3368 / プラスミド: pET / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A7IKQ4

#2: 化合物

ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド

分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

#3: 糖

ChemComp-GTR / beta-D-galactopyranuronic acid / beta-D-galacturonic acid / D-galacturonic acid / galacturonic acid / β-D-ガラクトピラヌロン酸

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 194.139 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₀O₇

識別子	タイプ	プログラム
DGalpAb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
b-D-galactopyranuronic acid	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GalpA	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GalA	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 757 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

配列の詳細

Protein was treated with TEV prior to crystallization, but was neither checked for cleavage nor ...

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.43 % / 解説: Long plate shaped rods.
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Protein (29.4 mg/ml, 10 mM HEPES pH 7.5, 5 mM DTT, 10 mM D-Galacturonate); Reservoir (00.8 M Lithium Chloride 0.1 M Tris pH 8.5 32 %(w/v) PEG 4000); Cryoprotection (80% of 50% Peg3350, 20% Reservoir)

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月8日 / 詳細: MIRRORS

放射

モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9793 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.65→111.362 Å / Num. all: 72924 / Num. obs: 72924 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.6 % / B_iso Wilson estimate: 15.74 Å² / R_pim(I) all: 0.031 / R_rim(I) all: 0.116 / R_sym value: 0.096 / Net I/av σ(I): 6.649 / Net I/σ(I): 17.9 / Num. measured all: 991316

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) all	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.65-1.74	12	0.814	0.745	1	126449	10502	0.23	0.814	0.745	3.5	99.9
1.74-1.84	12.8	0.533	0.487	1.6	127659	9954	0.146	0.533	0.487	5.4	99.9
1.84-1.97	13.4	0.341	0.311	2.5	126004	9383	0.092	0.341	0.311	8.3	100
1.97-2.13	13.9	0.221	0.198	3.9	122058	8757	0.059	0.221	0.198	12.8	100
2.13-2.33	14.3	0.153	0.134	5.7	115673	8091	0.04	0.153	0.134	18.4	100
2.33-2.61	14.5	0.127	0.107	7	106242	7330	0.033	0.127	0.107	22.4	100
2.61-3.01	14.5	0.1	0.081	8.8	94879	6538	0.026	0.1	0.081	28.4	100
3.01-3.69	14.3	0.076	0.061	10.7	78896	5534	0.02	0.076	0.061	38.3	100
3.69-5.22	14.1	0.061	0.045	14.3	61169	4350	0.016	0.061	0.045	47.4	100
5.22-111.362	13	0.068	0.04	16.2	32287	2485	0.018	0.068	0.04	42.8	97.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類	NB
PHENIX	1.8.1_1168	精密化
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.65→31.501 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.35 / FOM work R set: 0.9077 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.67 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1703	3673	5.04 %
R_work	0.1405	69168	-
obs	0.142	72841	99.85 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 72.25 Å² / B_iso mean: 20.6961 Å² / B_iso min: 6.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→31.501 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4645	0	28	757	5430

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	4799
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.251	6500
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	728
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	843
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.31	1815

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 26

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.65-1.6717	0.2635	119	0.1929	2649	2768	100
1.6717-1.6946	0.2395	144	0.1836	2612	2756	100
1.6946-1.7188	0.2212	135	0.1725	2612	2747	100
1.7188-1.7445	0.2049	124	0.1682	2663	2787	100
1.7445-1.7717	0.2065	138	0.1589	2623	2761	100
1.7717-1.8008	0.1801	143	0.1552	2636	2779	100
1.8008-1.8318	0.1842	131	0.1595	2630	2761	100
1.8318-1.8651	0.1879	167	0.1513	2632	2799	100
1.8651-1.901	0.1657	137	0.1516	2604	2741	100
1.901-1.9398	0.1957	162	0.1464	2634	2796	100
1.9398-1.982	0.1973	155	0.143	2625	2780	100
1.982-2.0281	0.1655	136	0.1394	2614	2750	100
2.0281-2.0788	0.1703	133	0.1345	2671	2804	100
2.0788-2.135	0.183	124	0.1256	2677	2801	100
2.135-2.1978	0.1633	138	0.1192	2642	2780	100
2.1978-2.2687	0.1404	149	0.1226	2645	2794	100
2.2687-2.3498	0.1668	141	0.1244	2650	2791	100
2.3498-2.4438	0.1617	148	0.1297	2645	2793	100
2.4438-2.555	0.1748	127	0.1298	2689	2816	100
2.555-2.6896	0.1827	149	0.1326	2669	2818	100
2.6896-2.858	0.1937	135	0.1446	2702	2837	100
2.858-3.0785	0.1583	144	0.1469	2671	2815	100
3.0785-3.388	0.1763	144	0.1514	2706	2850	100
3.388-3.8775	0.156	148	0.1356	2705	2853	100
3.8775-4.8823	0.1396	148	0.119	2747	2895	100
4.8823-31.5067	0.1608	154	0.1576	2815	2969	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7543	0.187	-0.4132	0.1828	-0.1559	1.5156	-0.1683	0.1903	0.0272	-0.2072	0.056	-0.0114	-0.1263	0.0729	0.1198	0.1624	-0.037	-0.0097	0.1358	0.0108	0.1045	13.9686	59.4407	42.4569
2	0.7444	-0.2294	-1.1847	0.2096	0.0497	3.1665	-0.1503	0.2785	0.014	-0.1764	0.056	0.0323	-0.1326	-0.2929	0.0846	0.1443	-0.0458	-0.02	0.1738	-0.0088	0.0998	7.9005	58.6604	42.8284
3	0.5557	-0.2773	0.5076	0.4328	-0.5031	1.1219	0.0171	-0.0273	-0.089	-0.0731	-0.0054	0.1053	0.0804	-0.0139	0.0043	0.0928	-0.0073	0.0033	0.0969	-0.0129	0.1007	8.5464	49.0041	52.7636
4	0.2354	0.3477	-0.1074	0.6795	-0.0274	0.8581	-0.0389	0.0143	-0.1288	-0.1112	0.0441	-0.1662	0.0847	0.0074	-0.0205	0.1015	-0.0061	0.0101	0.1024	-0.0063	0.1364	23.5446	47.0842	55.2723
5	0.7431	0.5308	0.303	0.6036	0.327	0.6324	0.1074	-0.2441	-0.0539	0.1618	-0.0515	-0.0697	0.049	0.0078	-0.0466	0.1211	-0.0124	-0.0122	0.1606	-0.0034	0.0886	19.0081	56.7063	76.2941
6	1.3564	-0.5151	1.3237	0.5272	-0.3812	1.4425	0.0182	-0.1264	0.2333	0.1349	-0.0662	-0.1532	-0.1175	-0.0485	0.0489	0.1381	-0.0273	0.0045	0.1418	0.0107	0.11	14.9928	49.397	71.8845
7	0.8958	0.4531	0.2133	1.0657	-0.0495	1.3239	-0.0503	-0.02	0.0205	-0.0765	0.038	0.0163	-0.09	-0.0117	0.0545	0.069	-0.0077	-0.0088	0.0701	-0.0083	0.0692	15.8545	58.3841	60.7388
8	0.4194	0.5555	0.36	1.1105	0.6696	1.8115	-0.0748	0.0638	0.0159	-0.1021	0.0251	-0.0751	-0.0358	0.083	0.0369	0.1596	-0.0492	0.0107	0.1323	0.0081	0.1058	23.4912	59.6864	48.0367
9	0.4288	0.4984	-0.0602	1.0937	0.1275	0.2642	-0.0732	-0.0853	-0.0955	-0.0517	0.1073	-0.3394	-0.0368	0.1703	-0.0029	0.13	-0.0197	-0.0313	0.1648	0.0058	0.1422	27.0293	51.0042	72.1502
10	4.6128	1.9852	-1.1423	2.3027	-0.6792	1.2696	-0.0371	0.4602	0.1866	-0.1222	0.0983	-0.5086	0.0049	0.0068	-0.0169	0.1587	0.0261	-0.0357	0.1151	-0.0056	0.3267	28.1925	35.6736	58.3286
11	1.1829	0.0942	0.7636	0.9996	-0.1689	1.4212	-0.0077	-0.2411	0.0183	0.0742	-0.0063	-0.006	0.0507	0.0175	0.0024	0.1007	0.0111	0.018	0.1379	-0.0179	0.1271	36.4891	81.1862	56.7162
12	1.2612	-0.7043	1.3984	1.5385	-1.1512	2.0683	-0.0096	-0.3579	0.1266	0.179	0.0676	-0.0991	-0.0821	0.0179	-0.0293	0.1325	0.018	-0.0096	0.1874	-0.0397	0.1004	37.2373	87.6801	57.7664
13	1.0017	-0.2275	-0.3606	0.5414	0.1873	1.0341	0.0136	-0.0531	0.1251	-0.1505	0.0678	-0.2261	-0.1595	0.2049	-0.0646	0.1249	-0.0225	0.0314	0.1194	-0.0121	0.1668	45.0671	84.0313	41.3972
14	0.4266	0.1694	-0.0652	0.6285	0.1757	0.8115	0.0365	-0.052	-0.1734	-0.0879	0.0587	-0.2683	-0.0608	0.1371	-0.083	0.1178	-0.0128	0.0139	0.1179	-0.0198	0.2027	45.4914	75.4611	42.2501
15	1.0145	0.6713	0.4498	0.4607	0.3207	0.5792	-0.2587	0.4513	0.0331	-0.4732	0.1916	0.0678	-0.2451	-0.0258	0.0694	0.3058	-0.0659	-0.0057	0.248	0.005	0.1621	34.1495	84.5042	25.0456
16	0.9311	0.2547	0.3766	0.5901	0.2104	1.4148	-0.0681	0.0525	0.0588	-0.0816	0.0134	0.0379	-0.1081	-0.0088	0.0583	0.1033	-0.004	-0.002	0.077	-0.0164	0.1116	33.0192	82.6647	39.5964
17	2.2592	0.2394	1.3568	0.5584	0.4817	1.7592	-0.0211	-0.1275	-0.0406	0.0277	-0.0004	0.0065	0.1029	-0.122	0.0149	0.1136	-0.0204	0.0086	0.1011	0.0077	0.1202	35.716	72.8744	50.1662
18	0.916	0.4891	0.2786	0.5689	-0.12	0.2881	-0.0075	0.283	-0.2185	-0.2894	-0.0011	-0.1978	-0.1589	0.0519	0.0242	0.2152	-0.0658	0.0514	0.2597	-0.0635	0.2001	37.5381	74.6698	24.4445
19	2.6823	1.1686	-0.3781	5.1869	-1.1498	2.4582	-0.1498	-0.1994	-0.0988	0.2128	0.0193	-0.2351	-0.1773	0.0731	0.0108	0.1871	0.0217	0.1283	0.2474	-0.0207	0.3873	55.674	72.017	33.3274

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 26 through 54 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 55 through 71 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 72 through 96 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 97 through 152 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 153 through 172 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 173 through 190 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 191 through 248 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 249 through 283 )	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 284 through 307 )	A
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 308 through 323 )	A
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 27 through 54 )	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 55 through 71 )	B
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 72 through 112 )	B
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 113 through 152 )	B
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 153 through 190 )	B
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 191 through 248 )	B
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 249 through 283 )	B
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 284 through 307 )	B
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 308 through 324 )	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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