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- PDB-4ovr: CRYSTAL STRUCTURE OF A TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING PROTEIN FR... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4ovr | ||||||||||||
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Title | CRYSTAL STRUCTURE OF A TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING PROTEIN FROM XANTHOBACTER AUTOTROPHICUS PY2, TARGET EFI-510329, WITH BOUND BETA-D-GALACTURONATE | ||||||||||||
![]() | TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit | ||||||||||||
![]() | SOLUTE-BINDING PROTEIN / TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING FAMILY / STRUCTURAL GENOMICS / ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI | ||||||||||||
Function / homology | ![]() | ||||||||||||
Biological species | ![]() | ||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Stead, M. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. ...Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Stead, M. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hillerich, B. / Love, J. / Seidel, R.D. / Imker, H.J. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI) | ||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Experimental strategies for functional annotation and metabolism discovery: targeted screening of solute binding proteins and unbiased panning of metabolomes. Authors: Vetting, M.W. / Al-Obaidi, N. / Zhao, S. / San Francisco, B. / Kim, J. / Wichelecki, D.J. / Bouvier, J.T. / Solbiati, J.O. / Vu, H. / Zhang, X. / Rodionov, D.A. / Love, J.D. / Hillerich, B.S. ...Authors: Vetting, M.W. / Al-Obaidi, N. / Zhao, S. / San Francisco, B. / Kim, J. / Wichelecki, D.J. / Bouvier, J.T. / Solbiati, J.O. / Vu, H. / Zhang, X. / Rodionov, D.A. / Love, J.D. / Hillerich, B.S. / Seidel, R.D. / Quinn, R.J. / Osterman, A.L. / Cronan, J.E. / Jacobson, M.P. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. | ||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDB format | ![]() | 302.7 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Data in CIF | ![]() | 46.8 KB | Display | |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 4ln5C ![]() 4mcoC ![]() 4mevC ![]() 4mhfC ![]() 4mijC ![]() 4mncC ![]() 4mniC ![]() 4mx6C ![]() 4n15C ![]() 4n17C ![]() 4n4uC ![]() 4n6dC ![]() 4n6kC ![]() 4n8gC ![]() 4n8yC ![]() 4n91C ![]() 4napC ![]() 4nf0C ![]() 4ng7C ![]() 4nguC ![]() 4nhbC ![]() 4nn3C ![]() 4nq8C ![]() 4nx1C ![]() 4o7mC ![]() 4o8mC ![]() 4o94C ![]() 4oa4C ![]() 4oanC ![]() 4ovpC ![]() 4ovqC ![]() 4ovsC ![]() 4ovtC ![]() 4p1eC ![]() 4p1lC ![]() 4p3lC ![]() 4p47C ![]() 4p56C ![]() 4p8bC ![]() 4p9kC ![]() 4pafC ![]() 4paiC ![]() 4pakC ![]() 4pbhC ![]() 4pbqC ![]() 4pc9C ![]() 4pcdC ![]() 4pddC ![]() 4pdhC ![]() 4pe3C ![]() 4petC ![]() 4pf6C ![]() 4pf8C ![]() 4pfbC ![]() 4pfiC ![]() 4pfrC ![]() 4pgnC ![]() 4pgpC ![]() 4uabC C: citing same article ( |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 36484.633 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Sugar | #4: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | Protein was treated with TEV prior to crystallization, but was neither checked for cleavage nor ...Protein was treated with TEV prior to crystallization, but was neither checked for cleavage nor purified away from cleaved TAG prior to crystallization. | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.06 Å3/Da / Density % sol: 40.43 % / Description: Long plate shaped rods. |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: Protein (29.4 mg/ml, 10 mM HEPES pH 7.5, 5 mM DTT, 10 mM D-Galacturonate); Reservoir (00.8 M Lithium Chloride 0.1 M Tris pH 8.5 32 %(w/v) PEG 4000); Cryoprotection (80% of 50% Peg3350, 20% Reservoir) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX225HE / Detector: CCD / Date: Nov 8, 2013 / Details: MIRRORS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: GRAPHITE / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.65→111.362 Å / Num. all: 72924 / Num. obs: 72924 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 13.6 % / Biso Wilson estimate: 15.74 Å2 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.116 / Rsym value: 0.096 / Net I/av σ(I): 6.649 / Net I/σ(I): 17.9 / Num. measured all: 991316 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 72.25 Å2 / Biso mean: 20.6961 Å2 / Biso min: 6.09 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.65→31.501 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 26
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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